紡織品和服裝：所有經濟學家都認為烏拉圭回合改善了國際貿易的市場準入條件，發達國家主要受益於農產品改革和工業品市場準入的改善，而發展中國家特別是東亞和南亞國家福利的增加，則主要依賴於紡織品和服裝配額的提高以及多纖維協定（MFA）的取消。因為，烏拉圭回合協議要求逐步取消根據多纖維協定對紡織品和服裝所實行的配額限製，在10年內分三階段回歸GATT。因此，發展中國家關心的是協議的執行情況，發達國家是否過多使用保障措施和製定更為嚴格的原產地規則，關稅的上升，特別是稅率的引進和出口許可等問題。
爭端解決機製：WTO建立了新的爭端解決機製，為成員國解決相互之間的貿易衝突提供了比GATT更具權威和獨立性的機製。對於發展中國家來講，其困難在於很難找到熟悉這一領域的專家，為此有國家建議在WTO秘書處中專門為發展中國家設立法律服務。但有人懷疑此舉會破壞WTO秘書處的獨立性，因而提出設立有關WTO法規的谘詢中心，為發展中國家提供谘詢服務。此外，美國指出有些國家利用現有的程序延遲專家小組意見的實施，提出要通過各種措施強化爭端解決機製、提高效率並增加程序透明度。因此，如何加快爭端解決程度並增強裁決的約束力也成為新回合談判中的熱點問題之一。
反傾銷：反傾銷在烏拉圭回合中是爭議最大的問題之一，已有的協議內容包括傾銷差額的計算、損害確定、國內工業的定義、調查程序和證據標準等，同時對程序的透明度要求較高。烏拉圭回合之後，擁有反傾銷立法的國家和地區迅速增加，各國在遇到經濟形勢困難或進口大量增加時也越來越頻繁地使用反傾銷手段。而且，發展中國家通常是發達國家反傾銷打擊的目標，且傾銷措施已轉向傳統的大宗進口商品，反傾銷已經成為長期使用的工具。究其原因，主要是WTO協議中缺乏適當的保護手段，各國不願過多地使用已經修改過的保障條款。加上在裁定傾銷幅度和產業受損害的程度上缺乏透明度和統一標準，很容易就裁定外國商品傾銷。
因此，在反傾銷規則上建立更明確的傾銷和傷害評估標準和程序，加強審評的客觀性和透明度是重要議題。有些發達國家建議應更多地通過爭端解決機製或製定競爭規則來解決問題，否則市場準入談判的成果就極易被濫用反傾銷手段而吞噬。對於越來越受到反傾銷損害的發展中國家（特別是經濟轉軌國家）而言，一是要爭取改變不公平對待的現實，改變歧視性的反傾銷政策；二是要預防別國誘使傾銷再加以製裁，並采取相應的反陷害措施。鑒於各國對如何規範反傾銷的意見不同，有人建議的折衷辦法是在修訂反傾銷協議的同時，重新全麵審議保障條款。
政府采購：在WTO的協議中，《政府采購協議》（GPA）是僅有的兩個諸邊協議之一。多數發展中國家沒有參加該項協議，主要原因一是避免在信息搜集和國際競標程序中花費更多的開支；二是發展中國家認為，即使成為GPA的成員國，他們的企業也很難有機會通過競標而獲得合同。事實上，從財政方麵講，發展中國家政府也希望以最好的價格購買商品和服務。因此，發展中國家感興趣的是強化國家立法、完善政府采購程序、增加投標和資格審查的透明度等問題。由於政府采購占許多國家GDP的15％左右，發達國家希望提高政府采購的透明度、引入非歧視貿易原則，達到分階段開放政府采購市場。
區域貿易協議：近年來，地區性貿易協議迅速增多，世界貿易多邊談判受到區域經濟和貿易一體化的挑戰，各國十分關注此類協議對多邊貿易體製的影響以及對非協議成員的排擠和歧視問題。WTO成立以來，對區域貿易協議的審查過程已經大大簡化。1996年的第一屆部長會議也重申：當前協議對全球貿易自由化的推進有積極意義，但多邊貿易體製優於地區化體製。為阻止地區協議對非成員國家的歧視，今後應加強對區域性貿易協議的定期監察。
