盡管中共中央農村工作部的設置，以及地方黨委財經、工業、農業部門的複建和新建，預示著黨務機構行政化的方向已經確定，但在1953年以前，整個架構並沒有完成，地方上已有的管理財經、工業的黨務機構，在中央一級尚未設置。也就是說，對應政務的中央黨務機構尚未齊備到覆蓋政府的所有部門，其權責仍停留在研究和製定“政策方針”的層次。這個趨勢很快得以強化，是緣於1953年的新稅製，而1958年的“反冒進”再一次促進了這一趨勢，並最終完成了黨政關係的調整，其具體表現就是中共中央高層在1953年與1958年進行的兩次管理權限的新分工。
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那麼，為什麼要出台新稅製呢？
最直接的原因在於，1952年6月，曆時半年的“三反”“五反”運動在沉重地打擊不法資本家的“五毒”行為的同時，其消極作用也於此時顯現出來，就是對私營經濟產生了很大的衝擊，市場蕭條，大批私營企業關門歇業。由於經營方式、流通環節出現了新變化，商品流通的中間環節減少，營業稅中的批發營業稅明顯減少或很難收上來，國家稅收出現下降趨勢。多種因素促使1950年頒布的稅製必須做出修正，一方麵有利於恢複與發展生產，一方麵也要增加稅收。
1952年9月召開全國財經工作會議，經研究得出了修正稅製的結論，財政部部長薄一波提出了修正稅製的原則，“保證稅收，簡化手續”。隨後的各大區財政部長會議和第四次全國稅務工作會議都研究了修正稅製的問題。根據這三次會議的討論意見，財政部擬定了修正稅製的具體方案，經中財委黨組討論通過後，向周恩來作了彙報。周恩來很重視，逐字逐句對方案進行了修改。1952年12月26日的政務院第164次政務會議討論並批準了該方案。12月31日，財政部黨組向中共中央和毛澤東作了《關於稅製若幹改革的方案》的報告。
在此之前，財政部專門征求了全國工商
聯籌委會的意見。全國工商聯籌委會專門開會討論後，發表了擁護修正稅製的聲明。12月31日，《人民日報》正式公布《關於稅製若幹修正及實行日期的通告》，並宣布新稅製自1953年1月1日起正式實行。《人民日報》同時配發《努力推行修正了的稅製》的社論，該社論中有一句話頗為引人注目：公私一律平等納稅。
新稅製為什麼急於趕在1953年元旦出台呢？薄一波後來回憶說：“新稅製從9月財經會議醞釀到年底出台，僅用了3個多月時間。為了趕在元旦前一天公布實施，為了在春節前一個半月的旺季多收點稅，許多該做的工作沒有去做，或雖然做了但做得很粗率。”
新稅製原設想在批發環節區別對待公私企業，即國營不征，私營照征。但在征求意見時，商業部和全國供銷合作總社不同意這麼做。理由是私營企業在生產經營上已經有困難了，應當給予適當的扶持，不宜再在稅收上區別對待。資本家躺倒了，私營企業垮台了，不利於經濟的發展。財政部采納了商業部和全國供銷合作總社的意見。新稅製雖然沒有從總體上增加稅種、稅目和提高稅率，但卻改變了過去“相互撥貨不視為營業行為，不課營業稅”的做法。這樣一來，原本不納稅的國營企業部門上下級之間的調撥則要納稅，同時取消了對供銷合作社的優待。這樣，國營和集體企業繳稅就出現了增加，而私營工商業的稅負幾乎沒有變化。兩相比較，國營企業和供銷合作社當然不滿意，而私營工商業自然沒有意見。
在新稅製出台前的1952年12月4日，中共中央曾發布調整商業的指示。之後，市場物價馬上出現了波動，而新稅製沒有考慮市場出現的變化，仍然按照預定的時間表，決定在1953年1月1日開始實施，結果又引起了新一輪的物價波動。由此來看，新稅製並不是導致物價上漲的唯一因素，但據北京市委的相關報告，兩輪物價上漲，新稅製所受詬病更多，中央的商業調整多集中在批發價格，對工商界影響較大，並沒有引起普
