40年代初期，當美國對德宣戰時，J.P.摩根公司也經曆了一場徹底的變革。從1933年開始，美國一係列反壟斷法出台後，摩根公司就進行了一些改革，結果是規模大大地縮小了，第一花旗銀行、大通銀行和其他股份製銀行的規模卻進一步擴大了。作為一個合夥製公司，摩根公司發現自己的競爭力不如那些股份製公司。因而，到1940年，摩根公司的合夥人把公司改為股份製，並開始經辦信托業務，利用經營的信托資產繼續對工商業施加控製。
這一年，傑克辭去了自己在股票交易所的職位，因為銀行家不能兼做股票經紀人。1942年，J.P.摩根公司加入了聯邦儲備係統，這也使得銀行不可能再維持過去的那種封閉狀態，公司吸收的存款要交納聯邦儲備的存款保險。這樣也可以減少一些金融風險，當然政府所起的作用加大了，摩根公司不再擁有老摩根時代的影響力了。
1943年1月31日，傑克主持了第一次J.P.摩根股份公司股東大會，由於戰爭，人們對他及摩根家族的攻擊已經銷聲匿跡，所以傑克也表現出前所未有的愉快。
1943年3月13日，摩根家族的第三代偉大領導者——小約翰·皮爾龐特·摩根，也就是人們熟悉的那個傑克在佛羅裏達去世。
傑克一生都沒有得到世人的理解，但他是摩根家族的支柱。他給摩根家族立下的箴言是：“幹你的工作，誠實做人，說話算數，能幫人時要幫人，辦事要公平。”
傑克生前的財富據說最高時達到過5億美元，但最後清理的結果是隻有1600萬美元。這筆財產由他的兩個兒子繼承了。到1947年，繼承遺產的程序還在辦理之中，傑克·摩根的財產又貶值為隻有500萬美元了。
傑克去世後，拉蒙特繼承了他的職位，成為J.P.摩根公司的董事長。摩根銀行第一次沒有了叫做“摩根”的人做首領。
傑克的遺體火化後，骨灰被送回到哈特福德的家族墓地，那裏長眠著這個家族最偉大的人物，他和他的父親皮爾龐特、祖父朱尼厄斯葬在了一起。三代美國最偉大的銀行家在這裏安息。
盡管在第二次世界大戰時期摩根財團沒有參與一些戰爭貸款債券買賣之類的交易，更不能進行軍事物資的采購，但也趁機撈取了不少戰爭利益，其旗下的不少企業不斷擴張。
從整體上說，直到第二次世界大戰結束，摩根財團仍是美國最大的財團，它所控製的企業資產總額依然在持續增長，其影響遍及美國各個經濟領域。第二次世界大戰結束以來，摩根財團還是在不斷擴張。它所支配的金融力量依然相當雄厚，在經濟領域仍然占有不可忽視的地位。
摩根-士丹利投資銀行
1941年12月珍珠港事件後，美國參加第二次世界大戰。傑克的兩個兒子小朱尼厄斯·摩根和亨利·摩根都加入了軍界，在美國海軍任軍官。這是傑克非常自豪的事，要知道，那時候很多政要和富豪的子弟都在千方百計地躲避戰爭，以免流血犧牲。
在第二次世界大戰中，小朱尼厄斯是驅逐艦軍官，在英國對德國作戰。他是一個稱職的軍人，戰爭結束時，他升到海軍上校。亨利入伍時是海軍上尉，一開始在軍需部負責采購，戰爭開始之後不久，他被安排到新成立的一個戰略服務委員會，在多諾萬將軍的領導下，從事秘密工作，這項工作很危險，但亨利很好地完成了他的任務。
第二次世界大戰結束後，傑克的兩個兒子回到銀行界，但他們走了不同的路。
亨利·摩根繼承了摩根家族的事業。1934年，《格拉斯-斯蒂格爾法》頒布後，年輕的亨利·摩根認識到投資銀行對摩根家族的事業的重要性，因此，他帶著20多人從J.P.摩根公司分離出去，成立了摩根-士丹利投資銀行。
1935年9月16日，摩根-士丹利公司在華爾街2號正式開張，這裏離J.P.摩根公司隻有不到100米的距離。
摩根-士丹利公司開張第一個星期就生意興隆，很多公司找上門來談生意，以至於有時不得不讓人家“下周再來”。
1941年，摩根-士丹利公司改為合夥製。在新公司裏，亨利·摩根仍然奉行“以一流的方式做一流的生意”的原則，通過發行證券和債券資助新企業，擴大老企業，並且還向外國政府融資，從成立那年到1965年的25年裏，摩根-士丹利公司經營了200億美元的有價證券，其中大部分是通過經紀公司向美國和其他國家的公眾出售。摩根-士丹利公司還參加了銀行辛迪加，發行有價證券，價值達7.5億美元。
它在其中起著經理或合作經理的作用。
傑克的另一個兒子小朱尼厄斯到了J.P.摩根公司。
兩次世界大戰之間，英格蘭銀行、紐約儲備銀行和J.P.摩根公司三大銀行基本上控製著國際金融秩序。1944年後，世界銀行和國際貨幣基金組織的誕生大大削弱了西方國家私人銀行的地位。