人體第二呼吸係統是在修煉穴位體呼吸的過程中自然形成的。
穴位體呼吸是老子氣功學中的一個長期練功過程。它是按照體呼吸的低、中、高級的練功程序向前發展的。在修持穴位體呼吸的過程中，引起人體呼吸機製的變化和改造，導致人體第二呼吸係統的形成和產生。所以第二呼吸係統是人體生命科學中一個分支學科。盡管這一分支學科在許多方麵須待進一步充實和完備，但是，老子的實踐和研究，已經為這一分支學科締造了雛形。
人體第二呼吸係統的出現，說明修煉者經過較長時期的穴位體呼吸的修煉，人的體質發生了本質性的變化和改造，體內產生出嶄新的生理機製，從而，在人體內自然形成兩個截然不同的呼吸係統。常人隻有肺鼻呼吸而無穴位體呼吸。氣功人除了擁有常人的肺鼻呼吸係統外，還擁有一套穴位體呼吸的生理機製和生理係統。兩者互有聯係，同時並存，交替使用，各自發揮其獨特的作用。
人類用肺鼻呼吸，少說也有幾百萬年的曆史。在常態下，人不吃飯還能活一陣子，人不用肺鼻呼吸，幾分鍾就會窒息死亡，這點常識盡人皆知。然而，老子修道經驗卻逆常理而行之。人體第二呼吸係統的出現，表明修煉者已經具備了雙重的呼吸功能。即除了具備人人都有的肺鼻呼吸係統和功能以外，另外建立起一套嶄新的、超乎常人的、用穴位進行呼吸的係統和功能。煉就第二呼吸係統的修煉者，在日常生活中仍以肺鼻呼吸為主，而在練功時，逐步地以第二呼吸係統替代第一呼吸係統。
具備人體第二呼吸係統的修煉者，練功時，常會出現肺鼻停止吸氣的特殊生理現象，這是由於體進氣替代了肺鼻進氣的緣故。修煉者每在一次體呼氣後，接著連續出現多次的體進氣，然後才發生再次的體呼氣，這種生理現象的出現，說明修煉者的穴位體呼吸功夫正在開始形成。其時，體進氣的次數越多，時間越長，說明修煉者穴位體呼吸的功能越強。但這時的體呼吸屬於低級階段的穴位體呼吸功夫。修煉者經過較長時期的修煉，進一步發展下去，就會煉成不完全穴位體呼吸。所謂“不完全穴位體呼吸”，就是吸氣時以穴位體進氣為主，但在呼氣時，穴位呼氣必須與肺鼻呼氣同時配合進行，才能使呼氣活動順利進行，這種生理狀況叫做“不完全穴位體呼吸”。氣功人在此基礎上繼續堅持練功，經過較長時間的修煉，就能煉成完全穴位體呼吸的高功夫。所謂“完全穴位體呼吸”，就是人體呼吸時，吸氣和呼氣都以穴位體呼吸為主，說明其時的穴位體呼吸已經能夠完全替代肺鼻呼吸，這是一種需經長期修煉才能達到的高級功夫。具有人體第二呼吸係統功能的修煉者，在日常的生活中也會出現穴位體呼吸，不過這種感覺和作用不如練功時那麼明顯而已。