明初莊學研究，包括對莊子的批評，以“開國文臣之首”宋濂為主導。方勇教授在《莊子學史》中有專章論述。我們從中得知，正是宋濂，在曆史上第一次把莊子說成是一個“狂者”；他還說：“不幸其書盛傳，世之樂放肆而憚拘檢者，莫不指周以藉口，遂至禮義陵遲，彝倫斁敗（人倫敗壞），卒掊（終於擊破）人之家國，不亦悲夫！”而他的學生、同樣被推尊為大儒名宿的方孝孺則批評莊子，“其辭浩浩乎若無窮，於道邈乎未有聞”，不足以明道也。而翰林學士薛瑄的觀點則是：“老莊雖翻騰道理，愚弄一世，奇詭萬變，不可模擬，卒歸於自私，與釋氏同”；“老子、莊子不述前聖之言，自為新奇之說，所以為異端也”，尤“不可多誦”，“不可深溺”。
清代乾嘉之際的經學家洪亮吉，則側重於治術。他說：“老、莊、文、列四子，實三代以後治術、學術興替分合一大關鍵。老子、文子上承黃帝，開西漢之治者也；莊子、列子則下導釋氏，啟魏晉六朝之亂者也。唐玄宗時升老、莊、文、列四子之書為經，而無所區別，此開元、天寶治亂之所以分也。”
民國時期，由於引進了西方的哲學觀點與思維方式，對莊子的批判包括各方麵的評論也更具特色。這裏開列出影響頗钜的三大家：
胡適先生對於莊子有所肯定，比如在名學方麵，說“是與非是”，相反相成，“含有一個真理”；但批判卻是多方位、多側麵的，而且也特別嚴苛。一方麵說，“莊子的學說其實並沒有什麼十分玄妙神秘之處，隻是粗淺的尋常道理”；另方麵，對於莊子的“命定論”、出世思想，又看作“是社會進步和學術進步的大阻力”，“這種人生哲學的流弊，重的可以養成一種阿諛依違、苟且媚世的無恥小人，輕的也會造成一種不關社會痛癢、不問民生疾苦，樂天安命，聽其自然的廢物”。他還指出，莊子一派奉行的是“懷疑主義”：在莊子看來，“一切關於是非真偽的辯論，都是不必要的和無效的”，從而“否定了辯論的價值，否定了一切邏輯的區別，更動搖了知識的地位”。特別是認為“莊子等古代聖賢”，阻礙了“中國人向外探求、改造自然和社會，增進人類工藝和物質進步”；莊子本人也被封為“守舊黨的祖師”。對此，當時有人就予以批駁，說胡先生“未免拿西洋大禮服，披在老莊的身上，總覺得有些不合體”。
魯迅先生在許多方麵，吸收、借鑒了《莊子》中的精華，但也有所批判，主要集中在莊子的“不譴是非，以與世俗處”、“處於材與不材之間”的“不死不活的入節妙法”，和“彼亦一是非，此亦一是非”的“糊塗主義，唯無是非觀”方麵。
郭沫若先生認為，莊子的“處世哲學結果是一套滑頭主義”；“人生隻是一場夢”，“把人生說得一錢不值”，也始於莊子。
同這些著眼於學術、心性、思想觀念、處世態度形成鮮明對照的，是解放後有些人站在極左的立場上，對莊子予以全盤否定，包括《莊子》的精華部分，也一律粗暴地加以“橫掃”。最典型的是上世紀60年代之初，關鋒從政治需要、階級鬥爭的角度，對於莊子所進行的政治批判。他首先下了定論：莊子“是一個反動的思想家”；然後，從哲學體係、哲學思想、哲學觀點上判斷：一、“是一個徹頭徹尾主觀唯心主義的體係”，其特征是：“虛無主義、阿Q精神、滑頭主義、悲觀主義”；二、“是沒落的、悲觀絕望的奴隸主階級的階級意識的反映”；三、“他的哲學觀點、所達到的結論，則都是錯誤的、荒謬的，沒有什麼可以肯定的東西”；四、“莊子的唯心主義，是最壞的唯心主義”；最後指出：“莊子哲學毒性最烈的，就在於使人醉生夢死、精神墮落，特別是它被裹上了一層糖衣”；“莊子哲學思想，是人類的精神墮落。每一個曆史轉折的時期，反動的沒落的階級，總是這樣來毒化人類的”。通過這樣全盤否定、無情批判，莊子其人其書的一切價值，就都被這個“筆杆子”一筆勾消了。
