畢達哥拉斯作為戰俘被帶到兩河流域後，成為一名波斯軍官的奴隸。據說，他用自己從埃及祭司那裏學來的偏方治好了這名軍官的瘙癢症，後者因此很慷慨地恢複了他的自由身。按理說他完全可以就此盡快逃離這裏，做個自由自在的人了，但是他沒有。他非但沒有離開，還主動選擇留了下來，而留下來的原因是因為他對波斯人的拜火教產生了濃厚興趣。這個曆史悠久的宗教流傳著一個理念，他們認為世界上存在著善惡兩種勢力，它們一直在相互鬥爭。也許是受到這種宗教教義的影響，畢達哥拉斯後來把奇數和偶數也分別看成是善與惡的代表，認為二者各自具有陽性和陰性的屬性。此後，他又利用整數的比例關係研究音樂理論，大概也是出於巴比倫星相學和數學思想的啟發了。
再度離鄉
畢達哥拉斯在巴比倫生活了幾年（有說法認為，這期間他還可能去過印度），決定重返故鄉。時光如白駒過隙，十幾載的光陰轉瞬即逝。歲月可以磨礪一個人的性情，讓他由輕狂變得穩重，毫不例外，它也可以把一個人由英姿勃發變得兩鬢斑白。畢達哥拉斯重回薩摩斯島之初，島上的居民對他熱情相迎，市政長官也頻頻殷勤邀請他作公開演說，向廣大的民眾介紹在東方的奇聞軼事，所有的人都對他的這次旅行抱著極大的好奇心。畢達哥拉斯享受到了前所未有的隆重招待，和他第一次遊學歸來的感覺簡直天壤之別。他很欣喜地看到這種情景，也樂於把自己的所見所聞和學到的知識講給和傳授給自己的家鄉人。
然而好景不長，喜怒無常的島上居民對畢達哥拉斯的態度又回到了從前。他們很快分離成兩個陣營，其中以年輕人為主的一派認為畢達哥拉斯充滿智慧，是一個智者；而以長者為主的另一派則認為畢達哥拉斯狂妄自大，不值得學習。在這樣的爭鬥中，終於有一個與畢達哥拉斯同名的孩子喜歡上了解數學題，而且深陷其中，並著了迷。他一開始是瞞著父母，偷偷跑來跟畢達哥拉斯學習數學，後來，在他的努力說服下，他的父母同意他以這位“狂人”為師。這件事給了畢達哥拉斯莫大的鼓舞，他不再顧忌周圍人的指手畫腳、議論紛紛，立刻著手辦起一座“半圓學校”。許多的好學青年衝著他非凡的旅行經曆和他在埃及贏得的聲望，紛紛前來報名。盡管當地的權貴和商人很不願見這位老師，但這絲毫阻止不了年輕人對畢達哥拉斯的狂熱崇拜。
畢達哥拉斯的半圓學校依山而建，那些開闊的山洞成為他們天然的教室。老師在這裏給學生們授業解惑，學生們在此聆聽這位良師益友的教導，他們共同徜徉在包括數學在內的知識殿堂。也許，他們根本無需在意別人的說三道四，但是流言爍金，最終畢達哥拉斯還是被流言擊中了。
那個時候的希臘各島小酒館遍地開花，最害怕孤獨的薩摩斯人經常帶著自製的魚幹或橄欖三五成群地聚到小酒館裏，一邊喝著小酒，一邊在那裏傳播各種途徑得來的小道消息。他們不會放過任何一個值得挖掘的議論對象，特立獨行的畢達哥拉斯和他的學生們理所當然地成為他們口中的話題之一。從他們居住的山洞，到畢達哥拉斯的提問式教育方式，從畢達哥拉斯教學的內容，到他向學生發表的自己對島上祭神方式的批評等等，他們繪聲繪色地描述著，免不了加上一番他們自己主觀臆想的細節或情境。他們出言譏諷，甚至惡毒地咒罵，似乎這些已經遠離他們生活的老師和學生的一切都讓他們看不順眼。他們莫名地生氣：尤其是那個畢達哥拉斯，他竟然敢說“數就是神”，這簡直是對神的最大褻瀆。畢達哥拉斯最終沒能經得住這樣的侮辱和攻擊，他逐漸妥協，甚至屈服了。他先是被迫把教學內容改為單一的數學，接著學校也關閉了，當時，他的“半圓學校”開辦了還不足一年。
公元前530年前後，年過半百的畢達哥拉斯在故鄉人施予的種種壓力下，再次離開了薩摩斯。或許是因為家鄉人讓他傷透了心，從此，畢達哥拉斯再也沒有踏上這座島嶼。試想一下，如果薩摩斯人看到這個被他們逼迫得不得不離開家鄉的人後來取得的成就和威望，他們又該作何感想呢？
