1637年6月，在宗教改革氛圍相對比較寬鬆的荷蘭，在朋友們的盛情邀請下，笛卡爾匿名出版了自己最負盛名的著作《正確思維和發現科學真理的方法》，哲學史上簡稱這本書為《方法論》。《方法論》一書用法文而不是拉丁文寫成，所以一切有文化的人都可以通讀，包括沒有學過古典語言的人。在《方法論》中附有三篇論文，分別是《折光學》《氣象學》和《幾何學》。此外，他還特意為此做了一篇序言，在這三篇論文中，笛卡爾給出了用自己的方法做出發明的例子。
《方法論》一書在萊頓出版期間，笛卡爾不時從某個偏遠的城市來到這裏監督印刷工作。由於他的行蹤總是飄忽不定，以致當地人們誤以為他是個“每日深居簡出，極少露麵的怪人。”而那些熟悉並了解他的人對此心知肚明，因為他長期生活在這個國家，又總是躲在某個偏僻的角落隱居，大家還戲稱他為“偏僻先生”。但是法國哲學家克洛德·索邁茲對他評價說，“笛卡爾先生看上去是一個非常正派的人，而且容易打交道，他被認為是一個稀世奇才。”
《方法論》在萊頓出版後，1637年底開始在巴黎發售。在此期間，笛卡爾將自己的著作分別寄給了當時的法國國王路易十三、法國和羅馬教廷的幾位主教大人，以及他在拉弗萊希上學時的3位老師。然後，他輾轉到了荷蘭一座海濱城市，開始了人生中一段難得的幸福時光。在此之前，據說他曾和一位叫海倫的女子同居，並且有了一個女兒。初為人父的笛卡爾帶著他們出生不久的女兒和他的情婦，在這座偏僻的城市享受著天倫之樂。同時，他仍然不斷給身在巴黎的梅森納寫信，向對方打聽國王和主教們對其著作的看法。
失望和打擊一個接一個地通過信件傳來，笛卡爾的希望逐漸破滅。他從失望漸漸感到生氣、憤怒，不屑、嗤之以鼻，因為那些審查者對他的著作沒有興趣，也根本提不出在他看來任何像模像樣的意見。1638年，在笛卡爾給梅森納的信中，他說：“對我的誹謗隻能叫我越來越痛快了，因為它們越來越荒誕……我敢說，他們根本沒有勇氣審查我的幾何學，他們不懂。”在隨後的信中，他又有些賭氣地說：“再也沒有比巴黎的空氣更讓我煩心的了……隻要能允許我按照自己的方式生活，我就要永遠待在鄉下，待在不受人打擾的地方……這也是我離開故國來到這個國家的理由，我在這裏已經習慣了，再也不想換換環境。”
然而最壞的事情還沒來。
笛卡爾在一次次的回複答辯中，惱怒與日俱增，他不斷在信中抱怨，火爆的脾氣終於忍無可忍，爆炸了！1638年10月，他最終厭煩了這場鬧劇，在給梅森納的信中，他說：“我再也不想給他們任何答複了，他們的幾何學我受夠了……因為我現在徹底清楚了，他們的智力不過如此。”笛卡爾首先退出了這場辯論，截至此時，他已經為此浪費了一年多的時間。這時距離他的《方法論》出現在法國公眾麵前，不過才13個月。在這樣的爭論中，他敗下陣來，隨之而來的是一片質疑之聲。連他的父親也在埋怨：“他是我所有子女中，唯一令人不滿的一個。他竟然把自己搞成了可笑的眾矢之的！”
盡管麵臨著質疑，但笛卡爾仍然擁有少數忠實的信仰者。他一生很少看書，大多數的成就都是通過實驗和推理得來的，這在常人想來多少有些不可思議。笛卡爾一生忠誠地信仰上帝，為了證明自己的虔誠，1640年，笛卡爾完成了他的另一著作《冥想集》。在這本書裏，他總結了過去十餘年的思想成果，試圖用形而上的方式證明上帝的存在。為了出版此書，他決心前往萊頓。臨行前，他把海倫和快滿5周歲的女兒一起送往阿姆斯特丹，要她們在那裏等待他的新作出版。
然而，他萬萬沒有想到，這一次竟然是自己和女兒的永別。女兒的不幸夭折帶走了人到中年的笛卡爾的幸福，讓他深受打擊，不勝悲痛。隨之而來的，是從巴黎傳來的父親病逝的消息。笛卡爾的悲痛也許是深埋在心底的，盡管在與朋友的通信中，他對此保持緘默，幾乎片言未提，其淡然冷漠的態度一度讓人以為他無動於衷。可是，誰知道呢，一個人的悲痛有時候是並不會流露給別人看的。
