國大代表選舉糾紛鬧得烏煙瘴氣，使國民黨中央手足無措，中常會接連不斷召集會議研究對策，決定對兩派代表軟硬兼施。1948年2月4日，中常會第140次會議通過《中國國民黨員當選國大代表、立法委員自願讓與友黨獎勵辦法》六條，許以書麵獎勵，保證下屆黨選有優先提名之機會，現無工作者予以介紹適當工作等等。並對不願自動退讓者，除以黨紀處分外，還要開除其行政職務。3月15日，中常會146次會議決議：自願退讓者其無工作的一律由國民政府任命為“戡亂建國委員會”委員；反之則送中央監察委員會議決。但兩派代表毫不理會。據3月31日中臨會臨時會議紀要載：這些代表“不時結隊來黨部請願，並於本月一日晨集合30餘人，至居（正）院長住所，當麵責問司法院，解釋如何不當，並強挾居院長乘車至官邸謁總裁，適值公出，未得謁見”。據3月17日中常會147次會議紀要載：這些代表“連日向中央黨部請願，情緒惡劣，屢欲向居正、張厲生、陳立夫等施用武力，幾經防止未生事故”。行憲國大一時陷於欲開不能，欲罷不行的尷尬境地。最後，蔣介石不得不硬著頭皮決定於1948年3月29日召開。就在行憲國大開幕那天，還有簽署當選代表趙遂初雇人抬了一口棺材到會場門口，吵鬧不休，硬要闖進會場。以後還有當選代表顏洋滋、楊翹新、李化成、黃謨、張敷、劉彬、周遊、連退菴8人宣布絕食抗議“已逾10日，命在垂危”。國民大會籌備委員會警衛處情報稱：簽署、提名當選代表180名，要以衝鋒方式占據大會主席台，逐出民青兩黨代表，並以10人為1組分別占領陳立夫、張厲生、吳鐵城公館等。
行憲國大就這樣，於1948年3月29日在南京開幕，出席開會典禮的有1679名代表，略超過應出席代表總額3045人的半數。蔣介石為防國大代表在會議中再事端，早在3月3日中常會議通過《國民大會黨團組織辦法》，規定：凡參加國民大會的每一基層選舉單位，隻要有黨團員30人者得組織黨團幹事會，在中央則成立由陳立夫控製的黨團指導委員會。會議期間要求黨團員：1.切實執行命令；2.為黨服務任勞任怨；3.犧牲小我，服從決議；4.捐棄成見，共同奮鬥。並規定黨團指導委員會如發現黨團幹事或黨團員言論行動有逾越黨團規定之範圍，而使本黨主張遭受失敗者，得視情節輕重報請中央議處。蔣介石作了這些安排後，滿以為可以順利貫徹其意誌，不會再有事端。哪知就在29日，蔣介石在《開會詞》中說：此次“國民大會的使命，隻是行使選舉權，以完成中華民國政府的組織”。可是代表們的意見與之相左，強烈要求：“將地方情況反映於大會，反映於中央政府，對於當前時局及政府施政方針，應有廣泛之檢討。”於是此項建議付諸表決，以絕對多數讚同而獲通過。但對4月9日蔣介石所作《施政報告》，12日至14日各部部長所作工作報告及檢討，因為謊話連篇，大家都不感興趣，有的逃會，有的竊竊私語，有的閉目養神，千姿百態，會場冷落。但一到討論報告之檢討時，卻是另一番景象，人到的齊而爭先恐後要求發言，登記發言者達300人之多。盡管蔣介石作《施政報告》時，一再規勸“不可重視細節，議論紛紛，爭持不下”，還懇求“程序愈簡愈好，議程的進行愈迅速愈好”。但是代表毫不理睬，對部長們的報告進行激烈尖銳的批評指責達到了高潮。特別是北方代表在會上大罵政府，台下為之鼓掌。當有人在台上頌揚，台下則發出噓聲、尖叫聲、跺腳聲，響成一片。尤其在12日下午，對於軍事報告之檢討會上，山東的趙庸夫大喊：“勝利後不收編山東偽軍，把30萬遊擊隊逼上梁山，應請政府殺陳誠以謝國人。”東北的張振鷺說：“諸葛亮揮淚斬馬謖，我們要求蔣主席演這出戲。”台下為之呼應，不約而同地大呼：“殺陳誠以謝國人！”陳誠是蔣介石的心腹愛將，會場的喊聲叫聲，使蔣介石十分難堪而又十分不好辦。於是蔣介石隻有操縱大會秘書處，加快步伐，砍掉絕大多數人的發言，連原定15日政府對各項檢討意見之答複也被取消。