這樣，袁世凱完成了戰爭準備和部署，擺出了決心消滅南方革命軍的咄咄逼人的陣勢。
二、革命黨人的討袁決策
在袁世凱陸續派兵南下，戰爭端倪明顯可察的情況下，孫中山再次呼籲革命黨人丟掉幻想，實行武力討袁。他指出："除從速起兵以武力解決之外，實無其它辦法"。孫中山分別致電湘督譚延闓和粵督陳炯明，要求他們立即宣布獨立，進行討袁，但譚、陳在回電中均借故推諉。孫無奈，欲親自赴粵發動討袁，當即被人勸阻。孫又提議由陳其美先在上海宣布獨立，打響討袁第一槍。陳其美、黃興等人堅不同意，認為"據數裏之地以抗敵，猶執卵投石"。此時，駐滬海軍前來接洽，願意宣告獨立。孫甚喜，建議海軍由海上進攻津沽。陳其美等人反對海軍先發，認為"須海陸並起"才行。不久，駐滬海軍奉袁世凱命令開赴煙台。孫聞訊後，急欲勸阻，指出：海軍"開赴煙台，恐將生變"。陳、黃則認為"海軍既表同意於先，斷不中變於後"。結果，海軍北上後即被袁控製。孫中山別無他法，決定派人去策動南京第八師幾個忠於革命的營長，先"冒險一發"，以樹立討袁的旗幟。黃興初則力言不可，認為那樣將使"八師先自相戰鬥"，後見孫中山主意已定，並準備親往南京，隻好服從孫的意見，遂定下武力討袁的決心。但黃又認為孫"不善戎伍"，且恐孫"輕身陷陣"，遭到不測，為留孫"以任大事"，便自告奮勇代孫前往南京指揮作戰。
革命黨領導人在要否武力討袁和如何討袁問題上爭論不休，莫衷一是，結果喪失了戰機。7月初，原江西都督李烈鈞潛赴上海孫中山處，表示願意率江西軍隊首先發難。孫遂決定李烈鈞回江西發動，黃興去南京發動，其它各省伺機響應。
孫中山等革命黨領導人雖然確定了武力討袁的決策，但整個國民黨人在思想和行動上並未真正統一。在北方的國民黨議員中，少數人離開國會到南方參加討袁戰爭，不少人仍呆在國會中醉心於"法律倒袁"。在南方的國民黨都督中，也是各懷心計，渙散不齊。湖南的譚延闓、福建的孫道仁及江蘇的程德全，非舊官僚即立憲派，他們觀望氣候，隨風搖擺，不積極參加反袁鬥爭；安徽的柏文蔚和廣東的陳炯明，內部矛盾重重，沒有完全掌握軍隊；唯有江西的李烈鈞態度明朗，討袁堅決，並掌握著一部分比較可靠的軍隊，但力量有限，難於影響全局。此外，孫中山等革命黨人沒有組織統一的作戰指揮中心和製定統一的作戰方案；對於與戰爭有關的其它重大問題，諸如軍隊的調遣、動員，兵員的訓練補充，糧秣彈藥的保障等，都未研究和解決。這都對以後的戰爭產生不利的影響。
此外，宣布獨立的各省，曾製定過各自的作戰方案。如粵省擬派三個支隊出師北伐，以一個旅援助江西；安徽擬以一部兵力阻擊倪嗣衝軍，另一部兵力渡江援贛；四川擬在攻占重慶後，順流東下；滬軍則準備攻占製造局，控扼吳淞口等等。這些方案也因種種原因，均未能順利實現。