校企合作辦學，既優化了師資隊伍，豐富了教學內容，又有利於學生理論聯係實踐，掌握原理，理解透徹，明確用途，學習能力和編程能力得到全麵提高；同時，學生能夠盡早地了解企業文化，具備企業員工的基本素質。
學院與這四家知名企業合作辦學，在長沙、廣州、青島、蘇州、北京等地建立了實訓基地，為學生實訓創造了十分便利的實踐教學條件。
二、創新教學管理製度
周清平院長通過對中國自古以來考試製度重分數輕能力通病的剖析，敢於革除包括中國高校在內一直沿用的以一次考試卷麵分數定優劣的考試製度的弊端，借鑒美國相關高校的做法，變重視期末考試為重視教學過程，變單純地重視考試分數為既重視學生掌握理論知識和更重視形成過硬的專業技能，狠抓教學全過程中各環節教師的教學質量和學生的學習質量，強調學生掌握課程每個章節的知識點，並通過動手能力訓練達到每個章節的技能標準。為此，學院增加學生課外作業，增加考試次數，改一貫實行的學期期末一次考試為每學期根據教學進程分階段進行4-5次基本知識和基本能力測試，把測試成績計入期末總評成績。這樣的改革，降低了考試的難度，增強了學生的積極性，也增強了他們爭取優異成績的信心。學院改革考試製度，改進評分和記分辦法，學生把理論知識學得更紮實，把編程能力練得更勤奮，使“學分製”變成真金白銀，沒有水分，激發了廣大學生的學習熱情。
三、積極推行啟發式教學方法
周清平院長多次親自向學院教師宣講推介研討式等教學方法，多次請郭遠珍教授給教師介紹美國高校普遍采用的多種啟發式教學方法。院長助理覃遵躍教授、教研室主任顏一鳴老師帶頭示範，推行以研討式為主的多種啟發式教學方法。青年教師互教互學，積極研討，熱情很高。學院5年來推行以研討式為主的包括討論法、案例教學法、項目式教學法、科研訓練法、實驗法、講授法等多種啟發式教學方法。2014年學院確定Ｊａｖａ程序設計等4門課程全麵運用研討式教法。覃遵躍教授運用研討式教法的課堂教學，全麵提高了學生的學業成績，切實培養了學生的各項能力，受到任教班級每一位學生的歡迎，獲得省內外專家學者、湖南省教育廳領導和來學院進行本科辦學水平評估的各位專家的一致好評。這些教學方法突出了6條原則：貫徹了科學性與思想性相結合原則，理論聯係實際原則，教師的主導作用與學生學習主體相結合原則，統一要求與因材施教相結合原則，知識傳授與能力培養相統一原則及係統性與循序漸進相結合的原則。極為有利啟迪和培養學生思維、質疑、思辨、探索、創新能力，激發學生學習熱情和潛能，學生學習質量普遍明顯提高。
學院創造性地以推行研討式為主的啟發式教學方法，培養出了張彬連、郭鑫、鍾鍵等一大批教學能力突出的青年教師，鍛煉出了陳生萍、寧小浩等優秀教學管理人員。
四、教育教學成績顯著
吉首大學軟件學院貫徹因材施教原則，讓學生都得到適合個性特征的、滿足個性發展的需要，學院為那些成績好、有能力、有特長、有熱情、有要求、有個性和有創新精神的學生提供更多更好的教育資源，專門建立了大學生研究性學習與創新性實驗室（相當於美國大學中的榮譽學院），選派優秀教師專門按小班上課，開小灶，對學生進行個別輔導，實行個性化的學習、創新性的研討，實用性的設計與實驗；分年級成立多個興趣小組，培養學生的能力，培養軟件開發能手。這項工作多年來由黃偉老師負責，學院還有教學經驗豐富的覃遵躍 、徐宏智 、顏一鳴 、蔡國民、黃雲、郭鑫等擔任輔導工作。
學院學生參加省校級大學生研究性學習與創新性實驗計劃項目16項，其中省級6項；學生獲國家級學科競賽獎7項23人次，其中，吳亮、屈微等同學“沼氣工程專家診斷與智能服務係統”獲第四屆中國大學生服務外包創新創業大賽一等獎（教育部和商務部）；獲省級學科競賽21人次5項，其中曾磊、許飄等同學分別獲得“藍狐網絡杯”湖南省第九屆大學生程序設計競賽應用開發類和程序設計類團體二等獎，學生創新能力培養達到目標要求。學生的科技創新成果也大量被企業采用。2015年國家大學生創新競賽中評選出的10名學生中，吉首大學軟件學院獲得第6名，前5名為北大和清華學生。
學院學生近5年參加全國大賽獲獎部分情況統計如下：
年份
比賽項目
獲獎情況
2009
第五屆全國ITAT教育工程就業技能大賽個人國家一等獎
獲國家級競賽一等獎
2009
第五屆全國ITAT教育工程就業技能大賽個人國家三等獎，三等獎共3項
獲國家級競賽三等獎，三等獎共3項
2010
第二屆“桂林高新杯”軟件設計大賽暨廣西第二屆軟件設計大賽團體一等獎
獲省級競賽一等獎
2010
第二屆“桂林高新杯”軟件設計大賽暨廣西第二屆軟件設計大賽團體一等獎
獲省級競賽二等獎
2012
第四屆中國大學生服務外包創新創業大賽團體三等獎
獲國家級競賽三等獎
2012
第七屆屆全國信息技術應用水平大賽省級二等獎
獲省級競賽二等獎
2013
第四屆中國大學生服務外包創新創業大賽團體一等獎
獲國家級競賽一等獎
2013
第四屆中國大學生服務外包創新創業大賽團體二等獎
獲國家級競賽二等獎
2013
第四屆“藍橋杯”全國軟件專業人才設計與創業大賽省級一等獎
獲省級競賽一等獎
2013
第四屆“藍橋杯”全國軟件專業人才設計與創業大賽省級一等獎
獲省級競賽二等獎
2013
第四屆“藍橋杯”全國軟件專業人才設計與創業大賽全國三等獎
獲國家級競賽三等獎
2013
“藍狐網絡杯”湖南省第九屆大學生計算機程序設計大賽團體二等獎
獲省級競賽二等獎
2013
“藍狐網絡杯”湖南省第九屆大學生計算機程序設計大賽團體三等獎（共2項）
獲省級競賽三等獎
2014
第五屆“藍橋杯”全國軟件專業人才設計與創業大賽省級一等獎
獲省級競賽一等獎
2014
第五屆“藍橋杯”全國軟件專業人才設計與創業大賽省級二等獎
獲省級競賽二等獎
2014
第五屆“藍橋杯”全國軟件專業人才設計與創業大賽全國三等獎
獲國家級競賽三等獎
2014
第三屆“中國軟件杯”大學生軟件設計大賽
獲國家級競賽二等獎兩項
2014
第五屆中國大學生服務外包創新創業大賽
獲國家級競賽二等獎兩項
2015
甲骨文杯JAVA程序設計大賽
獲國家級競賽一等獎
軟件服務外包學院教育教學的高質量造就了畢業生高質量就業和創業。2014屆、2015屆畢業生就業率均達100％。畢業生中有遠赴日本東京軟件開發公司就業的，也有在國防科技大學航天管理站就業的，還有考上北京大學攻讀碩士學位的。畢業生多為高薪就業。段子明同學以融資3000萬元驚豔高校畢業生創業圈。李健雄同學設計軟件得到300多萬元的融資。