通市民注意。而新稅製不僅調高了1370種商品的零售價格，尤其是食品價格上漲，且在春節前，以至於普通市民將物價上漲的矛頭直接指向了新稅製。
北京市委的反映還算平和，而山東分局第二書記向明等人，在1953年1月9日寫給中央的來信就充滿了火藥味。信中說，新稅製引起了物價波動、商品被搶購、私商觀望、思想混亂等狀況。並說：“我們真不懂，新稅製為什麼要在全民所有製企業和私營企業之間畫等號？如果這樣，社會主義的國營企業怎麼能得到鼓勵而發展？資本家的企業從新稅製裏得到了鼓勵更加得意忘形，這樣社會主義還要不要實現？所以，我們認為圍繞新稅製的實行，是一場尖銳的路線鬥爭。”
隨著物價持續上漲，搶購風潮出現，北京市政府門前聚集了大量上訪人員，北京市委的態度也激烈起來。中共北京市委第一書記彭真1月11日向毛澤東反映說：
為什麼財政部要匆匆忙忙推行新稅製呢？我看製定者的指導思想就不對頭。我曾聽薄一波講過：“三反”、“五反”後，私營企業在生產經營上有困難，應適當扶持一下，而在稅收上把它們和國營企業區別對待，勢必擠了它們，資本家躺倒了，對發展經濟很不利。現在看來，總理和財政部都是采納了他的意見的。
各大區、省市財政委員會紛紛向中財委反映困難重重、麻煩不斷。來信的言辭頗為尖銳：
新稅製在地方同誌毫無準備的情況下匆忙出籠，使整個市場出現了物價上漲、各界群眾蜂擁地搶購商品、私商停止公私合營而等待觀望，就連黨政機關的領導同誌也是思想混亂，給人民群眾的生活造成了極大的困
難。我們希望黨中央、政務院重新考慮這一稅製辦法。
有的來信與向明一樣將新稅製的實施提高到了路線之爭的高度：
仔細地剖析一下新稅製，它的任何一條都對資本家們帶來了極大的好處，而對國營企業和人民的利益增加了很大的困難。所以，我們斷言：新稅製是向資產階級妥協投降的產物！
如此集中的來信、如此緊急的事態引起了毛澤東的極大關注。1月15日，毛澤東致信周恩來、鄧小平、陳雲、薄一波等，“新稅製事，中央既未討論，對各中央局、分局、省市委亦未下達通知，匆卒發表，毫無準備。此事似已在全國引起波動，不但上海、北京兩處而已，究應如何處理，請你們研究告我。此事我看報始知，我看了亦不大懂，無怪向明等人不大懂。究竟新稅製與舊稅製比較利害各如何？何以因稅製而引起物價如此波動？請令主管機關條舉告我”。
周恩來接信後，連夜給毛澤東寫了回信，談了處理辦法。
薄一波則立即召集中財委有關人員開會，彙報情況。薄一波多年後回憶說，看了毛澤東的來信，他的心情既沉重又茫然，尤其是其中的兩句話：“此事我看報始知，我看了亦不大懂”，讓他感到事情“有些嚴重”了。隨後，財政部和稅務總局派出若幹個小組分赴各大中城市檢查，並采取補救措施。2月10日，財政部副部長吳波、商業部部長姚依林、糧食部副部長兼黨組書記陳希雲聯名給中共中央和毛澤東寫信，說明了修正稅製的目的、新稅製對物價的影響和在執行過程中發生的問題。接著，財政部向中央政治局和毛澤東作了一次專題彙報，由吳波作了修正稅製的說明。薄一波作自我批評，並承擔
了責任。但毛澤東指斥說：修正稅製事先沒有報告中央。可是找資本家商量了，把資本家看得比黨中央還重；這個新稅製得到資本家叫好，是“右傾機會主義”的錯誤。
薄一波事後回憶說：毛主席這些批評的話，比信中又進了一步。語氣更為嚴厲，批評重點仍側重於事先沒有報告中央。而且把錯誤提到了“右傾機會主義”的高度，當時聽起來，不免感到震驚。
