二、區域基礎設施建設與空間統籌布局問題
長三角地區已經成為我國基礎設施最發達的地區之一，但從利用效率和統籌協調的角度看，目前長三角地區的基礎設施還存在諸多矛盾與問題，突出表現為：一是區域內港口、機場、軌道交通等重大基礎設施建設缺乏綜合協調，從而造成區域戰略資源的低效利用與浪費，也在客觀上降低了長三角的區域整體實力和綜合發展潛力；二是港口、鐵路、道路等不同類型的交通設施建設缺乏協調，各部門分別規劃建設自己的過江通道，或者港口與鐵路站點和高速公路閘口分離，這些各行其道的發展模式不僅浪費了大量資源，也增加了換乘難度，降低了運輸效率；三是不同地區在交通設施建設上缺乏有效的時空銜接，導致規劃建設標準不統一或建設時序不能同步，不可避免地造成區域整體交通體係運行效率的低下；四是跨區域的基礎設施建設缺乏相應的利益補償機製，從而導致高速公路、軌道交通等跨地區設施建設中普遍存在的“一頭冷一頭熱”現象，使區域基礎設施建設長期處於“久拖未進”狀態。基礎設施建設中的這些矛盾與問題直接影響了區域人流、物流、信息流、資金流和能源在空間上的自由流動、合理組合及高效循環利用，使得各城市空間發展難以在適應當地環境資源條件和經濟社會特色的基礎上，進行合理分工和統籌優化布局，從而形成多元化的城市空間與功能體係。
三、區域資源利用與生態環境整治問題
長三角地區是一個資源緊缺、資源消耗量大、人口十分密集的區域，經濟社會發展與人口增長受區域資源環境約束的趨勢日益明顯。資源利用和生態環境整治屬於典型的公共利益範疇，具有明顯的外部性，然而，由於各地在土地的需求管理、跨界排汙管製、跨界取水口保護、跨界流域治理等方麵缺乏有效的協調與統籌，結果導致在資源環境日趨緊張短缺的同時，卻出現了諸多悖論與困境：土地指標嚴重不足，但土地利用浪費現象驚人；能源資源匱乏，但利用效率普遍不高；地處東南沿海和江南水鄉，但水、大氣、海洋環境汙染較為嚴重，近岸海域環境惡化，洪澇和地麵沉降等災害風險加劇，海洋災害時有發生，環境保護壓力加大。
四、區域製度安排與政策設計問題
區域協調發展既要建立在市場配置資源的基礎之上，同時也要充分發揮政府的宏觀調控與引導作用。但目前長三角地區的發展，一方麵缺乏統一的市場行業標準，在區域市場統籌的思路、模式及政府行為等方麵還存在著不少誤區，行政區壁壘的痕跡較深，政策差異性較大，地方保護意識較強，缺乏區域性統一的資信認證標準、誠信體係和市場監管規則，尚未真正形成公平、開放、規範的市場體係；另一方麵，由於缺乏區域協調的法律依據、政策保障和常設組織機構，使區域協調發展經常處於無法可依、無據可查、無資可用、無力可施、無人負責的尷尬境地，“公地悲劇”時常發生。在杭州大都市區域內，由於較少關注區域內部的利益分配及關係協調問題，結果，位於錢塘江上遊的桐盧、建德、淳安等山區縣市利用水運和資源條件，大力發展石子、黃沙、水泥等建材產業，給流域的生態環境和杭州的水資源造成嚴重威脅。
第二節長三角多中心城市區域協調發展的空間分析框架
一、模型Ⅰ——零交易成本下的“中心-外圍”結構
理論假設與模型假定：（1）模型Ⅰ首先建立在無摩擦交易、完備的信息和明確界定的產權等假設條件基礎上，這在處理當前長三角區域（產品和要素市場都不完全）的許多經濟問題和理解曆史的演進過程中顯得尤其重要；（2）模型Ⅰ假定由發達地區（中心）和欠發達地區（外圍）的兩個城市（分別命名為甲和乙）構成一個兩區域空間經濟係統；（3）模型Ⅰ假設區域經濟發展處於工業化初中期，兩個城市圍繞紡織食品等勞動與資源密集型產業（以啤酒生產為例），各自形成初始的比較優勢：甲擁有市場、資本與技術，乙擁有勞動力、土地與原材料等資源優勢。
在上述假設與假定的基礎上，一個企業在決定它的工廠的最優位置時，通常要考慮到以下三種成本：第一，獲得使用於生產過程中的原材料、勞動力、土地等固定成本以及把原材料運輸到選定城市的成本，這些成本跟地區比較優勢及經濟發展水平有關，屬於生產前成本。第二，生產過程成本，這一成本跟空間規模報酬遞增效應相關，如馬歇爾所說的勞動市場共享、設施與中間投入共用、知識信息與技術外溢，等等。第三，是使成品到消費者手裏所必須承擔的推銷和配貨成本，這一成本主要跟市場規模及當地交通信息等基礎設施建設水平所決定的運輸成本有關；市場規模越大、越密集，基礎設施越好，單位運輸成本就越低。