我們前麵一直把鳥類和飛行爬行類相比。其實鳥類本身從身體結構和生理機能上來看，和爬行類也非常近似，所以有人把鳥類叫做“美化了的爬行類”。甚至有人認為鳥類是在恐龍的生理、構造基礎上向空中發展的，主張把鳥類和恐龍合並做一個綱，叫恐龍綱，可以把鳥類看做是恐龍的延續後代。
說鳥類是恐龍的延續後代，那是不正確的。但是鳥類卻的確是從爬行類發展而來的，不過不是從恐龍，而是恐龍的祖先，屬於初龍類。
本來翼龍也就是一種飛行的初龍類。所以鳥類和翼龍的確可以算是堂兄弟。從這種意義上來說，鳥類也的確是飛行的爬行類。
但是翼龍作為一種飛行爬行類，到中生代末滅絕了。而鳥類這種飛行爬行類卻經受住了那次浩劫的考驗，並且發展成為一個獨立於爬行類之外的新的一綱——鳥綱。
說鳥類是從爬行類發展來的，並不隻是從構造、生理上分析推測的結果。原來已經找到了從爬行類向鳥類轉變的過渡類型的動物化石。
1861年，在德國巴伐利亞省索倫霍芬的上侏羅統石灰岩裏，找到了一份化石標本，從骨骼構造看，是屬於爬行動物的。這份化石被埋藏在細粒的石灰質沉積物裏，不僅骨骼保存得很好，而且岩石上還有十分清晰的羽毛印痕。它不但前肢（翅膀）上和尾部有羽毛，連軀幹上也有羽毛。顯然這不是一般的爬行類，而是帶羽毛的、有翅膀會飛行的爬行類。實際上它已經是鳥類了，它已經跨過了由爬行類向鳥類進化的門檻，成為鳥類的最早代表。這種鳥類因此命名叫始祖鳥。這是一種烏鴉大小的動物。
在第一件始祖鳥化石標本發現以後，過了16年，1877年，又在那裏附近發現了第二件始祖鳥化石。以後一直到1956年，才又在附近發現了第三件。1970年，又在舊標本中找到了一個新的標本。到現在為止，已經發現的始祖鳥化石標本有五件，都是在德國這一地區發現的。
從始祖鳥的化石看，它一方麵仍然保留了爬行類的許多特征，它的頭骨完全是初龍式的，有兩個後顳孔，但是由於腦部四周骨片的擴大而被擠縮。它的嘴還不是像鳥類那樣的喙。它的嘴裏有牙齒。它有一條21節尾椎骨組成的長尾。它的前肢還有三個趾頭是分離的，趾端有爪。它的前胸狹窄，沒有像後來的鳥類那樣的龍骨突起。但是它的前肢已經變成翅膀，翅膀、尾部和軀幹上部已經有了羽毛。它的骨骼是中空充氣的。
那麼始祖鳥是從哪一類爬行動物進化來的呢？
有人根據始祖鳥的骨骼構造和虛骨龍類非常近似，認為始祖鳥起源於虛骨龍。虛骨龍就是蜥龍類恐龍的原始類型。但是一般認為，始祖鳥的祖先不是虛骨龍。虛骨龍是已經從初龍類的槽齒類裏分化出來的一枝，始祖鳥的祖先卻是直接從槽齒類主幹裏分化出來的另一枝。