對實現加州理工學院的噴氣助推起飛研究計劃，錢有過重大貢獻。後來，他接受我的邀請，參加了空軍科學顧問組。
在加州理工學院的校園裏，錢並不是最為一般人愛戴的教授，因為他嚴厲、性情急躁，對學生顯得有點傲慢。不過，我認為對於學生來說，同他接觸，了解一下他如何對待和處理技術問題是頗有益處的。他對我一直非常尊敬，雖然我們已經成為親密的朋友，他還是用那種古老的中國方式稱呼我為“尊敬的老師”。在中國。
這也許是一個人給別人的最高讚詞。1947年2月，我愉快地推舉他為麻省理工學院正教授。
此後不久，錢收到從中國的來信，說他的母親去世了。他決定回祖國去安撫年邁的父親。這是他12年來第一次回國。幾個月後，在一封長信裏他十分詳盡地告訴我他在祖國見到的人民貧困和痛苦。當時那裏是在國民黨人手裏。信的結尾他順便告訴我，他已經和一位名叫蔣英的姑娘在上海結婚，準備把她帶來美國。她是一位具有歌唱家天才的可愛的世界主義者，曾在柏林研究過德國歌曲，後來在蘇黎世接受一位匈牙利女高音歌唱家的指導。錢愛好音樂，看來他很幸福。我也感到高興，他終於找到一位具有國際知識的妻子。
有一件事他沒有提及，是我後來聽說的，他在中國時，曾拒絕接受要他擔任交通大學校長職位的聘請。
他值五個師在麻省理工學院執教兩年左右後，錢又回到加州理工學院，擔任噴氣推進課程的戈達德教授以及丹尼爾和弗羅倫斯·古根漢姆噴氣推進中心的領導人。實際上他在1949年已經寫過第一篇關於核火箭技術的出色論文，至今仍被認為是這個領域中的一篇經典性名著。
這時，在美國，以麥卡錫為首對共產黨人實行了全麵追查。在全國掀起了一股驅使雇員們效忠政府的歇斯底裏狂熱。加州理工學院，這所素有維護許多奇特的、獨立的科學家名聲的小小加州學府，不可避免的會受到注意。凡是於1936年至1939年期間在加州理工學院生活過的人，都有披視為四十年代中不可靠分子的危險。
一天，懷疑終於落到了錢的身上。事情可能是這樣開始的：當時要他揭發一個名叫西德尼·槐因包姆的化學研究負，此人曾在一起與共產主義有關的案件中提供過偽證而正在帕沙迪納受審。錢同他有過一般交往，為他介紹過職業，還曾去過他家欣賞古典音樂。
錢拒絕揭發他的朋友，1950年7月間，軍事部門出乎意外地突然吊銷了錢參加機密研究的證書。
錢的自尊心受到了嚴重傷害。他去找加州理工學院院長李·杜布裏奇，申明失去了接觸機密正書，他根本無法繼續進行噴氣推進的研究。他感情激動地說，寧肯回中國老家去，也不願在受人懷疑的情況下繼續居留美國。杜布裏奇安慰他，希望他保持鎮靜，建議他對這個決定提出申訴。但是，錢並不想提出申訴，因為他感到，正像他的許多朋友遇到的那樣，在當時的氣氛下，一個異邦的中國教授不會有多大希望打贏這場官司。何況錢又是那麼驕傲，他並不認為他必須向當局證明他不是一個共產黨人。
當錢的接觸機密證書被吊銷時，我正在歐洲。我從杜布裏奇院長那裏聽到這消息後，即刻寫信給錢，表示我的震驚，並告訴他我將為他做我能做的一切。許多重要人物出來聲援錢。但無濟於事。
錢會見過丹尼爾·金布爾。金布爾作為海軍次長，對錢在噴氣推進中心承擔的研究計劃負責。錢告訴金布爾，如果不恢複他的證書，他打算回中國去。但是毫無結果。這樣，錢就定下決心，打電話給這位次長，說他已經準備動身了。
金布爾十分激動，隨即通知了移民局。事後他私下對我說，這是因為怕錢回到中國使共產黨人得到美國噴氣推進研究的軍事機密。然而，後來事情竟然這樣快地變糟，我想金布爾也會感到驚奇甚至震驚（據外電報道，丹·金布爾曾說過：“我寧肯把他槍斃，也不願放回中國，無論在什麼地方他都值5個師。”——校者注）。移民局不僅搜查他，粗暴地對待他，還在特米那島上的拘留所中把他拘留了14天，直到收取了巨額保釋金以後才釋放了他。
後來事情竟發展到了極點。海關沒收了他的行李，包括800多公斤書籍和筆記本。他們硬說其中有機密材料。全世界各國的報紙都刊登新聞說：一名“共產黨間諜”企圖攜帶機密文件離開這個國家。當然，這都是謊言。事實上我聽說，錢是足夠正大光明的。在他打包以前，曾把所有資料交克拉克·米利根檢查過。接著，帕沙迪納的美國檢查官在審查了錢的所有材料之後，辨明錢是無罪的。
