病害以猝倒病、炭疽病、枯萎病、病毒病為主；蟲害以種蠅、瓜蚜、瓜葉蟎為主。
一、農業防治
育苗期間盡量少澆水，加強增溫保溫力度，保持苗床較低的濕度和適合的溫度，可預防苗期猝倒病和炭疽病。重茬種植時采用嫁接栽培或選用抗枯萎病品種，可有效防止枯萎病的發生。在酸性土壤中施入石灰，將pH值調節到6.5以上，可有效抑製枯萎病的發生。
春季徹底清除瓜田內和四周的紫花地丁、車前草等雜草，消滅越冬蟲卵，減少蟲源基數，可減輕瓜蚜危害。及時防治蚜蟲，拔除並銷毀田間發現的重病株，防止蚜蟲在農事操作時傳毒，可有效預防病毒病的發生。葉麵噴施0.2%磷酸二氫鉀溶液，可以增強植株對病毒病的抗病性。
二、物理防治
糖酒液誘殺。將糖、醋、酒、水和90%敵百蟲晶體按3∶3∶1∶10∶0.6的比例配成藥液，放置在苗床附近誘殺種蠅成蟲，並可根據誘殺量及雌、雄蟲的比例預測成蟲發生期。
此外，選用銀灰色地膜覆蓋，可收到避蚜的效果。
三、生物防治
與麥田鄰作，使麥田上的七星瓢蟲等天敵遷入瓜田捕食蚜蟲，可降低瓜蚜的蟲口密度。
四、藥劑防治
使用藥劑防治應符合GB4285和GB/T8321的要求，不允許使用劇毒和高殘留的農藥。
1．猝倒病
本病是西瓜幼苗期的主要病害，發生普遍，可造成大片幼苗死亡。尤其在育苗床內受害最為常見。
症狀：猝倒病病菌的寄生性都是比較弱的，隻有在幼苗生長衰弱或其幼莖尚未木栓化時，才能侵入為害。苗期發病，幼苗莖基部產生水漬狀病斑，接著病部變黃褐色，縊縮成線狀。病害發展迅速，在子葉尚未凋萎之前幼苗即猝倒，拔出後接觸病部的表麵極易脫落，在子葉下發病的成為卡脖子。有時幼苗尚未出土，胚莖和子葉已普遍腐爛。有時幼苗外觀與健苗無異，但貼伏在地麵而不能挺立，檢查這種病苗，可看到其莖基部已收縮似線條狀。濕度大時，在病部及其周圍的土麵長出一層白色菌絲體。
化學防治：出苗後發病初期可噴灑58%瑞毒錳鋅可濕性粉劑800～1000倍液，或25%瑞毒黴(甲霜靈)可濕性粉劑800～1000倍液，或40%乙磷鋁(疫黴靈)可濕性粉劑600～800倍液，或64%殺毒礬M8可濕性粉劑800～1000倍液，或70%乙磷·錳鋅可濕性粉劑500～800倍液，或58%雷多米爾·錳鋅可濕性粉劑800～1000倍液，或72%杜邦克露可濕性粉劑800～1000倍液，一般7～10天噴1次，視病情而定，連續噴灑1～3次。每次噴藥後要結合放風，降低棚內濕度，可收到較好的防效。
2．枯萎病
西瓜枯萎病也叫蔓割病、萎蔫病等，分布十分廣泛。其發病率一般在5%左右，多者發病30%以上，甚至絕產。
症狀：西瓜全生育過程均可發病。西瓜幼芽受害，在土壤中自行腐敗死亡，不能出苗。出苗後發病，頂端呈失水狀，子葉和葉片萎垂，莖蔓基部萎縮變褐，猝倒。病蔓發病，基部變褐，莖皮縱裂，常伴有樹脂狀膠汁溢出，幹後呈紅黑色。橫切病蔓，維管束呈褐色。後期病株皮層剝離，木質部碎裂，根部腐爛，僅見黃褐色纖維。天氣潮濕時，病部常見到粉紅色黴狀物，即病原苗分生孢子座和孢子團。
嫁接育苗用黑籽南瓜或葫蘆做砧木嫁接。
化學防治：發病初期或發病前進行藥劑灌根治療，常用的藥劑有50%速克靈1200～1500倍液，或50%撲海因可濕性粉劑1000～1200倍液，或50%托布津可濕性粉劑500～600倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600～800倍液，或50%多黴靈可濕性粉劑500～700倍液，或10%世高水分散顆粒劑3000～6000倍液，或50%施保功可濕性粉劑1000～1500倍液，每株灌藥液0.25kg，每隔5～7天1次，連續防治2～3次。
3．炭疽病
