羊駝與無花果
“貝格爾”號起錨，向巴塔哥尼亞駛去。費茨·羅伊艦長想修理一下“貝格爾”號，因為“貝格爾”號在寬闊的希望港撞了暗礁，被刮掉了一塊銅包皮，同時他打算乘小船考察一下不太為人所知的聖克魯斯河。4月13日，“貝格爾”號停泊在該河河口裏。早晨起了大風，達爾文他們好不容易才上了岸。“貝格爾”號在岸邊被碰碎的危險特別大，它好不容易避免了這種危險才駛進港裏。三天之後，船被拖上岸來。他們發現船的損壞並不那麼嚴重，假龍骨被刮斷了幾米。在兩次漲潮之間很快就修好了，隨後他們把“貝格爾”號重新放下水去，又把它係在岸邊。
4月18日，費茨·羅伊艦長同二十五名船員一起，乘坐三隻捕鯨船，動身沿聖克魯斯河上流對該河進行考察。第一次，捕鯨船趁大漲潮之際，逆流而上。晚上，他們就已經行駛到了漲潮區以外的河麵。河麵寬約三四百米，河中心的深度五米多。這條河流環行於其間的河穀寬達十六公裏，像台階一樣的階地相互對稱地分布在河穀兩岸。因為河水湍急，無論用槳還是張帆都不能逆流而上，於是他們隻好把三隻船首尾連在一起，把人分成兩批拉起纖來。日落後，他們就宿營在一片灌木叢旁。每隻船上的軍官和船員都住在一個帳篷裏，吃一樣的食物。這樣一來，他們每天隻走十六或二十公裏，有時稍微多一點。河穀裏到處是光禿禿的沙漠，沙漠上稀稀拉拉地長著一些毫無生氣的植物和帶刺的灌木。而動物呢，和往常一樣，羊駝很多。沿途碰見了許多脖子脫了臼和骨折的羊駝，這是在兀鷹和白兀鷲的助威下，美洲獅捕獵羊駝留下的痕跡。灌木叢中有許多經常受到小狐狸追逐的小鼠，它們長著一對犬耳朵和一身軟毛。
4月26日，達爾文發現這裏的地質層是變化的。堅硬的石塊代替了原來的小礫石，河水從海底上升到地麵後流經一塊厚厚的玄武岩地層，河道在這裏變窄了，船隻越來越難拉。陡峭河岸上有的大鳥翅膀伸開有兩米多長。在科迪勒拉山脈上達爾文發現了大量斑岩礫石，他認為這些石頭是隨冰塊一起被衝上海岸的。5月5日他們開始返航，從一段荒無人煙的河道漂流而過。
5月12日，“貝格爾”號結束了對美洲東岸的研究工作，繼續向西駛去。6月8日，他們經馬格拉景納河來到了塔爾內角。那裏惡劣的天氣令人望而生畏，不過到了早上，白皚皚的薩爾明托山的壯麗景象又顯露出來了。“貝格爾”號沿著狹窄的海峽於6月10日從兩大懸崖之間進入太平洋。
在“貝格爾”號船員準備離開火地島時，想避開經常發生的風暴，在6月28日的時候，他們來到了聖卡爾洛斯港。這是奇洛埃島的港口，這個島山脈起伏，覆蓋著茂密的樹林，由於雨水充足，樹木發育得很好。這裏居住著印第安混血人種，使用最原始的勞動工具。這裏的居民以魚、馬鈴薯和豬肉為主食，住在木製的房屋裏。7月14日，“貝格爾”號離開了這個地方向瓦爾帕萊索海港駛去，並於7月23日抵達。這裏優美的城市景色和怡人的氣候使達爾文心情愉快，尤其是在這裏遇到了理查德·科爾菲德，這令他非常高興。
對於在艱苦旅程後能稍作休息，達爾文感到特別開心。
此時，他非常懷念從前的生活。由於政治觀點的分歧，船長脾氣也不太好，他們的關係日趨緊張。達爾文在給同學們的信中表達了這種思想感情。當年的生活是那樣地美好快樂；但是現在同學們都把他忘了，連回信都沒有。他還是竭力向他們訴說旅途中愉快的事情。
如往常一樣，達爾文仍把他所收集的標本都寄給導師漢斯羅，以期待收到他的建議與批評。用達爾文的話來說，漢斯羅的住所成了這些搜集物的“大本營”。但是，漢斯羅的回信卻很不積極。一部分原因是由於海上交通不方便，信很難到達達爾文的手裏。達爾文非常想知道在1832年給他寄去的信以及收集物他是否收到。與此同時，他仍然繼續研究地質學及化學標本，沒有人比得上他這種敬業的精神。他很認真地對待他收集的標本、動物化石，並且列表記錄。當他把這些寄給漢斯羅時還寫了封信：“我很想知道你對這些研究成果的看法。”
結果，漢斯羅的回信在一年半後他才收到，同時收到的還有漢斯羅大半年以前發出的信。由於回信間隔時間太長，以至於達爾文懷疑自己在博物學研究方麵的能力，漢斯羅的兩封回信給予了達爾文充分的自信。
達爾文於8月14日旅行考察安第斯山脈。他先是在西海岸海麵幾百米高處發現了貝殼，這是很明顯的海岸上升的痕跡。智利的海岸與科迪勒拉山脈之間的地帶有一些狹窄平坦的盆地，也有一些重要的城市，寬闊的河穀把它們與智利海岸連接起來。達爾文認為，這裏原來應該都是海，因為這裏的地勢外貌與火地島極為相似。許多急流彙入大海，使智利平原的土壤特別肥沃，而且很適合種植小麥、玉米、桃樹、無花果等。