第九條考核組進入企業後，應首先聽取企業負責人關於企業升級工作的彙報和專題彙報，然後分專業組考核經濟指標與管理工作。在考核經濟效益指標時，主要依據為年度財務決算報告和經過審計部門審計的報告。根據財務決算，按照標準要求和說明，計算出各項經濟指標，以確認企業是否達標。考查管理工作，要按企業管理工作評審條件要求，逐條檢查是否落實，對管理工作的考核，主要應抓住以下幾點：一是企業的領導班子是否符合四化要求，黨政分工明確，推行經理負責製，堅持兩個文明一起抓等；二是財會管理；三是企業經營決策和經營戰略，文明經商，優質服務等；四是質量儲運管理，如推行全麵質量管理，貫徹《藥品管理法》和《醫藥商品質量管理規範》，開展四好倉庫活動及安全工作情況等；五是企業的基礎管理和管理現代化工作，如規章製度，部門職責，崗位責任製，各種憑證、台帳等是否完整、規範準確，信息管理，班組建設等，六是職工教育諸種情況、資料。
第十條各專題考核後，向考核組全體人員彙報考核情況和問題，經考核組研究同意後，寫出小組專題考評意見。考核組根據各專題考核的情況和問題，寫出綜合評審報告，其內容包括企業達標情況，采取的主要措施和作法，存在的主要問題和努力方向等（要較為具體、明確）。
第十一條召開企業全體幹部會議，由考核組和專題考核組負責人，對考核情況進行講評，宣布考核意見。在講評前要與企業領導交換意見。
第十二條經考核，企業如達到國家二級企業標準，由考核組會同企業及地方醫藥管理部門填寫《醫藥商業國家二級企業申報表》
第十三條考核結束後，要將考核組的考核意見及各專題考核組的專題考核意見、申報表、企業升級工作彙報、要求提供的證明材料一式六份報國家醫藥管理局審批。
（四）審批
第十四條醫藥商業國家二級企業由國家醫藥管理局審批報國務院企業管理指導委員會備案。
第十五條醫藥商業國家二級企業由國家醫藥管理局頒發證書，統一公布名單。
（五）附則
第十六條為確保企業升級的審定工作，參加考核（或谘詢評估）的人員必須嚴格遵守全國加強企業管理領導小組和國家經委製訂的《企業升級考核評審紀律（試行）》，以及國家醫藥管理局加強企業管理領導小組辦公室和中國醫藥企業管理協會秘書處製訂的《醫藥行業企業升級谘詢評估人員工作準則（試行）》。
第十七條企業申報的各項資料、數據必須真實，不得弄虛作假，否則取消該企業考核年度和次年度的申報資格，已審批的企業則撤銷稱號，並予以通報。
第十八條醫藥商業企業升級工作要有計劃、有步驟地進行，考核不能隻看經濟指標，要把管理工作的考核放在首要位置上，重點在於企業素質的提高。要引導企業把著眼點始終放在抓管理、上等級，全麵提高素質上。
第十九條被命名為《醫藥商業國家二級企業》的企業，原則上每年複查一次。如企業發生重大事故，企業管理混亂，企業發生重大違紀事件等情況之一者，要隨時進行複查，並根據具體情況提出處理意見。
第二十條本《辦法》由國家醫藥管理局加強企業管理領導小組辦公室負責解釋。