毛澤東對周恩來、薄一波等人的不滿，很大程度上源於新稅製的出台，中共中央和他事先竟不知道。首先，新稅製沒有報經中共中央討論通過，是政務院自行其是；其二，新稅製沒有通過黨的係統事先傳達布置，暗指政府工作有脫離黨的領導趨勢，有“分散主義”傾向。根據毛澤東認為政府工作中存在著“分散主義”的批評，周恩來於2月間主持召開關於加強政府各部門向黨中央請示報告的座談會，並起草《關於加強中央人民政府各部門向中央請示彙報及加強中央對於政府工作領導的決定》。
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實際上，新稅製隻不過是矛盾的導火索。所謂“右傾機會主義”錯誤也好，“分散主義”的錯誤也罷，反映出來的都是黨政高層管理權限的一種固有的內在矛盾。根據地
割據時期，政權事務容易為黨務組織統籌解決，但全國性政權建立後，行政事務已不再簡單，尤其是新政權剛剛建立，所有的方麵都麵臨著諸多必須解決或適應的矛盾，僅僅部門磨合協調，其事務就極為繁瑣複雜，因而中共黨組織不可能包攬一切，行政事務就要交由中央人民政府和政務院來處理。這樣問題就出現了，按照舊有的傳統，中共黨組織仍要決定政府事務，而且要保證黨組能控製政府的決策。那麼，有沒有一個法律文件或規章，來劃分中共中央與中央政府之間的權力邊界？作為貫徹中共中央意圖的中共黨組的權力邊界有多大？作為執行機構的中央人民政府以及政務院在程序上如何決策政府事務？哪些政府事務必須經過中共最高決策層，哪些事務可以自行決策？事實是，沒有。也就是說，所有這些問題，都沒有清晰的邊界。既然權力邊界沒有劃分清楚，那麼，在實際操作過程中出現衝突和矛盾就不奇怪了。建政之初，政務繁重，周恩來等主管政府工作的領導人，處於高層日常工作的第一線，不可能不獨自處理許多問題，更不可能事事請示。從毛澤東的角度說，有些事情必須請示，沒有請示就有意見並非不正常。正如毛澤東所說，這是“關於領導責任和領導方法問題——領導的集中或分散的問題……（此問題）在各地也是有的，在中央也是有的。在過去的中央會議上，我曾幾次提出過這個問題”。也就是，在毛澤東看來，從中央到地方都有“分散主義”的問題。就在“新稅製”公布的前兩天，即1952年12月29日，毛澤東《在中央關於改變管理幹部的方法和建立財經工作部的決定（草案）》上加寫的一段話，題目用了“黨對政府工作的領導責任”，這段措辭嚴厲的文字寫道：
黨中央及各級黨委對政府、對財經工作、對工業建設的領導責任是：（一）一切主要的和重要的方針、政策、計劃都必須統一由黨中央規定，製定黨的
決議、指示，或對各有關機關負責同誌及黨組的建議予以審查批準；各中央代表機關及各級黨委則應堅決保證黨中央及中央人民政府一切決議、指示和法令的執行，並於不抵觸中央決議、指示和法令的範圍內，製定自己的決議或指示，保證中央和上級所給任務的完成。（二）檢查黨的決議和指示的執行情況。
新稅製在這樣的背景下出台，並引發嚴重事件，毛澤東的慍怒是再自然不過了。
在毛澤東眼裏，政務院未經中共中央討論批準即推行新稅製，已經是幾次三番不聽招呼了，是犯了“分散主義”的錯誤。
早在1952年8月，政務院黨組幹事會就進行了改組，更名為中央人民政府黨組幹事會，周恩來雖然仍任黨組幹事會書記，但與周恩來意見一致、原任政務院黨組幹事會第一副書記的董必武不再擔任新一屆幹事會領導職務，由鄧小平出任中央人民政府黨組幹事會第一副書記。同在1952年8月中旬，周恩來出訪蘇聯時，由副總理鄧小平代行過總理職務。而此前，是由董必武代理周恩來出訪時的總理職務的。當時，毛澤東就說過：“凡政府方麵要經中央批準的事件，請小平多管一些。”毛澤東已經委婉表露了對政務院工作的不滿意。以周恩來的機敏，他當然明白毛澤東的用意，但以前不存在黨政分工的問題，也就不存在黨政關係的矛盾，現在行政係統剛剛建立起來，本身的係統還不完整，工作又必須做下去，有矛盾實在是很正常的現象。關鍵是權力邊界沒有清楚劃分，即使做出劃分，都避免不了矛盾，更何況沒有任何劃分，矛盾就是不可避免的了。
