據史料記載，秦始皇陵封土的高度，西漢時為“墳高五十餘丈”。按當時每尺23厘米折算，封土高度應為115米甚至還要多些。1961年，中華人民共和國國務院將秦始皇陵作為全國第一批文物保護單位予以公布。同年，陝西省文管會王玉清等考古、文物管理人員對陵園進行了勘察和測量，這時的陵頂封土已被雨水衝刷到不足當初高度的二分之一，僅為43米。
當然，王玉清等人這次的勘查對陵區文物的分布及地下深埋的秘密仍一無所知。要真正弄清陵園的一切，還要等到兵馬俑被無意發現後程學華率考古鑽探小分隊到來之時。
1976年秋天，在清風吹拂中，程學華翩然而至。
馬廄坑與珍獸坑
考古學家程學華站在秦始皇陵封土之尖，舉目四望，陵園周圍的莊稼多已收割，大片的田疇隻有銀白色的荒草在秋風中搖擺。他反複察看了地形，悄然走下陵頂，率隊來到陵園東側的上焦村外，開始了漫長的鑽探歲月。
一把把洛陽鏟鑽入當年的皇家聖土，一塊塊黃土碎石在力的打擊下被切割開來。那是一個秋日的黃昏，如血的殘陽灑映在高大的秦始皇陵上，晃動的野草翻起點點赤紅色的光，如同飄蕩的流火。天地輝煌，大自然再度張開生命的活力，接受蒼茫寰宇的熱切親吻。曆盡滄桑劫難的秦始皇陵園，也在這天地的饋贈中孕育著一個燦爛的未來。當程學華的探鏟再度穿人地下時，隨著鏟杆的微微顫動，傳來一聲微弱但異樣的聲音。據傳，凡是富有經驗的盜墓賊在鑽探時，都能從鏟杆和聲音的變化中，確切地感知和判斷出地下的器物。作為考古專業人員，其鑽探技術當然要遠勝於盜墓賊一籌，否則，便稱不上是考古學家，而隻能算是掘地的農民了。尋的東西就要從這裏麵世了。他沒有聲張，而是拔出探鏟移動了位置繼續鑽探。此時的程學華期望這裏會再度出現像一號兵馬俑坑那樣龐大的地下軍陣，再現人類文明的奇跡。但事實卻使他失望並陷於迷惑，緊隨探鏟帶出的不是一塊塊陶片，而是朽骨的殘跡。
他把所有的鑽探人員叫到麵前，對兩種不同的跡象作了細致入微的分析。憑聽到的聲音和鏟杆賦予的感覺，他第一次所碰到的是個陶俑已成定局，而在這陶俑的旁側出土一堆朽骨殘跡該作何解釋？況且從朽骨的形狀、粗細來分析，又不像人骨。這就否定了會像一號兵馬俑坑那樣出土的朽骨多為漢唐之後葬屍的可能。為解開這埋藏地下的玄機奧秘，程學華決定將鑽探情況上報後進行試掘。
周圍5米見方的土層很快被掘開。當深入地下2米時，一個陶俑的頭蓋露了出來，這就是程學華在鑽探時感知的陶俑。當發掘人員將坑全部試掘完後，呈現在鑽探人員麵前的是一幅和一號兵馬俑坑完全不相同的畫麵。
一個高約70厘米的陶俑背西麵東安詳地跽坐著，臉部和手背分別塗有粉紅色顏料，頭後部挽有細長的發辮，衣袍呈淡綠色，兩眼平視前方，麵帶慈容，雙手平放在腿上，似在觀看和等待著什麼。
在跽坐俑的麵前，放置著陶罐、陶盆、陶燈等不同形狀的陶器，陶盆內有朽爛得發黑的陳跡，隱約可辨出是穀子和穀草。在陶器的前方，則是一副碩大的骨架，雖經2000年掩埋，但考古人員一眼便看出這是一匹馬的屍骸。
事情已經清楚，這是一幅完整的圉人［1］，喂馬圖的再現。隻見馬骨的身下有4個不粗的小孔，馬腿置於孔中。前端有一小土坎，坎上挖有缺口，其大小剛好把馬的脖子卡在缺口內，雖然沒有發現專門的葬馬輔助設施，但從馬的骨骼作掙紮狀和殘存於骨架上繩索的痕跡推斷，馬是被捆綁後抬到坑中活埋的。
