軍隊問題是會議鬥爭的焦點。國民黨堅持“軍令政令統一”“先將軍隊交給政府，再由政府給一點民主”。青年黨提出了《停止軍事衝突實行軍隊國家化案》，表麵上看，主張政治民主化與軍隊國家化二者並重，其實質是強調“軍隊國家化為政治民主化的必要條件”。與國民黨的主張沒有兩樣。1月16日，民盟提出《實現軍隊國家化並大量裁兵案》，主張兩大原則，一是“全國所有軍隊應即脫離任何黨派關係，而歸於國家，達到軍令政令之完全統一（現役軍人脫離黨籍）”；二是大量裁減常備軍額。為達上述兩點，應立即成立整軍計劃委員會，由國共兩黨軍事人員、非兩黨之軍事人員、非軍事人員參加；同時可聘美國軍事專家為顧問。梁漱溟特別解釋說：軍隊國家化，“即是軍隊不屬於任何人、任何地方、任何黨派所有。中共認為‘美滿的和徹底的辦法，是把政府改組為各黨各派、無黨派人士參加的民主合作的政府，再由這個政府去統一全國的軍隊’，另一個案是政治民主化做一些，軍隊國家化做一些，兩者平行，逐漸達到一個民主憲法的政府”。周恩來在討論軍事問題時，提出了12條建議，他說：政治民主化與軍事國家化要同時進行，不能認為先有軍隊國家化，然後才能政治民主化。“不僅要平行前進，以達統一，而且要認識過去曆史的發展。”“軍隊是從人民來的，隻有軍隊能真正保護人民利益，才能保護國家，才能保護民族。”經過爭論，最後達成一個折中協議，確定“軍隊屬於國家”的建軍原則，實行“軍黨分立”“軍民分治”的整軍原則和“以政治軍”的辦法，並決定由軍事三人小組盡速商定整編軍隊的辦法，沒有解決實際問題。
國民大會問題。1月17日，國民黨提出《關於國民大會之意見》，其主要內容是：1.民國三十五年五月五日召開國民大會。2.第一屆國民大會之職權為製定憲法。3.1936年選出的國大代表仍然有效，另外“合理增加”名額。具體地說，國大代表總數1440名，前已選出950名。尚需選出490名，其中240名由國民黨指定。這就是說，共產黨、民主黨派及其他代表隻有250名。對此，中共、民盟和進步的無黨派代表一致強烈反對。鄧穎超提出了中共的主張：1.改組後的國民政府應負責協同政治協商會議商定中國民主憲法草案及國民大會選舉法、組織法，並立即根據新的選舉法，進行選舉。2.確定在本年內召開有各黨派參加的自由普選的國民大會，製定憲法，並依據憲法成立正式的民主聯合的國民政府。在第二天的討論中，周恩來發言說：“國大的代表選在10年以前，那時一黨統治，中共處在地下，許多黨派也無選舉權，選舉方法根本不是直接、平等、普遍與自由無拘束的民主選舉。這樣選出的代表，我們當然不能承認他們為合法代表。但如果一切問題都已解決了，隻剩下這個問題未得解決，是否為了這一個問題我們就要與政府黨分裂呢？當然不能。”“又不承認舊代表，又不要分裂，那麼這不是很困難麼？當然是困難的。既然是難題，就要找出路，就要在許多問題上找政治民主化的出路。”“如果在若幹別的問題上都有好的民主出路，那麼對於這一件違背民主的事情，人民或者還能諒解。”中共為表明爭取和平和團結的誠意又做了讓步。