兩種專利實施權安排的最終結果都是乙生產銷售4輛專利產品電動自行車，實現自行車的最優生產銷售量。從這個例子可以看出，在交易費用為零時，由於市場機製的作用，專利實施權的不同安排不會改變專利產品的市場配置，但會影響利益在不同主體之間的分配，對專利權人和侵權人的激勵作用是不同的。
在現實世界裏，專利實施權的交易費用總是存在的。前述例子中，雙方必須就損失的因果關係進行確定，並對損失數額準確統計，但這是十分困難的。因為甲損失的增加，還可能受到其他人生產專利產品，或者是新的替代品上市，或者是消費者收入減少等多種因素的影響，乙生產銷售專利產品的影響究竟占多大比例，是難以計算的。
既然存在交易費用，那麼，專利實施權安排就難以通過無成本的交易向最優狀態轉化。我們首先假設交易費用為10元，低於交易剩餘，兩種安排都會實現社會最優產量，隻不過要付出交易費用的代價。其次，再假設交易費用為200元，高於交易剩餘，雙方通過談判達成交易就沒有意義，交易不會發生。在第一種安排下，乙不可能生產自行車，在第二種安排下，乙會生產6輛自動車，但這都不是社會最優的產量。可見，如果交易費用為正，專利實施權的安排對資源配置效率產生重要影響。
512專利實施權交易費用的內容和性質
通常專利實施權交易可以分為三個步驟：首先是尋找交易對象，表現為發現誰願意購買專利實施權和誰願意出售專利實施權。其次，進行談判，就是確定交易條件，具體包括談判前的接洽、談判時間和談判結果等。最後，執行交易，就是監督各方執行協議並對違約行為處理。與這三個過程相對應，專利實施權交易費用可以概括為：（1）搜尋費用；（2）談判費用；（3）執行費用。
（1）搜尋費用。搜尋費用（search costs）主要是指信息成本。交易各方需要尋找交易對象，而購買者必須了解專利技術方案的可行性與經濟效益，為此而引發的廣告、查詢、調查、計算、評估等活動消耗的人力、時間、金錢構成了搜尋費用的主要內容。搜尋費用與專利的類別有關，一般來講，發明和實用新型往往涉及對技術方案經濟效益、投入產出比的論證，專業性很強，因此搜尋費用相對較高；而外觀設計，則通過市場調查即可確定其經濟效益，搜尋費用相對較低。
（2）談判費用。談判費用（bargaining costs）包括協商成本和規範成本。協商成本是指交易雙方在接洽、談判等環節上的函電、交通、應酬支出和時間等；規範成本是指交易雙方將協商的結果變成具體的有約束力的規範，也就是說形成具有法律效力的書麵合同，如專利實施許合同、專利產品進口、銷售合同而發生的支出。
協商成本與以下幾個因素有關：
第一個是談判各方信息交換的程度。談判是一個私人信息的交換過程，在這個過程中，私人信息轉化為公共信息，有了這種轉化，交易條件才得以確立。為了完成交易，需要各方將一些私人信息公開，但各方為了獲取更多份額的交易剩餘，又力圖保留對自己有利的私人作息，最終的交易條件依賴各方的談判策略。在專利實施權交易談判中，如果談判各方對各自掌握的實施專利技術的風險值和合作解的信息進行了充分交換，使私人信息成為公共信息，就很容易計算出合作的交易條件，談判就會簡單而容易。但是如果雙方對有關風險值和合作解的信息持保留態度，談判就會變得複雜，私人信息會阻止談判的進行。
第二個是專利權的明晰程度。由於談判各方的權利決定各方的風險值，因此當專利權邊界非常明晰時，談判者之間的利益邊界也很明確，談判就是一個相對容易的過程；當專利權邊界不清時，談判者之間的利益邊界會難以分辯，談判就是一個艱難的過程。如第三章所述，專利權邊界第一次界定往往不夠清晰，一旦發生糾紛，需要通過侵犯專利權訴訟進一步界定。因此，總的來看，專利權邊界比物權、人身權邊界的明晰程度差，由此產生的談判費用也會高一些。
第三個是交易的人數。如果談判隻涉及兩方，雙方之間的交流成本就比較小；當談判涉及三方或三方以上時，協商成本會成倍增加。
規範成本與專利技術的複雜程度有關。如果是複雜的發明專利，在實施過程中可能會遇到各種各樣的技術問題，就要在合同中將可能發生的各種困難、解決方式、程序、費用承擔等詳盡表述清楚，成本相對較高；如果是簡單的實用新型和外觀設計專利，起草合同就不會過於繁雜，成本也較低。
（3）執行費用。主要包括風險成本、訴訟成本和標示成本。風險成本是交易者為了排除或降低交易的風險，如監督合同履行、被欺詐、第三方追究、市場變化等需要采取防範措施花費的成本，主要與當事人的理性和市場對專利技術需求的變化有關，如：理性的合同當事人往往會谘詢律師、會計師、購買保險或請求公證，從而發生支出。訴訟成本是交易的結果可能產生爭議，而需要調節、和解、仲裁、訴訟、執行的成本，在法律製度不變的情況下，主要與當事人的誠信程度和合同的完備性有關。標示成本是專利實施權轉讓完成後，專利權人或利害關係人可能需要向公眾標示權利變化，以保護權利的成本。目前來看，這項成本主要由國家定價決定，占整個交易費用的比例很小。