初，王世充侵夏黎陽，夏竇建德破鄭殷州以報之，自是二國交惡，信使不通。至是，唐兵逼洛陽，世充遣使求救於建德，夏中書侍郎劉彬曰：“天下大亂，唐得關西，鄭得河南，夏得河北，共成鼎足之勢。今唐舉兵臨鄭，鄭地日蹙，鄭亡則夏不能獨立，不如解仇發兵救之，夏擊其外，鄭攻其內，破唐必矣。唐師既退，徐觀其變，若鄭可取則取之，並二國之兵，乘唐之憊，天下可取也。”建德從之。時唐兵圍洛陽，城中乏食，建德救至，乃遺世民書，請退軍潼關，複修前好。世民集將佐議之，皆請避其鋒。郭孝恪曰：“王世充窮蹙，垂將麵縛，竇建德運糧遠來助之，此天意欲兩亡之也，不過二旬，兩主就縛矣。”世民善之，將驍騎出武牢東。建德迫於武牢不得進，數戰皆不利。淩敬言於建德曰：“大王宜悉兵濟河，攻取懷州、河陽，使重將守之，遂建旗鼓，逾太行，入上黨，狥汾晉，趨蒲津，入無人之境，拓地收兵，則關中震恐，鄭圍自解矣。”建德將從之，而世充遣使告急，陰以金玉賂建德諸將，諸將皆曰：“淩敬書生，安知戰事?”建德乃謝敬。敬固爭之。建德怒，令扶出，其妻曹氏曰：“祭酒之言，不可違也。”建德曰：“此非女子所知。”夏王建德悉眾出牛口峪，置陣亙二十裏。世民命宇文士及將三百騎，率之西馳而南上。世民戒之曰：“賊若不動，爾宜引歸，動財引兵東出。”士及至陣前，陣果動。世民曰：“可擊矣。”自率輕騎先進，大軍繼之，於是大戰，塵埃障天，世民帥史大奈、程知節、秦叔寶、宇文歆等，卷旆而入，出其陣後，張唐旗幟。淮南王道元陷陣，進出其後，複突陣而回，建德墜馬，武威軍大潰。建德中槊，楊武威逐之，建德墜馬，下擒之。世民囚建德等至洛陽城下，以示世充。世充謂諸將曰：“吾所恃者夏王，今已為所擒，雖得出，必無成。”世充乃素服，帥太子群臣詣軍門降，鄭地悉定。世充僭亂，凡三年。世民入宮，見隋宮殿歎曰：“逞侈心，窮人欲，雖欲無亡得乎?”命徹毀其壯麗者。建德妻曹氏，帥眾奉傳國璽降唐，夏地悉定。建德僭位五年。世民至長安，獻俘太廟，赦王世充，斬竇建德，又斬朱粲於市。朱粲亂，凡四年。唐以天下粗定，大赦百姓，給複一年。
初，建德嚐發鄴中墓，開棺見一婦人，顏色美麗，其衣製非近代所有，候之似有氣息，乃收軍還養之。三日而能言，雲是三國魏文帝宮人，隨甄皇後死，葬於此。說甄後見害事，了了分明。建德甚寵愛之。至是建德滅。帝將納之，乃具以事白。且曰：“妾閉泉壤已三百年，非竇公何以得見天日，妾不可有負竇公。”乃自殺，帝甚傷之。時梁蕭銑據江南稱帝，勝兵四十萬，諸將多恃功恣橫，銑患之，乃分兵於各處屯田，以奪諸將權。唐李靖說趙郡王孝恭，以取蕭銑十策。孝恭上之，帝發巴蜀兵，以孝恭、李靖統之，自夔州順流東下。蕭銑倉卒征兵，不能遽集，乃悉見兵數千出戰。李靖縱兵奮擊，大破之，乘勝直抵江陵。入其外郭，又攻破其水城，大獲舟櫓，李靖使盡散之江中。諸將學曰：“破敵所獲，當借其用，奈何棄以資敵?”靖曰：“蕭銑之地，南出嶺表，東拒洞庭，吾派軍深入，若攻城未拔，援兵四集，雖有舟楫，將安用之?今棄舟櫓，使塞江而下，援兵見之，必謂江陵已破，未敢輕發，往來戰司，動淹旬月，吾取之必矣。”銑援兵見舟艦，果疑不進。銑內外阻絕，乃謂群下曰：“天不祚梁，若必待力屈，則百姓蒙患。”因下令開門出降。孝恭送銑於長安，斬於都市，南方悉定。蕭銑僭位凡五年。