炭疽病是西瓜重要病害之一，各地普遍發生，在多陰雨天氣和南方多水地區發生尤為嚴重，是影響西瓜穩產高產的主要原因。本病除為害西瓜外，還為害甜瓜等。
症狀：西瓜葉、蔓、果均可發病，葉部病斑，初為圓形淡黃色水漬狀小斑，後變褐色，邊緣紫褐色，中間淡褐色，有同心輪紋和小黑點。病斑易穿孔，病斑直徑約0.5cm，外圍常有黃色暈圈，病斑上的小黑點和同心輪紋都沒有蔓枯病的明顯，病斑顏色較均勻。葉柄和蔓上病斑梭形或長橢圓形，初為水浸狀黃褐色，後變黑褐色。果實受害，初為暗綠色油漬狀小斑點，後擴大成圓形，暗褐色稍凹陷；空氣濕度大時，病斑上長橘紅色黏狀物；嚴重時病斑連片，西瓜腐爛。
種子處理：對生產用種可用50℃～51℃溫水浸種或用種子重量的0.3%～0.4%的50%多菌靈粉劑拌種；或用福爾馬林200倍液浸種30分鍾，用清水衝洗幹淨後催芽。
農業措施：與非瓜類作物實行3年以上輪作。采用配方施肥，施用充分腐熟的有機肥。注意平整土地，防止田間積水，雨後及時排水，合理密植。瓜類作物收獲後要及時清除病殘體等。
化學防治：大棚或露地於發病初期可用75%百菌清可濕性粉劑500～700倍液，或80%代森錳鋅可濕性粉劑700倍液，或50%甲基托布津可濕性粉劑600～800倍液，或50%多黴靈可濕性粉劑500～700倍液，或10%世高水分散顆粒劑3000～6000倍液，或2%抗黴菌素(農抗120)水劑200倍液等，間隔7～10天1次，共噴藥2～3次。
4．白粉病
白粉病俗稱“白毛”，是西瓜生長中後期的一種常見病害，除西瓜外，還為害甜瓜、黃瓜及南瓜等瓜類作物。
症狀：白粉病發生在西瓜的葉、莖、果及花蕾上，以葉片受害最重。發病初期，葉片正、背麵及葉柄上發生離散的白粉狀黴斑，以葉片的正麵居多，逐漸擴大，成為邊緣不明顯的大片白粉區；嚴重時葉片枯黃，停止生長。以後白色粉狀物轉變成灰白色，進而出現很多黃褐色至黑色小點，葉片枯黃變脆，一般不脫落。
在生長前期噴灑2～3次50%硫懸浮劑300倍液或硫磺粉，可預防白粉病的發生；發病初期選用15%粉鏽寧可濕性粉劑1000～1500倍液，或40%福星乳油5000～6000倍液，或20%腈菌唑乳油1500～2000倍液噴霧，每隔6～7天噴1次，連噴3次。為了避免病菌產生抗藥性，藥劑宜交替使用。
5．疫病
疫病又稱疫黴病，俗稱死秧，除為害西瓜外，也為害甜瓜及其他瓜類。各西瓜產區均有發生，為害逐年加重。一般在苗期和生長前期發生，是高溫多雨期發生的重要病害。
症狀：幼苗、成株均可發病，為害葉、莖及果實。子葉染病先呈水浸狀，出現暗綠色圓形斑，中央逐漸變成紅褐色，近地麵處縊縮或枯死。真葉染病，初生暗綠色水浸狀圓形或不規則形病斑，之後迅速擴展，濕度大時，真葉腐爛或像開水燙過，幹後為淡褐色，易破碎。莖基部染病，生紡錘形水浸狀暗綠色凹陷斑，包圍莖部且使其腐爛，患部以上全部枯死。果實染病，則形成暗綠色圓形水浸狀凹陷斑，後迅速擴及全果，致果實腐爛，發出青貯飼料的氣味，病部表麵密生白色菌絲，病健部邊緣無明顯病症。
發病初期可噴灑病部或灌根，常用的藥劑有58%瑞毒錳鋅可濕性粉劑500～800倍液，或25%瑞毒黴(甲霜靈)可濕性粉劑500～800倍液，或40%乙磷鋁(疫黴靈)可濕性粉劑200～250倍液，或64%殺毒礬可濕性粉劑400～600倍液，或70%乙磷·錳鋅可濕性粉劑500～800倍液，或58%雷多米爾·錳鋅可濕性粉劑500～800倍液，或72%杜邦克露可濕性粉劑800～1000倍液，或70%甲霜鋁銅可濕性粉劑250～500倍液，一般每7～10天噴1次，可視病情而定，連續噴灑或灌根3～6次。病情嚴重時可隔5天灌1次，效果較好。設施栽培每次用藥後要結合放風，降低棚內濕度，可收到較好的防效。