經過中共中央軍委這明確電示，才基本上解決了遼沈戰役首先從北寧路打起的問題。9月10日，東北野戰軍總部在兵力上做了重新部署，決定以6個縱隊另4個獨立師對付錦州範漢傑集團，以3個縱隊（欠一個師）位於沈陽以西地區，以2個縱隊位於沈陽以北地區，對付沈陽之敵和阻止長春之敵突圍，以肖勁光第一兵團指揮第十二縱隊及6個獨立師包圍長春蔣軍。
9月12日，遼沈戰役首先在北寧路上山海關至唐山段打響。第十一縱隊和冀察熱遼獨立師，以突然迅猛動作先後攻克昌黎、北戴河；熱河的部隊攻克沙後所和綏中。接著，東野主力四、九縱，由台安北鎮出發，迅速切斷義縣與錦州的聯係，包圍了義縣。八縱由八麵城出發，經彰武、北鎮插入錦州以北，殲滅了葛文碑的蔣軍九十三軍之暫二十二師後，包圍了薛家屯。三縱和二縱之第五師，9月14日由西安出發，長途奔襲而至接替四、九縱隊，包圍了義縣。然後，四縱繞過錦州，於9月29日攻克興城；九縱以滲透戰法，插向錦州以北，以一部兵力配合八縱殲滅了薛家屯蔣軍兩個團，並奪取了帽山屯和錦州以北諸高地，該縱第二十五師七十四團一連，在白老虎屯打退蔣軍在10多架飛機10多輛坦克和大炮支援下的4個步兵團的15次反擊，激戰16個小時，最後隻剩下37個戰士，頑強地守住了陣地，創造了初戰的英雄範例。
與此同時，位於錦州之南、錦西之北的要衝塔山，在七縱的攻勢下，很快把防守的蔣軍劉梓皋師擊潰，逃向錦西蔣軍五十四軍陣地。在虹螺峴方麵警戒的蔣軍八十八師黃文徽部，在解放軍淩厲攻勢下，被迫向錦州飛機場以南和鬆山西端高地撤退。因此，錦州外圍的高橋、西海口、塔山等要點，很快為七縱所攻占，於是錦州和錦西間的鐵路被切斷。
此時，林彪的指揮所還在哈爾濱附近的雙城，由於遠離戰場，對前線實際情況不甚明了。9月25日，劉亞樓參謀長電令八縱用炮火封鎖錦州機場。26日，八縱司令員段蘇鬆、政治委員邱會作來電：“錦州有兩個機場，東郊機場已幾年未用，西郊機場正在使用，請示應封鎖哪一個機場？”劉亞樓接到電報，氣得暴跳如雷：“這兩個飯桶！沒用的機場要你們封鎖幹什麼？”林彪也大發脾氣說：“敵人正在空運，耽誤了兩天時間，應通報批評！”劉亞樓立即將這一任務電令九縱，九縱用一個炮兵營和炮縱部分兵力，於28日猛轟錦州西郊機場，正在運兵的大肚運輸機，有5架被中彈起火，停止了兵運。針對所發生的情況，羅榮桓對林彪說：“戰場情況瞬息萬變，指揮機關不應遠離戰場。如果司令部得知錦州有兩個機場，並明令封鎖西郊場，就不會發生這個問題。”這樣，林彪才定下決心啟程南下，將指揮機關移往前線。
盡管在戰役開始以後，東北野戰軍的攻勢淩厲、順當，但是否要先打錦州，林彪仍未完全消除顧慮，他於9月26日電報中央軍委：“打了義縣、高橋、錦西、興城之後，如果山海關敵人沒撤，則打山海關，如果山海關敵人撤了，再打錦州。”毛澤東於27日回電說：“如能同時打山海關，錦州則同時打，否則集中兵力打錦州。打下了錦州你們就有了主動權，我們認為攻克錦州是有把握的。如果先打山海關，再回頭打錦州，勞師費時，給沈陽敵人以增援時間……”
接到毛澤東的電報，林彪這才定下打錦州決心，於28日電報中央軍委：“我七縱昨日已占高橋，俘敵500。至此錦州與錦西完全確實切斷。……我們已決定先打錦州再打錦西。因錦州敵雖多但不強，易突破，易混亂，縱深戰鬥時間可能不甚長，且便於隨時打沈陽來援之敵。如攻錦西則敵雖隻有4個師，但五十四軍戰力較強，戰鬥時間可能不比錦州短，且不便於抽出打沈陽來援之敵。”隨後下書錦州蔣軍第六兵團司令官盧濬泉，勸其停止抵抗，為盧所拒絕。