四年以後，居正果然如期進京會試，但出人意料的是這次卻失敗了。多年以後，當時已是位極人臣的張居正曾經對自己的兒子張懋修談起失敗的原因，正如顧嶙所料，十六歲的舉人畢竟太年輕了，在唾手而得的巨大成績麵前，居正免不了飄飄然。盡管顧嶙的教導時時縈繞耳畔，他不敢有少許放鬆，但是他對自己的能力顯然估計過高了，天真地以為可以既能達到古人的文才又能合乎今人的文風，於是，他放下本行去鑽研古典，三年下來，新功未成而舊業已廢，遂導致失敗。此後，居正意識到自己的狂妄，便發奮圖強，重修前業，晝作夜思，殫精竭慮，終於在嘉靖二十六年中二甲進士，選庶吉士。嘉靖二十六年丁未科會試可謂人才濟濟，狀元是李春芳，以後與居正同時為內閣大學士，同科還有王世貞、汪道昆，是明朝中後期聞名全國的大文豪，楊繼盛曾幾次彈劾權臣嚴嵩，是名噪一時的忠臣，此外，還有殷士儋、王宗茂、吳百朋、劉應節、殷正茂、徐軾、陸光祖等人，都曾經在曆史上留下赫赫英名，在居正矢誌進取，匡時濟世的改革進程中，他們都是不可或缺的關鍵人物。
嘉靖二十六年三月，居正授庶吉士，從此踏上了政治生涯。名義上，庶吉士隻是一種學習的官員，在翰林院中稱為館選，即見習人員，三年學習期滿，經考試合格，稱為散館，就像我們今天大學畢業分配一樣，凡是二甲進士及第的，例賜編修，這是翰林院正式成員資格的開始。二十八年三月，居正三年期滿，便是翰林院編修了，這是一個清銜，並沒有實際的職責，但是，明朝政府的所有重要官員，無不從翰林院中選拔，進入翰林院實際上相當於叩開了政治發達的大門，因此，這時的居正已經身居儲相之列了。
此時的世宗已經四十三歲了。世宗是一個有名的英主，但是崇高的地位使他的生活失去了上進心，於是他開始感到厭倦了，厭倦導致了頹廢。從嘉靖十八年起，世宗已經不視朝，嘉靖二十年以後，便一直在西苑萬壽宮，領著一幫道士修佛論道，連宮內也不去了，一切的政治就都在權臣嚴嵩父子的操縱和安排下因循敗落下去。可是世宗畢竟是英主，他對於實際政治的大權仍然牢牢地把握著，一步不曾放鬆，修醮是修醮，政治是政治，一旦有誰惹惱了這個慈善的佛爺，他就會如猛醒的睡獅，從洞中跳出來，怒吼殺戮一番，然後再回到洞中度那悠閑而懶散的生活。如果說任何政治家的騰飛都有獨特的契機，那麼居正就是在這樣的政治環境下開始了他的奮鬥。
嘉靖二十九年八月的一天，陽光明媚，天氣晴朗，北京城裏卻充滿了緊張氣氛，四方城門都有重兵把守，過往人員車馬必須經過嚴格盤查才能放行。城內大道上聚集著整裝待發的軍隊，不過他們個個都愁眉苦臉。心情憂鬱，身披鎧甲的戰馬在主人的皮鞭催促下急馳而過，轎夫們抬著高級官員匆匆穿過紛亂的人群奔赴官邸，原來韃靼騎兵已經包圍了京師，正準備攻城，大明帝國的首都麵臨著淪陷的命運。自明代開國起，由於太祖成祖的大舉進攻，蒙古人退到大漠以北，中國的北部邊境安定了許多年，但是隨著擴張政策的放棄，武備不斷廢弛，軍事力量日漸衰弱，北部邊境遂感到外寇的威脅。最初韃靼騎士未入河套，中國西邊還比較安靜，英宗天順八年，蒙古人侵占河套，並以此作為他們繼續進攻的給養基地，不時從河套出擊，擄掠中國內地，有時竟長驅直入，迫近京師，對明朝的國家安全造成了極大的威脅。嘉靖二十九年六月，韃靼首領俺答率軍叩大同，八月攻占古北口，再由古北口取道通州，遂對北京形成包圍之勢。