當然，我們反對對莊子全盤否定的錯誤做法，並不意味著莊子的一切都是正確無誤的，一概都應加以肯定。正確的做法應該是客觀、全麵地進行分析，是其所是，非其所非，看他為思想文化傳統提供了哪些前輩們所沒有提供的有益的東西，又有哪些他應該做到、也能夠做到而他卻沒有做的事情。
同一切偉大的曆史人物、偉大的思想學說一樣，生活在兩千三百年前的莊子及其哲學思想，充滿著內在的矛盾，也存在著鮮明的曆史局限性。
當代學者汪國棟認為，莊子對於權威和知識的認識存有片麵性。由於他仇恨反動統治，他對曾經被利用的包括創造物質文明與精神文明的聖智與知識，也一概加以懷疑、否定與反對，主張回複原始狀態。他對於社會意識的作用也有片麵的認識。他反對任何約束，否定社會意識的作用，認為禮樂、仁義都是多餘的，如同駢拇、枝指一樣。其實，人之所以為人，正是由於人是社會的人，具有社會性和社會意識。再者，莊子在黑暗政治之下，認識當時行事之艱難，交往的困境，這是不爭的事實；但在如何對待上，莊子偏向逃避一麵，這應該說是消極的。對於曆代中國文人人格的塑造，崇古意識與遊世避禍心理，都有一定的負麵影響。
莊子強調對功利的超越，認為“不治之治”是最好的治；反對“以人滅天”，主張一切順應自然，不對自然進行人為的加工，批判人類粗暴地征服、控製、掠奪大自然，是有積極意義的；但是，由此而主張絕對的安命無為，反對對大自然進行任何改變，認為人類文明的每一次進步都是以犧牲自然環境為代價，由“人類中心主義”轉向極端的“生態中心主義”，這也是一種偏頗。從對人生的悲歎轉到對自然的屈服，從過分強調客觀必然性，轉到對所謂天道的盲目崇拜，從而絕對否棄人的主觀能動作用，最後倒向了宿命論，這也是不可取的。
莊子出於對血腥、黑暗的當時社會的批判與憎惡，發出對遠古“至德之世”的向往和重返人的自然本性的呼喚，這自有他的道理；但不應因此而慕古懷舊，認為“至德之世，同與禽獸居，族與萬物並，惡乎知君子小人”①最為合理，進而得出“文明原罪”的結論，把問題的產生全部記在文明的賬上。文明製度是人類智慧的產物，其根本宗旨是建設一個有秩序的人類群體，推進社會的進步；至於在發展過程中出現種種偏差，甚至產生“異化”，成為一種破壞力量，這並非文明本身的過錯。
莊子“是個絕頂聰明的人，把一切都看得太透徹了。如茫茫人海，各人也渾渾噩噩像烏龜似的爬來爬去，忙忙碌碌像耗子似的東奔西竄，然而每個人都不知道自己忙了些什麼，為得著什麼。一旦省悟時，便會覺得自己所作所為是如此的（地）莫名其妙??看開了，一切都不過如此罷了，於是，你就會不屑於任何事物，任何行動。然而，這樣的社群會產生怎樣的結果呢？如果每個人都像莊子筆下的南郭子綦‘隱機而坐’，進入到‘荅焉似喪其耦’的境況，那末，個人和社會豈不近於靜止？”②否定社會發展、文明進步、政治改良的種種努力，對人生、世事抱持悲觀、虛無態度，這也是莊子思想中的消極成分。
至於莊子的這種消極悲觀情緒、虛無態度是怎樣形成的，當代學者劉笑敢有過深入、中肯的剖析：他說：
