３年後，培根因受賄罪被控。經法院判決，剝奪了他的一切官職，並宣布，在國家或聯邦中永不雇用，不得擔任任何官職。從此，培根永遠結束了他的政治生涯。
培根的一生有得意和失意的時候。
失意時從不氣餒，他把主要精力用在了對知識的追求和研究中。他那些偉大的著作和不朽的思想，絕大多數是在失意的時候完成的。
培根在追求官職的過程中，從沒有忘記推進人類知識誌向。他的主要理論著述都是在做官期間完成的。１５９７年，培根的《論說文集》問世，這是一本關於政治倫理道德的論文集，當時共收有１０篇文章。１６１２年、１６２５年，培根對《論說文集》進行了兩次增訂，共收入了５８篇文章。在《論說文集》中，作者對事物的精辟分析，豐富而又深刻的思想，嚴密的邏輯，警策的語言，至今閃耀著智慧的光芒。
１６０５年出版的《學術的進展》，是培根關於知識論的著作，是其全麵改革知識的龐大計劃《偉大的複興》的第一部分。在這部著作中，他批判了貶損知識的蒙昧主義，從多方麵論證了知識的巨大功用和價值，為以後提出“知識就是力量”打下了基礎。
１６０９年，培根用拉丁文寫的《論古人的智慧》出版，在該書中，他選取３１個優秀古希臘神話故事，運用其豐富的想像、深邃的哲理、精巧的才思表述了自己對政治、科學、哲學問題的見解。《學術的進展》和《論古人的智慧》的完成，為培根的主要著作《偉大的複興》的創作鋪平了道路。
１６２０年，未完成的巨著《偉大的複興》出版，其主要部分就是著名的《新工具論》。培根之所以起名《偉大的複興》，就是為了強調不能通過舊哲學，而必須通過科學、藝術以及人類的一切知識來改造世界。
培根在哲學方麵的成就是巨大的。他是西方哲學史上第一個較全麵、較深刻地批判經院哲學的人。並且貫穿了培根著作的始終。在同經院哲學的鬥爭中，培根建立了自己的唯物主義經驗論。他以知識論作為自己哲學的中心問題，把改造人類的知識、實現科學的“偉大的複興”、建立一個能促進生產發展和技術進步的新哲學當作自己理論活動的最終目的。
作為偉大改革家的培根認識到，要倡導科學，利用科學改造人類物質生活條件，就必須批判蒙昧主義，讓人們充分認識到知識的功用和價值。培根提倡麵向自然、探索自然規律，反對柏拉圖的唯心主義，堅持唯物主義經驗論，反對經院哲學脫離實際，隔絕人與自然的聯係，宣揚權威主義、教條主義、蒙昧主義的做法。他批判“知識即罪惡”的謬論，認為知識不僅是促使社會發展的革命力量、人性自我完善的動力，而且是認識自然、駕馭自然的力量。
在人和自然的關係上，培根既強調“人是自然的仆役”，人必須服從自然規律；又強調人的作為，人是自然的主人，人類命令、駕馭和征服自然的力量源泉在於對自然規律的認識。知識就是對規律的認識。講述了掌握自然規律的重要性，隻有真正掌握它，人類才能認識真理、得到自由。
培根在認識論方麵開創了以認識論為中心的一個新的哲學研究時代。在《新工具論》中，培根闡發了其經驗論的認識原則，為恢複人們對自然的統治權開辟了一條與以往完全不同的道路。他認為，人類要獲得知識，恢複對自然的統治權，就必須重新與自然接觸，以新的眼光觀察事物，通過觀察與實驗得出規律性的知識。這與亞裏士多德的《工具論》中的舊方法完全不同，所以他稱之為《新工具論》。
培根通過對以往哲學的剖析發現，人們不能正確反映客觀世界的原因在於他們自身存在獲得真理的心理障礙，他稱之為“假相”，這就形成了他具有獨創性的假相說。這在當時對解放思想、摧毀封建主義的思想堡壘起了重要作用。而且他在假相說中接觸到了認識論中的一些複雜問題，如主觀與客觀、感性認識與理性認識等，這對哲學研究起了很大的促進作用。
排除了獲得真理性認識的心理障礙之後，培根提出了唯物主義經驗論的認識原則，明確提出“人是自然的仆役和解釋者”，“知識就是存在的映像”，把感性自然、客觀存在的經驗事實說成是認識的對象，從而把經驗從一向受鄙視、受貶損的卑賤地位上升為一種科學原則，一種考察方法，使之成為科學上、哲學上一種不可缺少的依據。這是一條全新的唯物主義認識路線。
他認識到了感覺的局限性，強調必須把感性認識與理性認識相結合。他認為一切真正的知識都是在經驗材料的基礎上經過歸納、分析、比較、實驗等理性方法整理得來的。感性知覺隻是認識的開始。他倡導實驗，認為實驗比感性直觀更優越。因為通過實驗可以把觀察的對象從複雜的聯係中抽取出來，使事物的因果聯係更為顯露。他在《新工具論》中強調說：“一切比較真實的對於自然的解釋，乃是由適當的例證和實驗得到的。感覺所決定的隻接觸到實驗，而實驗所決定的則接觸到自然和事物的本身。”
培根為了給科學的認識論開辟道路在《論古人的智慧》、《論原則與本原》和《新工具論》等著作中，大量論及本體論的問題，建立起了他的唯物主義自然觀。他繼承、發展了古代唯物主義關於物質是萬物本源的思想，肯定世界和一切事物都是由物質構成的，反對把物質看作抽象的東西，強調運動是物質的根本屬性，運動是絕對的，靜止是相對的。他還強調指出物質是永恒的存在。培根賦予物質以實在的、能動的性質以及各種特殊的個性，是唯物主義的，且具有辯證法的思想因素。
培根還是近代歸納邏輯的主要創立者。他認為亞裏士多德所提出的三段論不能發現科學原理，而舊的歸納法即簡單枚舉法又得不出可靠的結論。因此，培根給自己提出的任務是清除科學複興道路上的障礙，製定認識自然的新工具。他在《新工具論》中闡述了建立一種新邏輯的設想。這種新邏輯就是他所說的真正的歸納法。培根對歸納邏輯的重要貢獻是提出了三表法和排斥法，並把它們作為整理和概括經驗材料的歸納方法。他不僅倡導科學的歸納法，還具體地規定了歸納的目的、原則和基本程序，從而給歸納邏輯以新的內容和新的生命，被譽為“近代歸納學說之父”。