在失去女兒以後，人生最後的十餘年裏，笛卡爾繼續著他寡居的清淡生活。據說，他後來又義無反顧地愛上一位比他年輕二十多歲的貴族小姐，經曆了一段長期難以自拔的精神折磨。這段痛苦而難忘的日子直到另外一個女人出現，她向他伸出了援手，將他拉出了苦海。1649年，尊貴無上的瑞典女王克裏斯蒂娜因為仰慕笛卡爾的才華，派出一艘軍艦將他邀請到了斯德哥爾摩。在那個寒風刺骨的冬天，從小就愛睡懶覺、留戀溫暖被窩、畏懼寒冷的法國人不得不每周三次在淩晨時分，奉命來到王宮，給他這位忠實的擁護者講授哲學。數月之後，1650年初，笛卡爾在這片“熊、冰雪與岩石的土地上”，因為肺炎複發，不幸逝世。
懷疑論者和解析幾何
笛卡爾被認為是一個徹底的懷疑論者，這似乎與他從小形成的獨立思考習慣有關。他懷疑一切，學校裏教的一切，他的所有最崇高的信仰，所有的常識觀念，甚至外部世界的存在，連同他自己的存在，等等。總之，他懷疑所有能懷疑的一切。為了建立一種新的能夠獲得可靠知識的途徑，他做了長期的準備工作。最終，他用形而上的哲學觀點，經過一係列創造性的推論，證明出了自己滿意的結果，並提出了那個一鳴驚人的哲學經典語錄--“我思故我在”。這個思想旨在“強調不能懷疑以思維為其屬性的獨立精神實體的存在，並在這個認識的前提下，去論證獨立物質實體的存在。”它的提出，被認為是笛卡爾學說的起點。
笛卡爾認為，人的心靈基本上是健全的，是獲得真理的唯一手段。“因此，他對待上帝的態度是可疑的。而在思維或方法論上，笛卡爾則是一個徹底的懷疑主義者”。在他看來，懷疑是一種必要的手段，是哲學和心理學方法中的一個工具。他甚至指出：“懷疑是一門藝術，它使我們脫離感覺的影響獲得解放。”當笛卡爾指引我們，在問自己的老師“什麼是知識”時，同時也會想到另外一個問題“我怎麼知道是對是錯”，我們就已經開始了懷疑。正是在這種懷疑精神的引導之下，我們的思想才會擺脫既有看法的束縛，才會產生新的創造性的見解，從而更好地去探尋世界的本質。
有人說，笛卡爾一生最主要的成就，是一本著作和三篇論文，即他的《論世界》和《方法論》中的三篇文章。這個說法未免有些言不符實，笛卡爾一生或許著述不多，但絕不僅限於此。但是，僅就最主要的成就來說，《論世界》和《方法論》則確實代表了他的最高成就。尤其是《方法論》中的三篇文章，更是集中了他在科學方麵的思想結晶。
第一篇《光學》論文中，笛卡爾運用自己的方法理論和實驗，獨立提出了光的折射定律(這個定律在此之前就已經被荷蘭數學家威勒勃勞德·斯涅爾發現)。除此之外，他還對人眼進行光學分析，解釋了視力失常的原因是晶狀體變形，設計了矯正視力的透鏡。在《氣象學》一文中，他用現代的觀點，探討了雲、雨、風的形成，正確解釋了彩虹的形成原理，同時他還在文中提出了熱是一種內在運動形式的觀點。第三篇《幾何學》裏概括了他所有成就中最重要的一項貢獻--解析幾何的理論。解析幾何體係的問世，被認為是數學發展史上的一大進步，它的出現為牛頓和萊布尼茨分別建立微積分開辟了道路。
值得一提的是，與笛卡爾同一時期，比他小幾歲的另一位法國數學家費爾馬，幾乎也在笛卡爾差不多的時間獨立創立了解析幾何，不過他的成果對外發表的時間比笛卡爾稍晚些。對於費爾馬的才華，盡管笛卡爾也曾因為費爾馬的成果比自己稍早一些而有所不悅，但在他寫給友人的一封信中，他仍然對費爾馬給予了較高的評價。
