且不論這個怪異的夢境之說是否成立，但這一時期，笛卡爾在數學思想上的轉變使他對數學形成了一種新的認識，他找到了一種方法論，一把萬能鑰匙。那個未知的世界門微微開啟，他瞥見了從那裏投過來的一絲光明，似乎這已是不爭的事實。笛卡爾自己也說，在這一天，他找到了“關於奇妙的發現的基本規則”。他在這一時期對數學表現出的那種狂熱之情似乎表明了一個事實：雖然1619年以前，他的興趣也確乎集中在了數學方麵，但很明顯，他對尋找並建立數學領域普遍適用的數學方法的觀念並未給予足夠重視。然而，這一天之後，他卻開始致力於對這些方法的探索與研究，甚至很可能已經有了一種朦朧的意識或構想，即把原先看似毫無關聯、各自獨立的學科統一到數學之下。
要把各門學科統一到數學之下，這聽上去頗有些天方夜譚之說的色彩，而以後的事實似乎也表明那是一個不太合理，也不怎麼現實的甚至有些狂妄的想法。所幸的是，笛卡爾很及時地從之前的狂熱中脫離出來，恢複到他一貫的冷靜沉著，他意識到了這一點，並沒有把這個念頭對外公開。但這種打破舊的學科體係、構建新的學科的思路，卻由此觸動了他在數學領域建功立業的野心。
正如他自己在後來的著作中所說的那樣，“如果我們能看到各門學科是怎樣聯結在一起的話，我們就會發現，其實把它們記在腦子裏並不比記下一串數字更難。”誠然，這樣一個前所未有的偉大創舉，就好比是摧毀並重建一個原先規劃很不合理的城市裏的全部房屋，但是“對於一個個人來說，要想改革各門學科的整體，或者是那些已經在學校建立起來的教學順序，無疑是不合情理的。”笛卡爾認識到了這一點，他認為這是一項費時費力的浩大工程，而不是一項草率從事的任務。所以，他打算等自己到了一個更加成熟的年齡再將這一發現公之於眾，並且要在事前花費許多時間來為這一事業作準備。事情就像後來我們看到的那樣，笛卡爾這一準備就是好幾年。而在這些年裏，笛卡爾自稱“別無所事，隻是在世界上東飄西蕩，力求充作世界上演出的一切喜劇的觀眾，而不是其中的演員。”
隱姓埋名的沉思者
1721年，笛卡爾脫下軍裝，結束自己的軍隊生活。在後來的好幾年間，笛卡爾離開德國，輾轉到荷蘭、意大利和法國等地遊曆，並在意大利住了大約兩年時間。在此期間，他把大量時間花在了遊玩上麵，對學術研究等關注甚少，在數學方麵的興趣似乎也漸漸消失了。他喜歡旅行，在回國時，他花了大半年的時間在路上。“他從南到北對穿摩拉維亞（今捷克東部地區），進入西裏西亞（中歐的一個曆史區域名稱，其範圍包括今波蘭西南部、捷克北部和德國東部一帶），沿途經過的都是小學生逃學那樣的道路。他一直走到波羅的海海岸，到了什切青（即今波蘭斯德丁市，位於波蘭西北部）地區，又經由德意誌北部，到達漢堡和易北河入海處，從那裏上船前往埃姆登（德國主要港口之一）。”抵達埃姆登港後，他賣掉了坐騎，隻帶了一個仆從，然後租了一條小船，準備自己過海回家。據說，這樣可以節省時間，縮短行程。在回去的途中，他們遇到了一點小麻煩。他租來的船上那些水手試圖搶劫，甚至揚言要殺死他和他的仆從，將他們扔到海裏。這位看似身單力薄的年輕人這時可沒了什麼紳士風度、溫文爾雅，也許當過兵的人都懂得怎麼對付那些恃強淩弱者，知道如何叫人放老實點。他二話不說，拔出槍來，那些強盜立刻被嚇到了。據說，笛卡爾自己還曾把這次海上冒險經曆記了下來。
讓我們一起跟隨這位大師的腳步，來看看他在這些年裏的經曆吧！
1622年3月左右，這名年輕旅行家回到了闊別長達5年的祖國。在這次的長期旅行中，他不僅收獲了堅強的意誌，得到了關於生活、人生和人自身的某些經驗，而且收獲了一個結實的身體。他的體質經過旅行生活的磨礪變得強健起來，他已經不太咳嗽了。從這時到1623年的3月，笛卡爾經曆了一些事情。他和哥哥、姐姐一起清算了母親留下來的遺產賬目，正式接收了屬於自己的部分遺產。在這段時間，他可能還去了一趟巴黎，並在那裏找到了另一位精神導師，馬蘭·梅森納。