時竇建德雖滅，其諸將在山東者，雖家居，每橫暴為民患，唐官吏以法繩之，皆驚懼思亂，會有詔，悉征建德舊將，於是範願、高雅賢等，謂入長安，必無生理，遂謀作亂。卜之曰：“以劉氏為主，吉。”乃推建德舊部將劉黑闥為主，起兵漳南，設壇以祭建德，告以複仇之義。攻陷冀州，破淮安王神通、李藝及徐世勣等兵，遂拔相州，唐兵多敗，半歲之間，盡複建德故地。初，魯郡賊帥徐圓郎降唐，唐以為兗州總管，至是舉兵應黑闥。黑闥北通突厥，兵勢大震，自稱漢東王，都洛州，凡建德時文武，悉複本位，其設法行政，悉師建德，而攻戰勇決過之。帝使秦王世民、齊王元吉討黑闥。世民複取相州，進軍肥鄉，列營於洛水，黑闥數挑戰，世民堅壁不應，別遣將絕其糧道。相持六十餘日，世民度黑闥糧盡，必來決戰，使人堰洛水上流，戒守吏於戰時決之。黑闥果帥步騎渡洛水，壓唐營而陣。世民自將精騎擊之，守吏決堰，水大至，黑闥眾遂大潰。黑闥與範願等奔突厥，山東悉平。世民班師回長安，黑闥複引突厥寇山東，唐遣齊王元吉與淮陽王道玄擊黑闥。道玄將兵三萬，與副將史萬寶不協，道玄率輕騎先出犯，史萬寶擁兵不進，由是敗沒，時年十九。秦王世民聞而深惜之，曰：“道玄常從吾征伐，見吾深入賊陣，必慕效之，以至於此。”為之流涕。世民自起兵以來，前後數十戰，常身先士卒，輕騎深入，雖屢危殆，而未嚐為矢刃所傷。太子中允王圭、洗馬魏征說太子建成曰：“秦王功蓋天下，中外歸心，殿下但以年長，位居東宮，今黑闥散亡之餘，眾不滿萬，資糧匱乏，殿下宜自擊之，以取功名，庶可自安。”太子乃請行，高祖許之，乃與齊王元吉將兵同擊黑闥。黑闥食盡，眾多亡散，遂遁去。黑闥所署饒州刺史諸葛德威執黑闥以城降，斬於洛州。黑闥臨刑歎曰：“我幸在家鋤菜，為高雅賢輩所誤至此。”劉黑闥僭亂者一年。徐圓朗敗走，為野人所殺。其餘諸賊，或即滅於隋，或見並於群賊，或滅或降於唐。至武德七年，燕高開道為其下張金樹所殺，金樹遣使降唐。輔公祐亦滅，除梁，梁師都走附突厥。至太宗貞觀二年，將軍柴紹等討之，始滅，而天下複歸一統矣。高祖欲殺其民部尚書劉文靜，世民為之固請，不許，卒殺之，籍沒其家，皆齊王元吉譖之也。
初，元吉生時，竇氏惡其貌，欲不舉，侍媼陳善意私乳之。及長，善意數規諫之，元吉拉殺之。性嗜色，好獵，每於夤夜潛出，奸媾民家婦女，最忌秦王世民。及世民得尉遲敬德，元吉大忌之，聞敬德善馬稍，元吉亦素以馬矟自負，請與敬德較勝。元吉操稍躍馬，意在刺之。須臾，敬德三奪其矟。帝以秦王功大，前代官不足稱之，以世民為天策上將，位在諸王公上。開天策府，置官屬。世民以海內寢平，乃開館於宮西，延四方文學之士，以杜如晦、房玄齡、虞世南、褚亮等十八人，分為三番，更日值宿，供給珍膳，恩禮優渥。世民朝謁公事之暇，輒至館中，與諸學士討論文籍。或夜分乃寢，使閻立本圖像，褚亮為讚，號十八學士。士大夫得預其選者，時人謂之登瀛州。建成、元吉忌之，諸府僚多補外官，杜如晦亦遷陝州長史。世民患之。房玄齡曰：“餘人不足惜，至如如晦，乃王佐之才。”世民即奏請為府屬。