可是，1950年10月，移民局根據麥卡錫法案，發布一項放逐令，宣稱錢是一名外國共產黨分子，因為他在1947年非法地再度進入美國。這樣一來。這位僅僅在兩年前還獲得過美國政府最高讚揚的驕傲而有教養的人，發現自己不僅完全處於被迫害的境地，而且處於被拋離這個國家的危險之中。
終於回國錢變得十分陰鬱。他已經不能集中精力去研究技術問題了。
我和我的所有同事都確實相情，錢並不是共產黨員，最多不過曾同某些後來被認出是共產黨員或共產黨同情者的人有過一般社交關係，移民局捕風捉影的證據是全然不可信的。曾經有好幾種說法。我的朋友馬勃教授告訴我，其中一個說法是：
兩名洛杉磯警官說他們曾經在其形容為共產黨員登記卡片上，見到過錢的名字，但卻不是錢本人的筆跡。“似乎還提出過其他疑點。
馬勃教授還告訴我，一位共產黨教授曾被要求提供證明，證實錢是共產黨。最初這位教授拒絕作證，他說對餞的指控是不真實的。後來他被起訴，政府威脅他說，因提供偽證罪他將被判處四年徒期。他旋即改口，作了“傷害性”供述，說他“設想”錢是一名共產黨人，在一次所謂共產黨會議上好象看見過錢。
帕沙迪納移民局下令驅逐錢出境，甚至帶有威脅地詣往說，如果錢不承認是共產黨員，就要判他以偽證罪。作為事情的完結，錢被滯留美國長達五年，以致中國公開發表聲明，譴責美國政府在違背本人意願的情況下監禁了一個中國公民。
拘留錢的目的，是要使他當時所掌握的一切知識變得陳舊過時。錢繼續在加州理工學院執教，但必須每月向移民局作一次彙報。對他來說這是一種屈辱。他從未放棄口中國去的打算，因為他覺得，隻有中國在真正營救他，而且在那裏他會得到應有的禮遇。
錢學森、他的妻子蔣英以及他們的兩個孩子於1955年離開了這個回家。有傳聞說，他是與一個紅色中國手裏的盟軍俘虜在華沙進行了交換，但我並不認為這是真的。無論如何，中國政府樂於請他回到中國。於是，美國火箭技術領域一位最偉大的天才，我的一位傑出學生，就這樣交給了共產黨人。”
錢學森的學識與膽識：
在東風—3號發動機地麵試車過程中；不斷發生故障。今天試車，這個地方出問題，科技人員經過努力解決了；下次試車，另一個地方又出問題；再下次試車，又有新的問題發生…出現的問題一個一個被解決，新的問題又不斷發生。在這種情況下，錢學森來到試車台，他在細心觀察故障情況並聽取彙報以後，思之良久，最後提出，我們不能總是讓故障牽著走，大家是不是回過頭來想想有什麼根本問題在影響著發動機的燃燒穩定性？是不是應該考慮高頻振蕩問題？他的話啟示了在場的科技人員。在考慮了高頻振蕩所產生的影響以後，改進了發動機的設計，從此，東風—3號發動機的試車順利過關。1966年6月下旬，第一顆人造衛星的運載火箭“長證—l號”為解決滑行段噴管控製問題而進行的滑行段晃動半實物仿真試驗中，出現了晃動幅值達幾十米的異常現象。錢學森親臨現場，在討論中認定：此現象在近於失重狀態下產生，原晃動模型已不成立，那時流體已呈粉末狀態，晃動力很小，不影響飛行。他的這一大膽地分析，使大家懸著的心落了地。後來多次飛行試驗證明，這個結論是正確的。
導彈航天屬高科技，技術問題常常是非常複雜的，而在初創階段我們又缺乏經驗，對於一些技術難題在意見紛爭的情況下，往往難於決策。由於當時錢學森是技術負責人，所以一些棘手問題常常提到他的麵前，這就需要決策者不僅要有淵博的學識，而且也要有一定的膽識。錢老回憶說，六十年代，在基地的一次導彈試驗中，因在加泄推進劑時操作有誤，出現了一個大問題，即彈體癟進去一塊。在場的人看了都十分緊張，認為這是一個大故障，導彈不能發射。錢學森聽完彙報，親自爬到發射架上，察看故障情況後，認為箱體的變形並未達到結構損傷的程度。於是他結合自己過去在美國所做殼體研究工作的情況，認為這是由於試加推進劑後，泄出時忘了開通氣閥造成箱內真空，外麵空氣壓力大，壓癟的。點火發射後，箱內要充氣，彈體內壓力會升高，殼體就會恢複原來的形狀，所以他主張發射照常進行。錢學森的這一科學分析雖然很有道理，但他的決策仍有很大風險，許多人表示擔心。負責發射指揮的基地司令員甚至拒絕在給中央的報告上簽字。最後這份由錢學森一人署名的報告送到北京以後，聶榮臻元帥批準了錢學森的意見，結果如他所料，這次發射得了成功。