太平洋珊瑚
“貝格爾”號離開澳大利亞繼續航行。4月3日，達爾文和費茨·羅伊訪問了馬來亞人的一個村子，這個村子坐落在一個島嶼的一角。他們在那裏觀看了一種在死人墓上跳的“木勺舞”，這是在望月時舉行的一種半崇拜偶像的儀式。
4月6日，他同費茨·羅伊訪問了緊靠礁湖入口處的一個島嶼，並看到了居民們是怎樣坐著兩隻小船捕捉海龜。達爾文對猛烈的海浪在迎風的岸邊碰得粉碎的情況感到驚訝。這位年輕的博物學家當時情感上非常激動，他在日記中談論這一印象時用那些富於表情的話寫道：“……我很難解釋，為什麼這些珊瑚島的外側海岸的景象總是使我感到極其偉大。在這類似壁壘的岸邊，在這綠色的灌木叢和高大的椰子樹的邊緣，在那大片緊實的、到處都散布著巨大碎塊的死珊瑚岩上，最後還有在那從四麵八方襲擊的波濤洶湧的巨浪中，包含有多少純樸之處。大洋把自己的波浪拋送到寬闊的珊瑚礁之外，好像是一個不可戰勝的、強大無比的敵人似的；可是我們看到，仍舊可以用一種方法去抵擋它，甚至去進攻它。
雖然這種方法初看起來好像是軟弱無力而又不中用似的。大洋並不寬恕珊瑚岩，因為這些散布在珊瑚礁上、堆積在生長著高大椰子樹的海岸上的巨大碎塊，清楚地表明了波浪的威力。海洋從來沒有過一段安靜的時間。在廣大的海洋表麵上，永遠吹拂著同一方向的風。這種微弱但卻永不停息的信風所引起的巨大海浪，能夠產生一種十分強大的波濤，其力量幾乎等於溫帶地區的一陣大風暴所發出的力量，而且這種波濤還是在永不停息地咆哮著，在看到這些波濤時，你會不得不相信：假定一個島是由最堅硬的岩石構成的，譬如說是由斑岩、花崗岩或者石英石構成的，那它終究也是要被這種難以抵抗的力量所征服和毀滅的。可是這些低矮而微小的珊瑚小島卻依然站在那裏，而且成為鬥爭中的勝利者，因為出現了另外一種對抗的力量在鬥爭中幫助了它們。一些有機體的力量從波濤洶湧、泡沫飛濺的波浪裏，不斷地分離出碳酸鈣的原子來，而這種原子又逐漸地結合成一種對稱的結構。
讓颶風把它們撕裂成千萬塊碎片好了，因為如果同無數個建築師夜以繼日、成年累月所積累的勞動總量比較起來，這又有什麼意義呢?我們從而看到，一個水螅蟲的柔軟而有黏液的身體，依靠生命規律的作用，正在戰勝大洋波濤的巨大的機械力量，而這種力量，既不是人的技能，也不是自然界任何無生命的創造力所能製服得了的。”
第二天達爾文訪問了西島，這裏的植物要比其他島嶼上的植物更加茂盛。在這裏幹燥的陸地上，到處都可以看到一種吃椰子的陸地椰蟹。達爾文根據當地一位居民的描述，對蟹如何吃椰子的情況做了記錄，他還觀察到了兩種藍綠色的魚經常咬破珊瑚並以吃珊瑚為生的情況，以及許多生活在珊瑚礁中的無脊椎動物。
4月12日，他們離開了礁湖。在這一天的筆記中，有他關於珊瑚礁和環形珊瑚島起源的著名理論的初稿。
他寫道：“我很高興我們訪問了這些島嶼：這些形成物無疑是自然界最稀有的現象。這並不是一下子就能夠使我們的肉眼感到驚訝的奇跡，而是在經過了一定的思考之後才使我們的理智為之驚訝的奇跡。“當旅行家告訴我們某些古跡的偉大結構和龐大體積時，我們是感到驚奇的，但是那些古跡中即使是最大的古跡，如果同這裏的由各種最小的動物屍體堆積起來的物質相比的話，那它們就微不足道了。在這些麵積廣大的島嶼上，每一個組成部分——不管是從哪裏弄來的，是最小的微粒還是巨大的岩石碎塊，都常有曾經遭受過有機物方麵的力量作用的痕跡。費茨·羅伊艦長在離海岸一海裏遠的地方，用七千英尺長的一根繩索，測量了海的深度，但沒有測到底。因此，我們應當把這個島看做是一座陡峭的高山的頂峰。至於珊瑚蟲工作的結果究竟延伸到何種深度或厚度，這是根本無法知道的。
“有一種意見認為，製造岩礁的水螅蟲是隨著島的基底在火山力量的作用下，經過一定的時間不斷向上加高自己的建築物。如果認為這種意見是正確的話，那就可以認為，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。
“在太平洋裏，我們看到一些為珊瑚礁所包圍的島嶼，而許多海峽和靜水區，把這些珊瑚礁同海岸遠遠隔開。各種各樣的原因都可能阻礙那些最能在這種條件下發生作用的珊瑚岩的增長。因此，如果我們設想這樣的島嶼經過很長時期之後，要像南美大陸那樣，不過是向相反的方向下沉若幹英尺的話，那麼珊瑚將從周圍珊瑚礁的底部繼續向上生長起來。將來中間的陸地將被海水所淹沒。而珊瑚則將完成它那圍牆式的建築。那時我們不是將會得到一個環形的珊瑚島嗎?從這個觀點來看，我們應當把環形珊瑚島看做是由無數的建築師建築起來的一座紀念碑，它標明從前的陸地是在什麼地方被淹沒在海洋深處的。”