第一種方法是行為預測。即應用行為經濟學理論，判斷在侵犯專利權民事救濟製度約束下行為人的反應，預測法律規則實施可能產生的效果，進而為法律規則的選擇提供依據。本書在研究專利權人和侵權人對不同責任規則和賠償數額的反應，以確定最優責任規則和賠償數額時，運用了這種方法。
第二種方法是效果評價。即通過經濟分析來揭示和測量可供選擇的侵犯專利權民事救濟製度對可量化的經濟變量的具體影響。在分析交易費用與消除侵犯專利權外部性的關係時，本書應用這一方法對財產規則與責任規則消除外部性的實際效果作出較為客觀和確定的量化判斷，以選擇適用最優規則。
第三種方法是運用經濟模型構造法律規則。即以提高資源配置效率為前提，通過經濟分析，直接以經濟理論為基礎，進行純粹的經濟技術推導和設計，最終從經濟理性推導出某種特定的理想侵犯專利權民事救濟製度的基本形式、要求和特征，形成模型，並以此為基準，構造相應的侵犯專利權民事救濟製度，以求得資源配置效率的最大化。這種方法對簡化複雜的法律現象，以分析其本質因素，具有很大優勢。本書在研究時大量運用了這一方法，構建了專利權最優二次界定原則選擇模型、交易費用與專利實施權安排判斷模型、兩個侵權責任模型、四個賠償數額模型和六個落入專利保護範圍判斷模型。
第四種方法是曆史解釋。即運用製度變遷與發展理論，對侵犯專利權民事救濟製度運行——變遷的一般機製與過程進行分析，揭示侵犯專利權法律曆史演進的經濟根源、機製和方式，以及法律製度的繼承與發展、創新與移植、革命與改良等問題。
第五種方法是技術支持。應用經濟學的技術分析方法研究中國侵犯專利權民事救濟製度，可以為剖析侵犯專利權民事救濟製度運行中的具體法律問題提供技術支持。本書在研究解決侵犯專利權外部性的最優方法時，運用了博弈論方法；在研究最優侵犯專利權責任規則的選擇和最優損害賠償數額確定時，運用了邊際分析方法。
032產權經濟學的角度
產權經濟學通過研究產權的含義、內容、形式、屬性、功能、起源、產權界定等，揭示最優產權安排。它認為產權的本質在於能產生經濟上有效率地利用各種資源的激勵，產權製度優劣的評價標準是所有權界定和在所有權明確地歸屬於某一主體的條件下，財產權各項權能的分解以及使用這種權能的各類主體的權利、責任和義務界定的明確與否。專利權也是一種產權，侵犯專利權民事救濟製度的首要功能就是清晰地界定專利權的邊界。本書在研究專利權第二次界定的相關規則時，運用了產權經濟學的方法，以分析專利權最優二次界定的製度安排。
033新製度經濟學的角度
新製度經濟學於20世紀60年代在美國興起，主要運用新古典經濟學的邏輯和方法進行製度分析。它注重從現實世界存在的問題出發，而且側重於從微觀角度研究製度的構成、運行以及製度在經濟生活中的作用。它將製度經濟學和新古典經濟學的理論方法有機地結合起來，把新古典經濟學的基本方法運用於研究包括法律、企業組織、市場組織和社會文化等製度在內的“生產的製度結構”，把新古典經濟學的研究領域拓展到人與人之間的交易活動。交易費用是新製度經濟學具有理論基礎意義的最基本的範疇和分析工具，新製度經濟學用交易費用比較各種不同製度安排的經濟績效，解釋製度的多種多樣的差異性，使製度有可能也有必要成為一個可以量化分析的維度。侵犯專利權民事救濟製度中的各種不同的專利實施權安排與交易費用具有極為密切的聯係，本書在分析專利實施權安排時運用了交易費用理論。新製度經濟學將傳統的成本——收益分析方法擴展到新的領域，運用這種方法對製度作局部均衡分析和比較靜態分析，解釋製度產生的原因和製度變遷的根據。該方法在研究侵犯專利權民事救濟製度的經濟邏輯，比較不同法律製度的效率，以選擇最優法律製度方麵極具優勢。本書在分析、比較專利權最優二次界定原則以及一些具體的侵犯專利權法律規則時，運用了這一方法。