或曰“卓吾先生之被收也，欲殺之則無罪（證），欲赦之則不可”，所以久係不決。朱翊鈞即便明白是有人在陷害李贄，他也不願意讓李贄清清白白出獄，而反過來證明他不能洞察一切被別人當槍使。明人有首小曲《玉抱肚·官悟》唱得好：“一邊是富貴榮華，一邊是地網天羅。忠臣義士待如何？自古君王不認錯！”何況李贄並非“忠臣”——海瑞式犯顏直諫愚誠可掬的忠臣。關他到天荒地老又有何妨！
卻說李贄在獄中，從昏迷中蘇醒過來，並不覺得怨懟塞胸，痛心疾首。他的心境是比較平靜的。這一切來得那麼自然。從黃鶴樓下被圍攻，到麻城被驅逐，再被投入詔獄，不是順著他選定的那條路走下去而必然的歸宿嗎？
他唯一的遺憾是未及與回鄉探母的汪本鈳訣別。
從萬曆二十二年汪本鈳至龍湖問學，相識九載，九年來相依如父子。李贄是把汪本鈳當作親生兒子看待的，愛他的誠樸，愛他的勤學。有詩為證：
嗟子胡然泣涕洟？相依九載不勝奇。非兒轉哭兒何去，久係應添係永思。生死交情爾可訂，遊魂變化我須時。累累荒草知何處，絮酒炙雞勿用之！（《係中憶汪鼎甫南還》
念及汪本鈳歸來，隻能見到他的荒墳，李贄作了係中最後一絕，紀入獄前數日送別汪本鈳之事並加上序，讓侍者日後轉交汪本鈳作永久的留念。序中，李贄回顧了二人相識相依的過程，說明留詩之意，並在最後提出對汪本鈳的勉勵：
世間無一人不可學道，亦無有一人可學道者。何也？視人太重，而視己太無情也。視人太重，故終日
隻盤旋照顧，恐有差池，而自視疏矣。吾子六載一意，不征逐於外，渾若處女，而於道也其庶幾乎！幸勉之！幸勉之！
李贄的人生信念仍然堅如磐石，一如他萬曆十六年在麻城所提出的：士貴為己。這種自信、自尊、自強，不為外物所移的獨立人格，他寧死也不願放棄。這種追求道德自我完善不同凡俗的人，比起看風使舵隨波逐流的庸人要高尚得多。李贄希望汪本鈳永葆童心，做這樣一個遺世獨立的人。這是對汪本鈳的殷切期望，也是他對自己一生的豪邁認定。
馬經綸見李贄在獄中觀書吟詩精神尚可，奔走申告似乎也有些效果，事態漸趨緩和，便抽空回通州，去安慰焦慮中的老父。
忽有消息傳到獄中，他們打算把李贄遞解回原籍，這大約是某個內閣大臣的處置建議吧。
李贄聽到這個風聲，被他們的卑劣所激怒。他們不敢一棒打殺李卓老，使他立成萬古之名；更不願宣告他是無罪的，於是，選擇與他一生行徑相反對的方式，偏讓他這個不願回家鄉的人回家鄉去，借以羞辱他。“我年七十六，作客平生，死即死耳，何以歸為！”
李贄讓侍者找來剃刀給他剃頭，侍者沒有想到會發生什麼事，順從地照辦。瞅著侍者轉身拿別的物件的時候，他一把搶
過剃刀，朝喉管抹去。
侍者急忙奪刀子，殷紅的血已噴了出來，濺了一身一地。
侍者把李贄扶到床上躺下，不知所措，哽咽著問：“和尚痛嗎？”氣息奄奄的李贄無力回答。
侍者啜泣著，自言自語地責備著自己的疏忽，又責備李贄：“您何苦走這條路呢？”李贄睜開眼，露出一絲淒涼的笑意，牽過侍者的手，以手指在他的掌上寫了一句古詩：“七十老翁何所求”！他的寬慰使侍者更加悲傷。
引決是在三月十五日。三月十六日子夜，如一顆耀眼的碩大的流星，劃破沉沉的天宇，倏爾隕落，李贄——這位中國曆史上最富於挑戰性和進取精神的思想家，中國曆史上第一個純粹的思想犯，氣絕而逝。
剃刀，成了他人生壯劇的道具。當年在麻城，衛道者們指斥他是“異端”，他以剃刀挑戰，削去頭發，拋掉儒冠，自居“異端”的惡名，如今在詔獄，他以剃刀抗爭，喚起天下後世對壓製“異端”者的痛恨，成彼惡名。
此前，李贄撰寫過《五死篇》，論人生怎樣才死得其所。他預言：“英雄漢子，無所泄怒，既無知己可死，吾將死於不知己者以泄怒也”！他真的以死泄怒了。
“將頭臨白刃，一似斬春風”。奴顏婢膝、苟且偷生，怎比得傲岸不屈壯烈地死，李贄之死，得其所哉！
遷葬於北京市通州區西海子公園內的李贄墓，“李卓吾先生墓”為李贄好友焦竑手書