北京地處北部邊境，又是帝國首都，原是明朝的第一軍事重鎮，自洪武時代起一直保持一級戰備狀態，當年成祖設京衛七十二，駐軍四十萬，但昔日的規模已經不存在了，京軍由七十二衛改為三大營，再由三大營改為十二團營，駐軍也由四十萬降到十萬，等到俺答逼近近郊的時候，兵部尚書丁汝夔清查營伍，隻有五萬五千人，而且都是老弱病殘，毫無戰鬥能力。世宗隻好下詔各地諸侯勤王，第一個到達的便是大將軍鹹寧侯仇鸞和他的二萬軍隊，以後又陸續來了五六萬人，但是十萬缺乏給養的烏合之眾畢竟難以抵擋韃靼富有戰鬥力的二十萬騎兵，仇鸞不敢開戰。
就在朝廷上下一籌莫展的時候，回江陵休假半年返京的張居正已經通過守城官兵的嚴格盤查進入京城。他了解國家麵臨的嚴重危機，沒有回家，直接命車夫把牛車趕到禮部尚書徐階的官邸。徐階乃江南鬆江華亭人，深諳陰陽之道，老成持重有城府，同居正一樣擁有滿腔報國之誌。他對首輔嚴嵩的飛揚跋扈和擅權誤國深懷不滿，但由於自己隻是個禮部尚書，所以一直委曲觀望，等待時機。居正在翰林院任庶吉士時，徐階是翰林院掌院學士，按名分當是居正的老師，但二人因為性格相投，政見相和，所以篤交日厚，互相引以為誌同道合者。
居正的牛車剛到禮部官邸，就見徐階從大門口匆匆走出來，一邊還忙不迭地整理著衣冠，門外轎夫正準備起轎。
“徐大人匆匆忙忙，有什麼要緊事啊？”居正急忙下車攔住問到。
“哎呀！這不是張大人嗎？你什麼時候回來的？”
“在下剛剛進城，還沒到家，見京城告急，便來找徐大人了解原由。”
“張大人關心國家至此，徐階心知。不過皇上手諭，詔我即刻西苑覲見，容階回來再敘別情，張大人告辭！”說罷，上轎匆匆而去。
原來仇鸞害怕戰事，便派人與俺答私下接觸，說隻要不攻城，什麼都好商量。俺答不答應，拿出早已用中國文字寫好的貨物單，要求入貢，仇鸞不敢私自做主，就把單子交給了世宗。世宗是一個不服輸的主兒，一身的血性和高傲，本來以為各地諸侯趕來救駕，打敗俺答，不料卻收到一張勒索單，不禁對仇鸞大為不滿，因為仇鸞最早趕到京城而懷有的一點感激早已消失殆盡，無奈非常時刻不便動怒，隻好暫時忍下，急忙下詔令大學士嚴嵩、李本和禮部尚書徐階到西苑便殿商議。在世宗麵前，嚴嵩極力主張盡量答應俺答的要求，而徐階則認為一旦開了頭，敵人便會得寸進尺，變本加厲，將貽害無窮。世宗也想發動戰爭，以發泄自己的悶氣，但是兵力不足，隻好放棄。最後決定采納徐階的主張，采用緩兵之計，先答應俺答的要求。不過要指出俺答的求供書使用中國文字，不合外交慣例，隻要他開出長城，改用俺答文寫，再由大同守將轉達，一切都可以滿足，隻等四方勤王的軍隊趕到北京再一決雌雄。
晚上，居正又趕到徐階家中，聽徐階講述完事情的經過，不禁對嚴嵩深為失望。居正對嚴嵩本來一直心存好感，認為他身居高位還謙虛謹慎，卻不知這正是嚴嵩玩弄權術的技巧，在他笑眯眯的外表下麵正隱藏著險惡的陰謀。嘉靖二十九年正月嚴嵩七十歲生日，居正曾經有賀詩：“履盛心愈小，乘恩貌益虔，神功歸寂若，晚節更怡然。”盡管其中不免有應酬之詞，但流露出來的好感也十分明顯。
現在，居正不禁有些茫然了。
“難道嚴少師竟會如此不通國事，對外寇也忍讓至此嗎？”
“張大人久在翰林，朝政微妙畢竟比不得典故文章啊！”徐階見這個年輕的同僚對政治的交易仍然茫然不知，對嚴嵩還心懷幻想，忍不住挖苦道。這一來，居正可急了：
“居正雖身居翰林，囿於唐詩宋詞之間，但居正無時不關懷國家朝政，鑽研救國良策，大人何出此言？”
“張大人可知嚴少師為何主張入貢嗎？”