3、新的議題
隨著技術的進步和經濟全球化的發展，一些發達國家既定議程所涉及的領域還不夠廣泛，希望在新回合談判中納入新的議題，有些問題在世貿組織中已經設立了專門的工作小組進行討論。
製造業的市場準入：烏拉圭回合的協議規定，發達國家對工業品的平均關稅將降至3. 5％。有人認為工業品的關稅已經很低，關稅再降不會帶來巨大的益處，這一觀點忽略了關稅高峰和關稅升級的存在，而此現象又較多地集中在發展中國家出口能力較強的產品上。發展中國家的製造業出口近年來增長迅速，從1980年占貿易總額的28. 8％增加到1995年的66. 6％。因此，發展中國家要求新回合談判有關製造業市場準入的問題，希望進一步降低針對其關鍵出口產品的關稅，而且通過繼續開拓發展中國家之間工業品的出口市場，從貿易自由化中全麵受益。估計在製造業的全球化和貿易自由化的進程中，95％的好處將由發展中國家獲得。而且製造業的市場準入談判對發達國家也有吸引力，烏拉圭回合實施之後，中低收入國家關稅的平均水平將降至20％左右，因而發達國家對製造業的市場準入也持積極態度。
至於如何降低關稅，歐美之間存在分歧。美國建議引入APEC的部門自由化方式，在其占優勢的部門達成關稅減讓協議，並確定最終稅率和實施時間。但歐盟表示反對，認為應包括所有部門，並將各國的發展水平考慮在內。
貿易與競爭：建立國際競爭規則的提議首先是由歐盟提出的，美國和拉美國家表示支持，其他發展中國家同意對此問題進行研究，但對創建國際競爭的多邊框架持審慎態度，認為引入競爭機製並不意味著必須建立競爭法。相反，不同的市場結構要求不同的競爭和管理方法，應該根據具體情況，對個案區別對待，而不是建立全麵的、綜合的法律或多邊協議框架。此外，發達國家側重於建立競爭政策的一般性原則和放鬆管製等方麵，發展中國家則希望進一步規範跨國公司的行為。
貿易與環境：WTO於1995年1月建立了貿易與環境委員會，該委員會就貿易措施與環境措施的聯係，如何在保護環境的前提下促進貿易，以及防止以環保的名義實行貿易保護主義等問題提出了多項積極建議。目前，各國有關貿易保護主義等問題主要的爭論是：一，是否將環境問題以多邊協議的形式納入WTO；二，貿易、環境同可持續發展的關係。
美國同歐盟各國均將環境問題納入了WTO新回合談判。對發展中國家而言，高環境標準雖然可以促進工藝和技術革新、提高效益，但若將高標準強加於發展中國家將導致其成本增加、競爭力下降，阻礙其產品進入發達國家市場。發展中國家不願看到發達國家以環保的名義濫用貿易措施或采取單方麵製裁行動，從而造成新的非關稅壁壘。就各國意見的差異程度來看，難以達成一致的協議。
投資協議：近年來，發展中國家通過大量吸引外國直接投資，獲得了先進的技術，提高了競爭力，促進了經濟發展和與世界經濟的接軌，如何對待外國直接投資的問題已不再像以前那樣敏感和具有爭議。烏拉圭回合就達成了《與貿易有關的投資措施協議》（TRIMS）。由於協議規範的內容較窄，歐、美、日等國都積極支持通過新回合談判製定全球性投資自由化規則。美國強調確保外國企業免受東道國的各種幹預，歐盟則認為在保證外國投資獲得公平對待的基礎上，要確保東道國對投資者經濟活動的有效監管，日本還建議對發展中國家的具體情況予以區別對待。
