《應變計劃》對各遊擊武裝規定了具體任務和戰略戰術：“一是要保存，二是要擴大，三是要進擊。”要求“各自為戰，共撐待變，盡力避免不利行動。生存就是勝利，堅定就是勝利；同時，積極吸收和引導、組織過去我所留之各種地方武裝、警察、綠林武裝，等待一切機會，留心一切機會，創造一切機會”，並“利用當前社會問題製造事件”，積極主動地進行“靈活鬥爭”，破壞共軍一切軍用設施，消滅共軍一切有生力量，最終配合台灣完成“反共複國大業”。
蔣介石雖然逃到台灣島了，卻有計劃有組織地在大陸各地潛伏了大批黨團軍警憲特人員，據有關方麵後來統計，當時潛伏大陸的武裝土匪200萬人、特務分子60多萬人、反動黨團骨幹及其他反革命分子60多萬人，給新生的人民共和國的建立與鞏固，製造了極其嚴重的隱患。且看看當時各地嚴重情況：早在1948年11月，毛人鳳就來到大西南視察，成立了軍統西南區，徐遠舉任區長，副區長周養浩、呂世琨，下轄重慶、成都、雲南、貴州、西昌、康定六個站和重慶、昆明兩個通信支台。站下設軍統組，如重慶站下設渝市、學運、工這、郵檢、北碚、萬流、萬縣、巫溪、黔江、南充、瀘縣、屏山12個軍統組。雲南站下設昆明、工運、學運、蒙自、昭通、隴川、河口、佛海9個軍統組。成都站下設蓉市第一、第二、郵檢、廣元、巴中、自貢、樂山8個軍統組。康定站下設德格（轄西藏）、巴安（轄康南）、甘孜（轄康西）3個軍統組。與此同時，軍統還在大西南各地設立公開機構，西南長官公署第二處下轄8個情報組，負責國民黨駐西南地區各兵團和重要地域軍事情報工作，還管理各省會警察局、警備總部的稽查處、各綏靖公署的保防處及各大兵工廠、鐵路、公路的警務處等21個單位，構成了西南地區軍統特務嚴密網絡。毛人鳳還製定了《軍統特務在西南區的應變計劃》，其內容有：潛伏計劃，遊擊計劃，破壞計劃和還鄉計劃四部分組成。1949年4月，毛人鳳親到重慶作具體布置；7月，從台灣派李修凱任軍統西南區副區長，主管潛伏工作；並派任鴻傳到西南各省站作具體布置。8月，毛人鳳二次到重慶，解決了西南潛伏經費問題，潛伏工作正式啟動。解放軍進入陝、甘、鄂等省後，軍統在西南區又啟動了遊擊計劃，成立了西南地區指導工作委員會，主任廖宗澤。1949年6月，徐遠舉與四川省主席王陵基、重慶市長楊森接洽後，派軍統特務羅國熙為第七行政區專員，孔繁學、常宜中、張樹良為興文、古宋、古藺三縣縣長，擬在此地區建立遊擊區。軍統還抽調6個交警總隊，到四川進行整補後，分駐川黔兩省，以此作為基礎力量，聯絡地方武裝進行遊擊活動。並擬定計劃在西南建15個遊擊區，委派了負責人：川康區何龍慶，華瑩區廖宗澤，遂蓬區蔣述法，川南第一遊擊區羅國熙，川南第二遊擊區周迅宇，川西區楊超群，峨山區曾睛初，黔西區張安慶，黔南區陳星初，黔西北區黃仙槎，滇西區沈醉，滇南區蘇飛鵠，滇緬邊區鄭文芬，滇越邊區梁芮生，西康區譚榮章。