曆史上常常有這樣的情況，在社會發生重大動蕩變革的緊要關頭，許多思想單純的人都毫不躊躇地投入了一種社會潮流，或不知不覺地跟隨著一種潮流走了下去，而少數深刻的思想家卻因看到的更多、想到的更遠而感到進退維穀，躊躇不前。莊子的消極悲觀就有似於這種情況，他比別人更敏感地感受到了社會生活中的客觀必然性，更深刻地看到了統治階級的殘暴貪婪的本性是不可能改變的，更懂得自己及自己所從屬的社會力量是無法根本扭轉混亂的社會現實的；他也比別人更清醒地認識到每一種行動、每一種願望都可能走向自己的反麵，因此他感到強烈的無可奈何的悲哀，感到有所為不如無所為，有所求不如無所求，然而他又比別人更強烈地渴望精神的獨立自由，這就造成了他思想上深刻的矛盾。從社會曆史發展的過程來說，人類是完全能夠認識和掌握社會發展的客觀規律的，人的自由和客觀必然性的統一是完全可以在現實生活中實現的，然而這一切在莊子的時代卻是不可能的，“這就構成了曆史的必然要求和這個要求的實際上不可能實現之間的悲劇性的衝突”①，所以莊子是曆史上的一個悲劇性人物，莊子思想中的矛盾是曆史的悲劇性衝突的反映。莊子之所以消極悲觀是因為他比別人更敏銳地看到了在當時的曆史條件下還不可能正確解決的矛盾，這就形成了思想深刻的人似乎比一般的人更容易犯錯誤的悲劇結局。
三
莊子的悲哀，不在於遭受到後世多方麵的批評。批評首先是一種關注；批評隻要準確，而且具有足夠的深度，那它對於學說的傳播與發展是絕對有益的，甚至是必不可少的；即使有的批評，失之於期望過高、要求過苛，甚至不著邊際，毫無道理，也用不著大驚小怪，眼明的讀者自會慎思、明辨，決定棄取。也正是為此吧，所以，德國偉大哲學家康德才說，他不擔心被證明有錯誤，卻擔心被誤解。
魯迅先生也有過類似的論斷：“文人的遭殃，不在生前的被攻擊和被冷落。一瞑之後，言行兩亡，於是無聊之徒，謬托知己，是非蜂起，既以自炫，又以賣錢，連死屍也成了他們的沽名獲利之具，這倒是值得悲哀的。”文人或者學人，“一瞑之後，言行兩亡”；而“無聊之徒”出於“沽名獲利”的目的，“謬托知己，是非蜂起”，確是堪歎亦堪悲的。
曹雪芹為《紅樓夢》自題詩雲：
滿紙荒唐言，一把辛酸淚。
都雲作者癡，誰解其中味？
天才人物總要為他們的超越時代而付出沉重的代價。莊子的悲哀，也正在於他的著作“解味”者不多，未能得到世人充分的、足夠的理解，以至於長時期地遭到冷落，無人問津；後來的情況是，出於不同需要、不同考慮，被扭曲，被肢解，被利用，被改造。
似乎他在生前就已經預見到自己學說的命運了。我們當能記得那句令人感慨生哀的話：“萬世之後而一遇大聖，知其解者，是旦暮遇之也。”①對此，成玄英“疏”解為：“且世萬年而一逢大聖”，“如此解人，甚為希遇”。
當代學者張京華指出，莊子思想的精髓，既不是相對主義的認識論，也不是養生哲學的社會觀，而是抽象思辨的本體論。莊子是以抽象思辨的本體論，而非具體某種政治主張，來實現他對宇宙萬物的根據和原則的探求的。莊子代表了中國古代理論思維的最高成就。道家的巔峰不是老子，而是莊子。莊子不僅繼承了老子，而且極大地發展了老子。莊子在諸子百家中的理論地位最高，而其實際境遇最差。莊子之於後世，先是被冷落，一直到兩漢，寂寞達數百年；爾後，便是被借用，被改造。
實際上，這種“被改造”的情況，從莊子“一瞑之後”甚至在世時就已經在他的後學中間開始了。按照劉笑敢的分析、判斷，莊子後學可分為述莊派、無君派與黃老派。除述學派以繼承、闡發莊子思想為宗旨外，無君派與黃老派對於莊子思想都曾有重要改造，有的甚至相去甚遠。這在學術發展史上，也是無可奈何且又十分常見、十分正常的現象。