勞工標準：貿易同勞工標準的關係首先由美國和部分歐盟國家提出，問題一經提出，就遭遇發展中國家的激烈反對。克林頓稱，發達國家重視這一問題不是出於自身的保護主義心態，而是因為最基本的常識。歐盟代表團指出，克林頓的話並非等同會實行禁運，歐盟本身傾向通過對話解決勞工標準問題，從而提高全世界的工作環境。
多數發展中國家均對於在世貿新一輪回合中談判勞工標準表示反對。由於發展中國家與發達國家在勞工標準，如工資福利等問題上存在巨大差距，尋求統一標準缺乏現實性。而發展中國家的低成本勞動力優勢對其產品出口和經濟發展起著至關重要的作用，盡管提高工資收入和改善工作環境是發展的必經之路，但若在短期內強製實現勞工標準，表麵上保護了勞工利益，實際上會影響發展中國家的就業水平和發展速度。同時，對進口發達國家的產品也會產生負麵影響。為此，1996年12月在新加坡召開的部長級會議就明確表明：國際勞工組織有能力製定和解決勞工標準問題，發展中國家在國際貿易中發揮比較優勢是毋庸置疑的，勞工標準不應成為WTO考慮的問題。
電子商務：電子商務對WTO而言是一個較新的問題，1998年由美國首先提出。迅速增長的電子商務不在傳統規則所規範的框架之內，因此美國提出要對電子商務加以規範，並一直推動世貿組織成員簽署具有永久約束力的協議，以維持電子郵件的免費發送並將自由的電子商務合法化。歐洲各國和日本對建立全球電子商務的規則框架均抱支持的態度，發展中國家由於需要更多時間發展自身的互聯網技術和相關領域，加上稅收收入等其他原因，他們不願完全放棄對電子商務的監管和征稅權力，對此建議持強烈的反對態度。為此，會議決定在考慮發展中國家利益的基礎上，研究所有與全球商務有關的貿易問題，並維持向電子交易征稅的現狀。由於雙方觀點相去甚遠，在研究沒有完成之前，現狀很難改變。
西雅圖之夜無人喝彩
會議經過４天艱苦磋商，於1999年12月3日深夜結束時仍未能就啟動新一輪多邊貿易談判問題達成共識，從而成為該組織自1995年誕生以來第一次沒有通過宣言的部長會議。人們曾對這一預計將啟動 “千年回合”全球貿易談判的重要會議寄予厚望，然而結果卻不盡人意。
西雅圖會議多舛的命運可以說一開始就是注定了的。先是由於少有讚助，會議的預算遲遲沒有著落，最後好不容易拉來了點錢準備開會，又趕上大批示威者遊行鬧事，不僅會議開幕式被迫取消，就連計劃中美國國務卿奧爾布賴特和聯合國秘書長安南的講話也跟著“泡湯”。美國等發達國家本以為能夠順利促使各方達成協議，啟動“千年回合”談判，然而人算不如天算，結果弄得個不歡而散，老美的“麵子”喪失殆盡。原定於當地時間3日下午3時閉會的計劃也一推再推，一直弄到晚上近11時才告結束。在保安森嚴的西雅圖會議中心，許多談判代表精疲力盡倒在椅子上。另一些代表則在音響係統播出的聖誕頌歌中飲啤酒。
會議失敗引發的震蕩平息後，與會代表開始互相指責。
美國官員認為，各國代表麵對著眾多問題，許多國家又堅持本身的立場，這是導致會議失敗的因素。
美國農業部一名官員說，歐盟對出口津貼堅持本身的立場，導致談判破裂。
在所有出席會議的代表中，心情最為複雜的恐怕就要數世貿組織總幹事穆爾了。如果說當時因抗議導致會議推遲開幕，穆爾在講話中還能夠強作歡顏的話，那麼在會議結束時，穆爾的講話就顯得有些“言不由衷”了。他在講話中對方方麵麵表示一通感謝後，又例行公事般地對西雅圖市政府的“周到”、西雅圖會議組織者的“熱情”、西雅圖人的“好客”表示“感謝”。在聽眾發出一片哄笑聲過後，穆爾說，西雅圖真是個“好”城市，這裏什麼都有，包括各式各樣的示威者。