梅森納比笛卡爾大7歲，也曾在拉弗萊希讀書，可說是笛卡爾的學長。據說，梅森納像笛卡爾一樣，在數學上很有天賦，此外他還比較傾向於神學。在他們相識後的20多年來，梅森納幾乎被看成是“笛卡爾在巴黎的常駐代表”。因為他在當時不僅與伽利略等外國科學家以及身在外國的法國學者保持聯係，同時他還充當著笛卡爾思想與外界溝通的中介人的角色，也許在後世看來，梅森納的名氣遠遠不及笛卡爾，但是在他紛亂蕪雜的思想裏，有一條是清楚無疑的：“它（指數學）引導知性走向真理，把抽象的、睿智的、神聖的東西拿來，以供靜觀。”正是這一思想，使他與笛卡爾有了共鳴，也成為他們親密友好的根源。
從1623到1624年間，笛卡爾因為受過國內某些異端邪會的影響，為了躲避風頭，同時也“出於某種對大人物之間加冕等儀式典禮的好奇心的驅使”（當時教皇葛利哥裏十五剛剛去世，繼承人烏爾班八世即將進行加冕典禮）笛卡爾到意大利進行了一次漫遊。這次他玩了有20個月左右的時間。他在威尼斯做了短暫停留，然後去了羅馬、熱那亞，甚至還有佛羅倫薩。有說法認為，他可能在此期間拜訪了伽利略。
1626年，笛卡爾回到了法國。他開始考慮是否要找個正當的職業正式工作了。他起初想謀求一份法律方麵的差事，但是擔心自己的法律知識難以勝任；而且他在這方麵的實踐經驗一片空白。為此，他曾向父親寫信征求意見。然而，就在這時，父子倆失去了一次寶貴的見麵機會，因為接下來笛卡爾就乘上了前往巴黎的驛車。隨後，他在巴黎住了下來，自此一直到了1628年下半年。這是他出生以來頭一次在首都住這麼長時間，也是由此直至他逝世，在巴黎住得最久的一次。
在巴黎的幾年裏，笛卡爾搬了好幾次家，最後隱居在一家小客店裏。如果有人拜訪他，隻有通過他的仆從帶路，才能經過一番曲折找到他的住所。笛卡爾自己好像也說過這麼一句話：“隱居得越深，生活得越好。”因為他總是想“徹底貫徹他所能想象的最簡單、最不孤僻怪誕、最不矯揉造作的生活方式。”據說，他的家裏一切看起來都非常簡單，家具和桌椅總是收拾得纖塵不染，而且沒有任何多餘的擺設。他有少數幾個仆從照顧他的生活，出門辦事從不講究什麼排場，總是按照當時的流行時尚，穿一件簡單的綠色綢紋短外套，然後佩上象征他貴族身份的羽飾、綬帶和劍。對於一個貴族來說，這些東西是不可以隨便不要的。
這時的笛卡爾似乎對尋找一份穩定而長久的職業又逐漸失去了耐性和興趣，五光十色的巴黎上層社會暫時吸引了他的注意。作為一名年輕的，名下有著一筆可觀遺產的貴族，笛卡爾輕鬆進入了當時頗有影響的一些文化沙龍，社交成為他生活的一部分。
這幾年的悠閑時光裏，笛卡爾在巴黎過著一種紳士般的社交生活，他漸漸成為巴黎社會的一介名流。這段時間對笛卡爾來說影響重大，他在此期間，結識了當時的諸多進步人士。在當時的巴黎社會，人們關注和熱烈談論的多是文學和時事政治，極少有人認真地將哲學和科學研究當做真正的職業。而願意從事這些工作的多是一些業餘愛好者，或者是那些自學成才的人，就連那個時候的天文學家，往往也都是從教會中的神職人員或占星術士裏邊招收來的。被哲學、數學占據了心靈的笛卡爾，自然隻會和誌同道合者惺惺相惜，所以他在巴黎新結識的朋友當中，不少人都是教會人士或者數學家，包括梅森納、米多熱等，還有與他針鋒相對的羅勃伐。
這段時間裏，笛卡爾對數學的興致愈加冷淡，在光學、物理機械方麵的興趣卻變得熱烈起來。1628年10月，笛卡爾寫信給自己的老朋友兼精神導師比克曼，並向後者心灰意冷地表示，自己“在算術和幾何方麵沒有更大發現。”隨後，他動身離開法國，前往荷蘭。關於他離開法國，前往荷蘭的原因眾說紛紜。有說法認為，他是受到當時法國國內的迷信和宗教狂熱的迫害被迫逃亡荷蘭；另有說法認為，他不滿意法國的宗教和政治製度，前往荷蘭尋找和平，擺脫世俗困擾；還有一種說法，據說源自萊布尼茨，他說笛卡爾離開巴黎不過是“為了不再碰見羅勃伐。”無論這些說法是否成立，笛卡爾前往荷蘭的目的似乎隻有一個，那就是尋找一種適於沉思的環境。這個理想化的荷蘭，是他顯示自己天才的國家，他相信在這裏能夠找到自己的出路，於是他去了。至於他是否想逃避什麼，我們無從得知。
