除上述各項具體原因外，蔣介石認為歸根結底，還是由於國民黨自身的失敗所致。他就此指出：“這次大陸反共軍事悲慘的失敗，並不是共匪有什麼強大的力量，足夠打敗我們國民革命軍，完全是領導國民革命的本黨，組織瓦解，紀綱廢弛，精神衰落，藩籬盡撤之所致”。他曆數國民黨的失誤：隻有形式，沒有內容；形式主義，官僚主義嚴重；黨員幹部“論派係，不論政策，論地域關係，不論工作的需要”等等，而其中最重要的是思想的混亂和信仰的動搖。他因此強調總結失敗教訓，特別要從思想上和信仰上追尋這次失敗的原因。
當然，蔣介石發動“改造運動”，也有清除異己和為大陸失敗尋找替罪羊的目的。國民黨退台後派係猶存，組織渙散，基本喪失了戰鬥力和影響力。在蔣介石看來，要重新振興國民黨，須借改造之機“擺脫派係傾軋的旋渦，滌除人事糾紛的積習”，削弱非蔣嫡係勢力。同時，蔣介石為開脫國民黨在大陸失敗的罪責，欲借改造之機，將黨務失敗的責任推卸給主管黨務的陳果夫、陳立夫等人。
（二）“改造”的過程和內容
1949年10月，蔣介石在台北陽明山創辦“革命實踐研究院”，作為國民黨改造訓練國民黨高中級幹部的一個機構。“研究院”從成立到1952年，共辦了20期，訓練了3666人。創辦該“研究院”的目的，是要國民黨高中級的官員在這裏反躬自省，切實檢討挫敗的真實原因，改變他們失敗主義、投降主義、依賴主義的病態心理，想方設法去堅定他們反共反人民的信念，死心塌地追隨蔣介石。對於國民黨的基層幹部則采取巡回訓練的辦法，普遍深入於各地，受訓之基層幹部多達1.2萬人。訓練的中心內容，是要他們從思想上堅決反共抗俄。不僅如此，從1950年起，大專學校的畢業生一律受軍訓一年，以加強國民黨對青年的控製。
“革命實踐研究院”的建立實際上是“改造運動”的前奏。
1950年7月22日，國民黨第六屆中央常務委員會臨時會議通過了《本黨改造案》（修正案），簡要說明了國民黨改造的原因、目的、措施和程序。會議決定：國民黨第六屆中央執委會與中央監委會停止行使職權，授權蔣介石推選15至25人組成中央改造委員會代行職權。8月5日，蔣介石指派陳誠、蔣經國等16人組成中央改造委員會。在此後兩年多的時間裏，中央改造委員會實際上扮演了中央常務委員會與中央谘詢委員會的雙重角色，成為國民黨的實質最高決策中心。
中央改造委員會下設7個工作組與5個委員會：第一組，負責“自由地區”及大陸地區各級黨部或秘密工作的組織，與黨員的訓練及指導其活動；第二組，負責產業、職業等團隊，知識青年及其他特種黨部的組織，與黨員訓練及指導其活動，並負有關民眾運動指導之責；第三組，負責海外黨部的組織；第四組，負責宣傳工作的指導、設計，黨義理論的闡揚，以及對文化運動的策劃；第五組，負責民意機構與黨員的組織與政治活動，以及對各“反共抗俄”民主政黨聯絡的有關事宜；第六組，負責對社會、經濟、政治等動態有關資料的搜集、整理、研究與對敵鬥爭的策劃；第七組，負責經營事業的管理，及黨員經濟生活的輔導。此外設有幹部訓練委員會、紀律委員會、財務委員會、黨史資料編纂委員會、設計委員會。各組或委員會的負責人均由蔣介石任命。以後執政黨中央黨部的基本構架亦始自此。
1950年9月1日，國民黨公布了《現階段政治主張》，提出要革新黨的組織結構，重整黨的紀律，以使黨成為一個“戰鬥黨”，實現三民主義。重新強調“民主集中製”的原則，並正式將黨的屬性定為“革命民主政黨”。在這份政綱中宣布台灣開始實施地方自治，自1950年起在台灣地區實施市長的選舉；同時宣布台灣地區將實施三七五減租，這份綱領成為國民黨退台後的基本政治架構。
國民黨“改造運動”的另一項目是在省、縣、區、鄉鎮等行政層級上建立黨的分支機構。1951年1月1日至23日，從大陸來台的國民黨黨員必須重新登記，以便編成新的小組，參與黨的活動，目的在強化黨的組織及紀律，清除動搖及腐敗分子。這一時期，撤退來台的軍隊也重新編組，並在其中設立政工係統及黨的特種組織。1952年1月31日，中央改造委員會召開第288次會議，通過了成立“中國青年反共救國團”的決議，以吸收、組織或動員高中和大專學生，訓練他們成為將來的黨員。此次“改造”涉及思想、組織、製度、紀律等諸多方麵。