程學華根據坑的位置和出土的器物推斷，類似的馬廄坑絕非僅此一處，它像兵馬俑軍陣一樣應為一個龐大的整體，從而構成秦始皇陵園整體陪葬布局的一個完整單位。
根據這樣的思維和推論，程學華開始率隊在坑旁分南北兩路進行鑽探。一個月後，馬廄坑的位置和排列形式全部探明，整個單位布局為南北向三行排列，每行千餘米，以坑的密度推算，至少有200座陪葬坑。為確切證實鑽探後的結論，程學華又率隊試掘了36座陪葬坑，出土器物除跟第一座坑類似外，還發現了陶盤、銅環、鐵斧、鐵鏟、鐵燈等不同的陪葬品，並在陶盆、陶罐裏意外發現了一批陶文：
大廄四鬥三升
左廄容八鬥
大廄中廄小廄宮廄左廄
這些陶文的發現，為確定陪葬坑性質提供了確切的依據。“大廄”、“中廄”、“小廄”等文字，當是秦代宮廷的廄名，這就進一步證實陪葬坑象征的是秦始皇宮廷的馬廄，或者說象征著秦始皇生前宮廷養馬的場所；鐵叉、鐵鏟、鐵斧為養馬的常用工具，陶盆、陶罐為養馬的器具，穀粒和穀草是馬吃的食物，陶燈和鐵燈則是夜間喂馬人的照明燈具。
馬廄坑的發現，為研究史料缺少記載的秦代養馬習俗和馬廄的編製機構，提供了極為珍貴的實物資料。
馬廄坑發現和試掘後，鑽探小分隊分成兩組，一組在陵園東側繼續擴大鑽探範圍，一組赴陵西開辟“第二戰場”。
1977年春，陵西鑽探組在內外城之間發現了和馬廄坑類似的陪葬坑31座。排列形式亦是南北走向的三行排列法，隻是間隔比馬廄坑大些。為揭示陪葬坑的內容和奧秘，鑽探隊對中間一行17個坑進行了試掘。出乎意料的是，這17個坑中隻是各自存有一個長方形的瓦棺，沒有其他器物出土。考古人員將瓦棺的頂蓋揭開，隻見裏麵存有一具動物骨骸和一個小陶盆，陶盆的形狀與馬廄坑出土的相同，隻是動物骨骸要小得多，顯然不再是馬。經過科學研究鑒定，這些動物分別為鹿及禽類。
既然已有動物骨骸，說明它的性質和馬廄坑是相同的，隻是這裏的飼養者沒有在坑內。那麼，這組陪葬坑是否不再設飼養的圉人？
考古人員帶著疑問，對東西兩側陪葬坑又進行了局部發掘，發現每個坑中都有一件跽坐俑，其造型和神態與馬廄坑出土的跽坐俑極為相似，隻是有幾尊陶俑和一號兵馬俑坑的陶俑一樣高大，姿勢不是跽坐而是站立，雙手不同於跽坐俑平放於腿上，而是雙手揣在袖中。對於這個奇特的現象，考古人員從姿態和服飾推斷，多數人認為這幾尊俑的身份要高於跽坐俑，可能是主管飼養事務的小官。［2］
從試掘情況分析，中間的17座應為珍禽異獸坑，而兩邊則為跽坐俑或立俑。如果馬廄坑象征的是秦始皇的私人養馬場所，珍禽異獸坑也該是宮廷的“苑囿”。兩組不同的陪葬坑在充分揭示了秦代宮廷製度和皇家生活習俗的同時，也讓後人透過曆史塵封，更加清晰地窺測到秦始皇的思想脈絡和政治心態。
盡管千百年來人們對秦始皇的所作所為議論紛紛，褒貶不一，但馬廄坑和珍禽異獸坑的發現，無疑揭示出秦始皇時代對於“人的價值”這一思想主題的認識和對人本身的尊重。兩組不同的陪葬坑，分別埋有活生生的馬和珍禽異獸，但飼養者或主管飼養事務的小官卻都是陶俑。
馬廄坑賦予人們的認識是，馬與俑雙方不存在誰為誰陪葬的相互關係，它們作為一個整體共為秦始皇陪葬。同樣地，考古人員此前在兵馬俑坑外發現的那座甲字形大墓，很可能就是整個地下軍團的總指揮。也就是說，那座大墓的主人和他指揮的兵馬俑同樣是作為一個整體為秦始皇陪葬的，兩者在陶俑與真人真馬的關係中，盡管作了完全相反的安排，但正是這樣的安排，才更令人看出秦始皇對人的自身價值的尊重和良苦用心。