定居荷蘭
1628年下半年，笛卡爾帶著簡單的幾件行李，離開了法國。
10月初，笛卡爾抵達荷蘭。據說，他喜歡這裏涼爽宜人的氣候，喜歡這裏安安靜靜的田園風光和與世無爭、寬容輕鬆的氛圍。事實上，笛卡爾此前在巴黎已經小有名氣，所以更多推測認為，他很可能是為了躲避絡繹不絕前來拜訪之人才躲到荷蘭去的。比起巴黎的紛繁熱鬧，荷蘭的清淨安寧似乎更適合他寡淡孤傲的心性。他在荷蘭一座偏遠小城租下了一間房子，房子位於當地一所大學對麵的破舊城堡的城牆外麵。這的確是一個隱居的好地方，一個人口不足萬人、交通又很不便利的小城市，要想找到它恐怕不是一件容易事，可這正是笛卡爾想要的。即便生活條件極其簡陋，但是無人打擾，這真是再好不過。1628至1629年在那座偏遠小城待的大半年裏，笛卡爾過了一段與世隔絕的日子。
盡管笛卡爾在荷蘭也有不少的朋友，但他似乎並不想讓更多的人前來打擾自己的生活。他幾乎沒有告訴任何人自己在荷蘭當地的具體住所，甚至包括好友米多熱。然而，這樣安靜的生活隻維持了短暫時間，從1632至1633年，他很快就有了結交的朋友，往後更是頻頻你來我往了。
這一時期是笛卡爾的一段繁忙時期。他每周要花一天的時間專門寫信，給不同的朋友，或者是與其學術觀點針鋒相對者，目的隻在於引起哲學討論。他把大量的時間和主要精力放在了光學和生理學實驗上麵，幾乎沒有時間去讀書。據說有一回別人向他詢問，“您的圖書館在哪兒？”他竟然用手指向自己買來的，準備用於解剖研究的屍體。在離開那座小城，遷往阿姆斯特丹後，笛卡爾在給梅森納的信中熱情洋溢地介紹了自己在這一階段的各種研究，包括聲學、光學、太陽黑子、彈道、力學等諸多科學內容。
緊接著，這一時期過後不久，笛卡爾相繼完成了人生中幾本重要的經典之作。1629年，他寫了《思維指南錄》一書。在這本書中，他概述了自己的思想道德準則。但據說此書從未完稿，可能從未有過公開發表的打算，所以直到笛卡爾去世五十多年後，這本書的第一版才問世。此外，他還寫了在物理學領域涉獵廣泛而頗具前瞻性的《論世界》，以及有關生理學和解剖學的名為《人論》的論文集等。在此期間，笛卡爾頻頻與好友梅森納保持書信聯係，向對方透露自己的思想進程。與此同時，他與另一位曾經被他奉為“精神導師”的朋友比克曼的友誼卻發生了危機，原因不過是因為後者在與笛卡爾的其他知己的談話中，流露出了自己曾身為笛卡爾導師的言辭。這讓這位高傲的數學家火冒三丈，他甚至再三向昔日的精神導師索要曾經作為禮物贈送給對方的論文手稿。
1633年，就在《論世界》完稿前夕，笛卡爾得知了伽利略因證實了哥白尼的假說而被宗教法庭宣判有罪的消息。這一年的4月，伽利略在羅馬接受了宗教裁判所的審判；6月下旬，在巨大的壓力之下，他被迫放棄了自己的學說。在巴黎梅森納一群人的小圈子裏，人們聽到的消息隻是說羅馬在進行一場審判。11月底的時候，笛卡爾還沒有謄清自己的論文，這與他答應梅森納的時間已經時日不多了。為了表示他不失信於朋友，笛卡爾打算將手稿的一部分先給梅森納寄了過去，作為新年禮物。這個時候，他突然想起了伽利略和他的那本著作《對話》。於是，他四處派人在萊頓（荷蘭城市名）和阿姆斯特丹打聽這本書哪有賣的。直到此時，他才知道了伽利略入獄的消息。
為了躲過可能麵臨的與伽利略相同的牢獄之災，笛卡爾相當謹慎小心地掩藏起了自己的思想著作，因為在這本書裏他捍衛了哥白尼的日心說。伽利略被捕的消息對笛卡爾產生了重大影響，以致他決定不再出版自己正在撰寫的著作。在給朋友梅森納的信中，他這樣說：“這一事件嚴重影響了我，使我幾乎焚毀書稿，或者至少以後我不會再向任何人出示我的作品。”