“居正不知，大人明示。”
“仇鸞和嚴少師早有算計，一入貢，這貨物往來，自然經由二人，其中便利不可小視；戰事一開，必有成敗，勝者行賞，輪不到嚴少師，敗後定罪，嚴少師卻難逃幹係也。”
“原來如此！”
“張大人可知階當如何？”
“大人既為朝廷重臣，理應立即進諫，揭露其中陰謀，才能不負聖恩。”
“此言差矣！想嚴少師正深得皇上器重，炙手可熱，徐階區區一尚書，豈能撼動他絲毫？隻等時機成熟，再圖不遲。張大人隻需細心觀望，便知其中究竟。”
等到居正對時局和朝廷的微妙有了些許的認識，俺答已經答應撤兵，各地勤王的軍隊業已陸續趕到北京。世宗一個勁地催促兵部進攻，但尚書丁汝夔聽信嚴嵩的話，遲遲不見動靜。終於有一天，俺答退兵了，而世宗的忍耐也已經到了極限，他閑散多時的心又癢癢了，丁汝夔立即下獄。獄中的丁汝夔還是相信嚴嵩，偷偷托人給嚴嵩送禮，嚴嵩把禮品悉數收下，回話說：“我嚴嵩還是內閣首輔，有我在，你絕對沒事。”
手下問道：“少師果真要救丁尚書嗎？”
“廢話！國家大事由皇帝做主，我能管得了嗎！再說，京師危機數月，沒有負責的怎麼能行？”不久，丁汝夔棄市，到死才認識到嚴嵩的為人，但是已經晚了。居正是運氣，在徐階的提醒下，他看清了嚴嵩的品性，也意識到自己隻是一個無權無責的翰林編修。從此，他還是一如既往地為嚴嵩撰寫這詩那頌，嚴嵩看到居正不時送來的賀靈雨表、賀瑞雪表、賀冬至表、賀元旦表，都是些不痛不癢的文章，不禁微微一笑，隻把他當作一個應酬詩文的酸腐作家，並不把他放在眼裏。他不知道居正寫這些東西隻是當作兒戲，暗地裏正在同徐階計劃如何為國家清除奸賊。嚴嵩正深得世宗器重，他們的第一個目標選擇了仇鸞。
嘉靖三十年三月，中國和俺答開馬市，這是當時要求俺答撤兵時答應的條件。馬市的形式是由俺答每年進貢若幹馬匹，中國輸出若幹布匹、糧食，表麵上是通商，實際上俺答所得是生活必需品，而中國所得是不能作戰的馬匹。這對於中國畢竟是一種損失，而對於世宗更是一種侮辱。這個高傲而倔強的君主，正準備報複。此時朝廷裏具有影響力的人物是嚴嵩、仇鸞和徐階，嚴嵩是內閣首輔，在世宗的支持下正如日中天，權傾朝野；仇鸞因為勤王有功，現在正掌握京師的兵權，他的開馬市的主張得到嚴嵩的支持並最終得到世宗的同意，對於解決二十九年的危機似乎立下了汗馬功勞。這個不敢同俺答開戰的大將軍隻知道不分晝夜地慶賀自己的戰功，卻絲毫沒有意識到世宗不是一個苟安和願意妥協的人。世宗十六歲的時候，武宗晏駕，遺詔召他繼位，他自安陸興王府入京，到了城外，禮部尚書請用皇太子即位禮，世宗立即拒絕，堅持認為遺詔隻是嗣皇帝，不是嗣皇子，他是武宗的堂弟，不是太子，十六歲的世宗對於自己認定的事情如此堅決，即使武宗的大臣以皇位易人相威脅也毫不妥協，這種倔強的品性一直滲入到他的骨髓，貫穿了他的一生。世宗一朝的大臣，不管你是清廉忠直也罷，奸佞失職也罷，隻要順著皇帝的性子行事，就能平步青雲，仕途坦蕩；萬一不慎抵牾了皇帝的意願，就難逃丟官降職的命運，有時甚至落個身首異處的悲慘下場。夏言不懂其中奧妙，終於棄市。嚴嵩看清了機關，便接替夏言當上了首輔。現在徐階也知道了世宗的原則，這就是決不允許別人對自己有絲毫的反抗和不滿，更不能容忍別人對自己的侮辱和威脅，因此世宗必定對馬市充滿了反感，對主張馬市的人也不會容忍太久。徐階要利用這個契機揭露仇鸞賣國的陰謀，以後，他還要利用同樣的手段打倒自己的政敵嚴嵩。