新稅製的事情發生後，毛澤東再次批示，要鄧小平“多管一些”政府事務。周恩來是政務院總理，理當“多管”，毛澤
東卻讓鄧小平“多管”，這表明毛澤東對周恩來工作的不滿意又有增加。實際上，這不能說哪一方對哪一方錯，因為從正常的執政程序來說，新稅製本就屬於政府事務，政務院征求意見，討論批準都無可厚非。問題出在決策程序上沒有明確的規定，執行起來就要依照領導者自己的理解。事務工作千頭萬緒，哪些該上報中央，也沒有明確的規定，考慮起來就難免不那麼周全，以周恩來的細致縝密尚且如此，可見其難度之大。
盡管以前也受到過毛澤東的批評，但周恩來等人仍然按照處理政務的慣例來處理並作決定。這次，毛澤東的不滿終於爆發出來，並在1953年5月19日致信劉少奇、周恩來、彭德懷及楊尚昆，要求檢查自1952年8月1日至1953年5月5日以中央和軍委名義發出的電報和文件，是否有及有多少是沒經他看過的（出巡及生病的時間不在內），並告知結果。毛澤東還就此指責說：“過去數次中央會議決議不經我看，擅自發出，是錯誤的，是破壞紀律的。”明確要求，“嗣後，凡用中央名義發出的文件、電報，均須經我看過方能發出。否則無效。請注意”。（“否則無效”四字下麵還加了著重點）
針對毛澤東要時任中共中央秘書長的鄧小平代表中共中央多管些政府方麵的事，1953年2月19日，周恩來主持召開了關於加強政府係統各部門向中央請示報告製度及分工問題的座談會，在此次會議上，他回應了毛澤東的批評，並提出：
今後各委、部直接提請政務院批示或辦理的事項，除例行事務外，凡屬涉及方針、政策、計劃的事項，應限於在中央政治局已經討論過決定了的問題，或是在中央已經批準的計劃或批準的原則範圍之內的問題，此類事項，原則上一般由鄧小平同誌處理，其中屬於仍須經過周恩來同誌處理者，亦由鄧小平同誌提出。在處理過程中，如周恩來、鄧小平兩同誌發現
有必須向中央請示報告的，即再直接提向中央。
1953年2月21日，《人民日報》副總編胡績偉寫了一篇有關山東省委機關“分散主義”現象的報告。毛澤東批示說：“此件有很大教育意義。”就此，於當年1月5日由毛澤東發動的“反對官僚主義、反對命令主義、反對違法亂紀”的“新三反”運動很快轉變為反對“分散主義”的運動。
根據毛澤東的指示，1953年3月10日，中共中央下發《關於加強中央人民政府係統各部門向中央請示報告製度及加強中央對於政府工作領導的決定（草案）》。決定規定：
一、今後政府工作中一切主要的和重要的方針、政策、計劃，均須事先請示中央，並經過中央討論和決定或批準以後，始得執行。政府各部門對於中央的決議和指示的執行情況及工作中的重大問題，均須定期地和及時地向中央報告或請示，以便能取得中央經常的、直接的領導。……所有政府各部門召開的專業會議，凡屬性質重要而不是解決純業務性或技術性質問題的專業會議，均應執行事先報告並經過中央批準始得召開的原則。……二、為了加強中央對於政府工作的領導，以及便於政府各部門中的黨的領導人員能夠有組織地、統一地領導其所在部門的黨員，貫徹中央的各項政策、決議和指示的執行，今後政府各部門的黨組工作必須加強，並應直接接受中央的領導。因此，現在的中央人民政府黨組幹事會已無存在的必要，應即撤銷。……三、今後政務院各委和不屬於各委的其他政府部門一切主要的和重要的工作均應分別向中央直接請示報告。……今後政務院所屬各委、部、會、院、署、行直接提請政務院批示或辦理的事
