致病菌的檢驗過程一般包括前增菌、增菌、選擇性平板分離、生化鑒定、血清學鑒定等基本過程。有時可能有動物試驗鑒定。前增菌就是使用非選擇性的液體培養基，使樣品中的受傷目的菌得到修複和增殖。增菌就是要選擇性地刺激目的菌在液體選擇性培養基中得到數量的快速增殖，同時抑製主要競爭菌。選擇性平板分離則是利用選擇性固體平板抑製雜菌並通過指示性的特征分離出目的菌。在選擇性平板上挑出幾個可疑菌落，可能還需要經過進一步分離純化後，進行生化試驗和血清試驗，對可疑菌落進行鑒定。
沙門菌一般存在於肉、蛋、乳等高蛋白食品中。
在本實驗中，以緩衝蛋白腖水為前增菌液培養8～18h，不同食品使用的前增菌時間不同。生食需要時間短，而熟食則可能需要更長的時間進行前增菌。
之後，以SC和TTB為增菌液選擇性培養沙門菌，抑製腸球菌、產芽孢菌等革蘭陽性菌，同時抑製大腸杆菌和變形杆菌。由於部分沙門菌在有的增菌液中生長不良，可使用兩種增菌液。但要注意，有的沙門菌如傷寒沙門菌、甲型副傷寒沙門菌即使在正常營養條件下也是生長不良的。
選擇性平板分離時，有的培養基選擇性較高，如BS；有的選擇性差，如XLD。顯色培養基的選擇性最好，因此推薦最好使用顯色培養基。顯色培養基一般檢查辛酸酯酶。具有這種酶的革蘭陰性菌不多。除所有沙門菌外有個別大腸杆菌、沙雷菌、綠膿杆菌等假單胞菌、氣單胞菌、鄰單胞菌具有此酶。綠膿杆菌等假單胞菌、氣單胞菌、鄰單胞菌等為氧化型，因此在三糖鐵上表現為底層不產酸而被排除。
沙門菌的生化反應主要有5個：賴氨酸脫羧酶、尿素分解、硫化氫、吲哚、氰化鉀生長試驗。正常沙門菌賴氨酸脫羧酶陽性、尿素分解陽性、產硫化氫、吲哚陰性、氰化鉀生長試驗陰性。如果這5項都符合時判定為沙門菌。如果有一項不符合時要進行進一步試驗。其中賴氨酸脫羧酶陰性時判為甲型副傷寒沙門菌，需要進一步用血清鑒定。如果兩項不符合時判為非沙門菌，但有一個例外，那就是硫化氫陰性的甲型副傷寒沙門菌。甲型副傷寒沙門菌賴氨酸脫羧酶本來就是陰性的，其在選擇性平板上菌落一般較小。
以下就可以進行血清學試驗了。先做O多價血清凝集試驗。凝集時再用O單價血清試驗。注意做對照，排除自凝菌株。自凝時不能進行血清鑒定。確定O因子後根據抗原表格進行H因子的確認。如果位相變異存在，而未檢測到時需要誘導。有時不需要誘導，二相同時得到檢出。確認H因子後就根據沙門菌抗原表確定被檢出菌的名字了。值得注意的是在沙門菌屬中有幾個血清型的抗原式是相同的，但分類為不同的血清型，因為這些型之間具有明顯的生化差異。如O：7群中有（6，7：c：1，5）抗原式，為豬霍亂沙門菌、丙型副傷寒沙門菌、豬傷寒沙門菌共有。O：9群中有（9，12：a：1，5）抗原式，為仙台沙門菌、邁阿密沙門菌共有。此時要根據檢索表進行進一步的生化試驗加以區別。
根據食品安全國家標準GB 4789.4—2010《食品微生物學檢驗沙門菌檢驗》實施
1.目的
（1）了解沙門菌生化反應及其原理；
（2）掌握沙門菌血清學鑒定；
（3）掌握沙門菌的係統檢驗方法。
2.設備和材料
（見第五章相關內容）
3.培養基和試劑
（見第五章相關內容）
4.檢驗程序
（見第五章相關內容）
5.操作步驟
稱取25g（mL）樣品放入盛有225mL BPW的無菌均質杯中，添加腸炎沙門菌TSB培養液一環。以8 000～10 000r/min均質1～2min，或置於盛有225mL BPW的無菌均質袋中，用拍擊式均質器拍打1～2min。若樣品為液態，不需要均質，振蕩混勻。如需測定pH，用1mol/mL無菌NaOH或HCl調pH至6.8±0.2。無菌操作將樣品轉至500mL錐形瓶中，如使用均質袋，可直接進行培養，於（36±1）℃培養8～18h。
如為冷凍產品，應在45℃以下不超過15min，或2～5℃不超過18h解凍。具體參見第五章。