《幾何學》裏的成果集中體現了笛卡爾的數學思想，他所創立的平麵直角坐標係，宣告了解析幾何的誕生，這也成為笛卡爾在數學領域的最突出成就。西方的數學，自從歐幾裏得的《幾何原本》問世，幾何就在數學這塊領地占據了主導地位。盡管畢達哥拉斯學派的數的統治思想曾經盛極一時，後來西方也逐漸形成了自己的代數學，但數與形之間的關係始終是被割裂開，相互獨立的。直到笛卡爾的時代之前，幾何與代數仍然是被看成數學中兩個不同的研究領域，並且幾何學的思維在數學家頭腦中比代數更勝一籌。笛卡爾時代的到來，改變了這一現狀。
他站在方法論的自然哲學的高度，提出了自己的觀點。在笛卡爾看來，歐洲由希臘人繼承過來的幾何學過於依賴圖形，這極大束縛了人的想象力。而當時廣為流行的代數學，又完全從屬於公式和法則，不具備自己獨立的特性，因而無法進化成一門能夠促進並提高人類智力的科學。他根據自己的方法論，設想出一種能夠將幾何與代數有效結合起來，把幾何的問題歸結成代數形式的問題，用代數的方法進行計算、推導和證明，最終達到解決幾何問題目的的“真正的數學”。據此，他建立了平麵直角坐標係。
在他的平麵直角坐標係上，每一個點都可以用它到兩條縱橫垂直相交的固定直線的距離來確定它的位置所在，這種思想簡單地說就是用坐標來描述空間上的點。如果能夠確定一個點的坐標，那麼這個點的位置就被固定了。在這裏，所謂的坐標實際上是通過代表這個點到兩條直線的距離的兩個實數來表示的。也就是說，凡是處在這個坐標係裏的所有的點都可以由其相對應的兩個數字，即坐標來表示，反過來也可說是任意組合的兩個數字都可在這個坐標裏找到其所對應的點。這個非同尋常、石破天驚的天才構想，在當時保守的經院學派看來，簡直是異想天開。盡管他們有諸多的不願意去承認這個事實，並且百般刁難和阻撓笛卡爾思想的散播，但仍然有不少開明者認識到了這一成就的前瞻性。
在這個平麵直角坐標係的基礎之上，笛卡爾創立了解析幾何學。從此以後，幾何問題不僅可以歸結成為代數形式，而且可以通過代數變換來發現幾何性質，證明幾何性質。至此，自古希臘以來的，相互對立著的數字與圖形實現了一次精準而完美的結合。難能可貴的是，笛卡爾還認識到了運動的觀點，把曲線看成是點的運動軌跡，建立了點與實數、曲線與方程的對應關係。這種對應關係的建立，標誌著函數概念的萌芽，它預示著一個數學思想史上的偉大轉折的到來--由常量數學進入變量數學的時期。笛卡爾的這些成就，為後來牛頓、萊布尼茨發現微積分指明了道路，為後繼的一大批數學家的新發現開拓出了一條全新的道路。
大事年表
1596年 勒奈·笛卡爾出生在法國一個貴族家庭。
1606年 進入拉弗萊希貴族 學校讀書，後在此接受古典式教育。
1613年 到普瓦捷大學學習法學。
1618年 誌願加入荷蘭軍隊，開始行伍生涯。在荷蘭期間，結識了導師比克曼。
1619年 隨軍來到德國，同年11月10日，在冥思苦想不得結果之際，做了一段奇異的夢。後來，這一天被認為是其思想的轉折點，還有人提議將這一天作為解析幾何的誕生日。
1621年 脫下軍裝退伍。
1622年 回到巴黎。開始和哥哥、姐姐清理家庭財務問題，並接收了母親名下屬於自己的遺產。在此期間，結識了另一位好友兼精神導師梅森納。
1623-1626年 迫於國內壓力，離開法國繼續遊曆歐洲，並前往意大利參觀教皇加冕典禮，在此居住了兩年。
1626年 再回巴黎。
1628年 離開巴黎，移居荷蘭，此後在荷蘭居住了二十餘年。在此期間，完成了《思維指南錄》《論世界》《人論》等著作。
1637年 完成著作《方法論》，並在萊頓匿名出版。同年底，該書在巴黎開始發售。
1640年 完成另一著作《冥想集》。
1649年 受瑞典克裏斯蒂娜女王之邀，前往斯德哥爾摩。
1650年 因肺炎在斯德哥爾摩不幸逝世，終年54歲。