項，除例行事務外，凡屬涉及方針、政策、計劃的事項，均應限於中央已經討論和決定了的問題，或是中央已經批準的計劃或批準的原則範圍之內的問題。……如應向中央請示報告的事項而竟未向中央提出，則最後經手的政府負責同誌應負主要責任。……四、今後應將政府各部門工作有計劃地提請中央討論，以便加強中央對於政府工作的領導。
隨著決定下發的指示明確，報告和請示又分為請求批示和報告兩種，屬於請示者，須嚴格遵守每一請示隻限一個專題，並須在報告中注明請求批示及請求何人或何機關批示的內容；屬於報告者，一般不需批示，但若有請求指示的內容，中央當另作指示；綜合報告中涉及需要請示的問題，亦須專題請示，不得混淆；定期綜合報告一般每兩周一次，某些部門經過中央批準可每月或兩月一次。除請示和報告外，還可用以下幾種形式向中央反映情況：定期或不定期的簡報或情報，會議討論或決定的重要事項的文字記錄，必要的數字資料。大政方針、定期報告、專題報告、簡報情報、會議記錄，規定如此之嚴之細之密，政府及其所屬部門事務的各個環節均在中共中央的指導之下，政府部門的權限不僅大幅縮水，而且正常的工作開展都受到不必要的製約。毛澤東是不是要這樣詳細的報告，我們無法揣知，但主持起草這個決定的周恩來，是不是在受到毛澤東的嚴厲指責後，存在“有過之而無不及”的心態，恐怕難於否認。
決定的出台，一方麵使得政府不能自行做出任何決定，黨務機關不再通過政府機構內的黨組直接指揮取代政府工作，另一方麵政府各部門的黨組直接接受黨中央領導，政務院各委、部一切主要的和重要的工作均應向中央直接請示報告，政務院總理不再對政府工作負總責，而由政務院主持各方麵工作的幾
位負責人直接對黨中央負主要責任。對於這樣的工作局麵，周恩來的秘書吳群敢在《在西花廳周總理身邊工作》一文中提到，決定的下發對政務院的日常工作造成不小的影響，每周的政務會議議程出現了“真空”。原來，政府各部委送來的工作總結及有關今後方針的請示報告很多，政務院即可按照輕重緩急自行選定哪些可以列入政務會議議程。現在，所有這些文件都要事先經黨中央審核批準才能提交政務會議討論，在黨中央審批以前政務會議便無議程可列，甚至導致政務會議在某些時候不得不停開。
決定的出台改變的不僅僅是高層權力的運作程序，而且還改變了機構設置和人事布局。中共中央撤銷了中央人民政府黨組幹事會，周恩來的黨組幹事會書記一職也隨之不存。仍保留的政務院四個委員會的分黨組，直接受中共中央領導；直屬政務院的外交、民族、華僑、人事等部門的黨組，亦直接受中共中央的領導。中央政府領導人的分工也作了調整，政府事務分成六個大口：計劃口由高崗負責，政法口由董必武、彭真、羅瑞卿負責，財經口由陳雲、薄一波等人負責，文教口由習仲勳負責，外交口由周恩來負責，其他事務口由鄧小平負責。主持政務院全麵工作的周恩來，此時隻主管外交工作一項。也就是說，他隻是六分之一中的“一”了。
1953年4月28日，在毛澤東提議下，《中共中央關於加強對中央人民政府財政經濟部門工作領導的決定》下發。
決定首先提出了原因：“由於國家建設計劃已於今年開始，而爭取完成並超額完成一九五三年度的建設計劃，又成為貫穿全年壓倒一切的中心任務，因而全黨進一步加強對於財政經濟工作的領導，首先是進一步加強對於中央人民政府各財政經濟部門工作的領導，就成為十分必要。”