離開薩摩斯這塊讓他抑鬱不得誌的傷心地，畢達哥拉斯將自己此行的最終目的地定在了愛奧尼亞海對麵的意大利。在前往意大利之前，他到得洛斯島探望了恩師菲爾庫德斯。誰能想到呢，當他幾年後再返得洛斯島，卻是去見病危中的老師。幸運的是，那次他一直守護在恩師身邊，直到恩師離開人世。離開得洛斯島，畢達哥拉斯接著走訪了阿提卡平原東南端的雅典，去了處於地中海上、被譽為愛琴海最南端皇冠的克裏特島，以及位於伯羅奔尼撒半島東南部的斯巴達人的城邦。
克裏特島是希臘文明最早的發祥地之一，在公元前3000年至前1450年，這裏曾誕生過燦爛的米諾斯文明。但是，到畢達哥拉斯的年代，克裏特文明已經衰落，雅典和驍勇尚武的斯巴達正在逐漸崛起為希臘勢力最強的兩個核心城邦。畢達哥拉斯遊曆了這些地方，又輾轉抵達伯羅奔尼撒半島西北部的伊利斯。畢達哥拉斯到達伊利斯時，位於伊利斯南境的奧林匹亞正在舉行四年一度的奧林匹亞運動競技大賽。雖然比賽項目並不多，但參賽的運動員來自亞、歐、非各洲。早在公元前884年，伊利斯王就和斯巴達王達成了一項協議，這就是《神聖休戰協議》，也正是這個協議奠定了奧林匹克運動的神聖之名。賽會結束後，畢達哥拉斯從奧林匹亞搭船，向西橫渡愛奧尼亞海，到達了位於亞平寧半島最南端的意大利城邦克羅托內。這座城市曾以盛產奧運冠軍揚名四鄰八方，所以也有人猜測，沒準兒畢達哥拉斯就是和那些得勝而歸的冠軍選手乘坐同一條船而來的。
在克羅托內，才華橫溢、見多識廣的畢達哥拉斯很快就贏得了人們的認同，他受到了人們的隆重歡迎，當地的執政長官也盛情邀請他向當地民眾發表演講。這一次他大獲成功，結局和他重返薩摩斯島時的情景截然不同，他征服了那些挑剔的權貴和苛責的年長市民。當時的意大利南方各邦，諸神中人們最崇敬的當屬酒神狄奧尼索斯。他是古希臘色雷斯人信奉的葡萄酒之神，與後來羅馬人信奉的巴克斯是同一位神祇。這裏的人們喜歡飲酒狂歡和縱情歌舞，所有的嫉妒之心大概也盡在這種方式的宣泄下蕩然無存，因此他們對畢達哥拉斯的到來表達了熱烈之情。而經曆了薩摩斯島上的一番經驗教訓，畢達哥拉斯自己也變得成熟穩重了很多。他的談吐變得內斂，言語中無不流露出有著良好教養、高貴典雅的氣質，他的一舉一動也和從前大不相同，愈發顯得出塵脫俗，似乎已很有大師的風範。
據說，畢達哥拉斯大批的擁戴者中，有一個人看中了他的才華，聘請他作為家庭教師，教授自己的女兒西雅娜學習。年輕美麗的西雅娜熱愛老師的博學，在日複一日的朝夕相處中，她對老師的崇敬和仰慕逐漸升華成了愛戀，可惜老師對她的心思無動於衷。有一天，聰明的西雅娜向畢達哥拉斯傾訴了自己心中的小秘密，聲稱自己愛上了一個人。畢達哥拉斯鼓勵她追求自己的愛情，西雅娜借機向他表白了自己的心意。畢達哥拉斯這才領悟過來，其實他自己也早已對西雅娜一見傾心，最終他們結合了，並且生育了一雙兒女。幸福的生活讓畢達哥拉斯有了安定下來的決心，公元前529年前後，他們在意大利定居。
創立畢達哥拉斯學派
出於在當地的聲望，畢達哥拉斯也積極參與到當地城市的建設事務當中。他先是建議市政府為希臘神話中的文化女神繆斯修築了神廟，接著在郊外辦起了一所被稱為“城中之城”的社團（也可能是學校）。就是在這個社團的基礎之上，他建立了後來的畢達哥拉斯同盟。據說，這個同盟在鼎盛時期曾在意大利半島南部，古希臘的眾多殖民城邦都建立了自己的活動據點。
許多人衝著畢達哥拉斯之名加入了這個社團。畢達哥拉斯把社團成員分成兩類：一類人大多有著較高的天賦，他們共同過著公社生活，財產一律充公；另一類成員則保留著自己的私人財產，可以和其他成員交流思想，其身份相當於學校裏的旁聽生。但是這種分法時隔不久，又根據工作性質重新進行了區分。比如，他把負責學校內部管理事務的成員歸為一類，並為此創造了一個詞，這個詞後來成為“政治家”一詞的來源。他還為專門從事幾何學、天文學研究的這部分成員創造了另一個詞，這成為希臘語“數學家”一詞的原形。