有了上麵的必要性，因此做出了如下決定：
中央人民政府所屬的重工業部、第一機械工業部、第二機械工業部、燃料工業部、建築工程部、地質部、輕工業部和紡織工業部劃歸國家計劃委員會主席高崗同誌領導；中央人民政府所屬的鐵道部、交通部和郵電部劃歸政務院副總理鄧小平同誌領導；中央人民政府所屬的農業部、林業部、水利部和合作總社劃歸國家計劃委員會副主席鄧子恢同誌領導；中央人民政府所屬的勞動部劃歸計劃委員會委員饒漱石同誌領導；中央人民政府所屬的財政部、糧食部、商業部、對外貿易部、人民銀行、工商管理局及物資儲備局仍屬財委主任陳雲同誌領導，在陳雲同誌休養期間，由薄一波同誌代理。
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原來由政務院統一領導的所有經濟部門，劃分為五個方麵，由五人分別領導。毛澤東戲稱之為“五口通商”。
在“五口通商”經濟管理體製確立後，政務院的職權和地位已經明顯下降。因為中央人民政府對下屬各經濟部門的領導不再通過政務院的中財委，而是分別通過政府新增設的五個方麵的領導人進行。他們可以設立
各自屬下的辦事機構，並有權召集政府有關部門的負責人開會，將會議結果直接向中央人民政府主席即毛澤東報告。值得注意的是，周恩來並不是“五口通商”的領導人之一。此時，政務院對五方麵領導人隻起到聯係和協調作用，原來事權專一、無可替代的地位和職權被分割淨盡。
而在此之前，政府中黨的領導係統的調整，已使得過去以政務院黨組幹事會作為政府中黨的最高領導機構的組織形式不複存在。隨著毛澤東以中共中央主席身份直接領導中央人民政府內的黨組小組和分黨組幹事會，周恩來由過去政府黨的領導係統的最高領導人，一變而為向毛澤東直接負責的領導人之一。
中央人民政府各委、部、院、署、行的工作，均由各黨組小組直接向毛澤東彙報請示，毛澤東則親自給予批示，確立了中共中央主席直接領導政府工作的體製。
這種布局直接強化了黨務機構的行政職能，原屬於政府的行政權大幅度集中於黨務係統，直接後果就是黨務係統的政務工作量急劇增加了。1953年開始實施的“一五”計劃，又使得政府急需處理的經濟和社會事務日益繁重。麵對這種情況，除原有黨務機構更加深入地處理政府事務以外，又不得不延續已有的思路，設置新的處理政務的黨務機構。如中共中央財貿工作部的設立，就源於“財政、商業、糧食、金融等方麵的工作任務已愈來愈繁重複雜”之故，並發出《中共中央在縣以上各級黨委成立財貿工作部的通知》，要求新成立的各級黨委下的財貿工作部，作為各級黨委管理財政貿易工作的辦事機構，來分管財政、商業、糧食、金融等方麵的事務。
1953年11月24日，《中共中央關於加強幹部管理工作的決定》發布。該決定要求對幹部實行分類管理，除軍隊、黨群係統幹部分別由軍委總政治部和中央組織部管理外，各個係統內
的各級幹部，分別由各級黨委的宣傳部、計劃和工業部、交通部、財貿部、農工部、統戰部、政法部管理。這個決定的出台，隻不過是給予各地各級已經設立的管理政府事務的黨務機構以認可，並督促尚未設立對應管理行政事務的黨務機構的地方黨委，盡快完成設置相應機構任務。在這個決定出台之前，一些地方黨務機構已經設置了對應的管理行政事務的機構，甚至比該決定所要求的更加細致。例如北京市委不僅設立了工業、農業、財貿、教育等黨務機構，而且還設立了地方工業部、建築委員會、高等教育委員會、國際活動指導委員會。天津市委則將工業部門分設為三個：國營工業部、私營工業部、地方工業部，又另設了一個工資委員會。有些地方黨委甚至將文教工作機構分設為教育和文化兩個部門，進行分頭管理。