畢達哥拉斯成為了他的社團的領袖，他要負責製定社團裏的規章製度，同時還負責社團的宣傳以及招生。古希臘人對智慧懷著高度的敬仰之情，當時有許多富家子弟和名門之後慕名而來，畢達哥拉斯的社團根本不用為生源擔心。但即使這樣，也不是所有想要加入其中的人都能夠順利入學，因為他們還得經過一個為期5年的觀察期。在此期間，他們隻能站在帳外聽講，不得發言或提問。
可能也正是因為這一點，當今的科學史學界對畢達哥拉斯究竟給他的學生們傳授了哪些內容、他親自教授的學生又是什麼身份、出身如何等等，充滿了好奇，這些問題同樣成為人們爭論的焦點。他們據此推斷，畢達哥拉斯很可能隻是教授了弟子中具有核心身份的幾人。至於畢達哥拉斯的學說，其中有哪些是他自己創造的，有哪些又是源自他的追隨者，當前還難以確定。但這些並不重要，因為畢達哥拉斯的衷心追隨者即那些畢達哥拉斯學派的成員們，他們樂於把自己的發現和創造歸結為這位導師的功勞。
畢達哥拉斯學派發展到後來也稱“南意大利學派”，成為一個集政治、學術、宗教三位於一體，有著神秘儀式和嚴格戒律的宗教性學派組織。他們研究哲學、數學和所有的自然科學，畢達哥拉斯本人甚至還為這個學派製定了一係列戒律，試圖以此構建一個他所想象和憧憬的唯美並且神秘的世外桃源。比如，他們不吃豆子，不碰觸白公雞，不穿動物皮毛製成的衣服等。他們推崇慷慨共享，這不僅僅被用於財物上，連數學領域的發現也被視為大家共同的功勞。他們招收學員的要求非常嚴格，每個學員除了要在學術上達到一定水平，除了要經曆上述的觀察期，在加入組織時還得經曆一係列神秘的儀式，以求“心靈得以淨化”。被正式接納後，他們還要遵守諸多規範和戒律，要求宣誓對社團裏的秘密和學說永遠守口如瓶，不能對外泄露隻字片言。為了強調男女平等，他們打破了當時的禁忌，公開招收女學員，向女性傳授知識，這在當時可謂是一個進步。
畢達哥拉斯學派的成員們大都出身貴族，有著共同的哲學信仰和政治夢想。他們吃簡單的食物，接受嚴格的訓練，服從學派鼓勵人們自製、節欲、純潔、順從的教義。在數學理念上，他們相信數是萬物的本原，相信數學可以使靈魂升華，認為事物的性質都由某種數量關係所決定，萬事萬物都按照一定的數量比例構成現實中的和諧秩序，上帝通過數來統治宇宙，這是他們與其他學派的主要區別。
畢達哥拉斯學派的活動一直持續了二百餘年，一開始他們在意大利南部一帶贏得了很高的聲譽，影響甚廣。也正因如此，他們招來了敵對派的仇視。公元前6世紀末，因受到反對，畢達哥拉斯及其追隨者被迫開始了流亡生涯。公元前5世紀中期，同盟被迫解散，但一些執著者仍然堅持該派的活動，一直將其延續到公元前4世紀。目前，學術界一般將畢達哥拉斯在世時的學派稱做前期畢達哥拉斯派，而後期畢達哥拉斯派則大體被分為兩個支派：一派繼續遵循畢達哥拉斯的神秘主義和戒律，另一派則致力於數學、天文學、醫學等領域的研究。而通常把公元前3世紀至前1世紀流行於古羅馬的畢達哥拉斯學派，稱為新畢達哥拉斯學派。
“萬物皆數”
公元前6世紀，當東方的孔子在華夏大地向他的三千弟子宣講“仁愛”禮義時，在意大利半島南端的克羅內托城，畢達哥拉斯正在將他“萬物皆數”的哲學觀解釋給自己的學生們聽，並一再強調幾何與算術的重要性。
畢達哥拉斯年輕時曾因為口出狂言“數即是神”而被視為異類，以致被逐出家鄉，但後來他仍然把自己的數學理念融合並上升到自己的哲學觀中。有一種說法認為，當年的埃及和巴比倫之行很可能是促成他渴望研究數學並使其宣稱“萬物皆數”的動因。除此之外，也許還會有別的原因。然而，無論出於何故，有一點是毫無疑問的，那就是畢達哥拉斯及其追隨者對數字的熱衷非比尋常，而且他們還建立了一套完整的數字理論，讓我們一起來看看他們的理論發現吧！
首先是數字與音樂的和諧之音。畢達哥拉斯學派提出了“美是和諧”的觀點，認為音樂的和諧之音是由高低、長短、輕重皆不同的音調按照一定的數量比例組成的。“音樂是對立因素的和諧的統一”，這被認為是古希臘藝術辯證法思想的萌芽，也包含著藝術中“寓整齊於變化”的普遍原則。