民進黨基本上囊括了“黨外”時期的各個派係、團體，它雖有“黨綱”和“黨章”，但由於該黨自身的“開放性”，“民主性”更多地把“黨綱”、“黨章”當做首先必須完成的程序，而疏於研究它們對黨未來運作的影響，因而“黨綱”、“黨章”對全黨協調及約束作用很有限。在本質上，民進黨是為反對國民黨而集結在一起的，思想傾向和政治目標並不相同的各式團體的聯合體。民進黨類似一個鬆散的政治聯盟，內部山頭林立，派係紛爭。其各派係在反對國民黨壟斷權力、奪取政權等方麵目標一致，但對於如何與國民黨進行抗爭、怎樣達到執政的目標，則存在分歧。特別是在民進黨小成氣候之後，各派係陷入了爭奪黨的領導權的鬥爭。黨內各派係頭領互不服氣，常為個人及本派的利益，挑起黨內的激烈鬥爭。
由於各派係各自為政，內訌不斷，造成力量不集中、社會資源重疊、內耗嚴重，使民進黨實力發展大受影響。同時也損害其在民眾心目中的形象，為國民黨攻擊民進黨提供了有力的口實。民進黨的主要兩派“美麗島係”與“新潮流係”圍繞該黨的運動路線、鬥爭路線、黨內權力分配問題爭論不已，排斥打擊對方，造成黨內嚴重不和，削弱了黨的整體力量，且不利於黨內團結。民進黨內部的紛爭不斷也與其黨章的規定有關，民進黨的黨章中並沒有賦予主席以很大的權力，並且規定，“全國代表大會”每年召開一次，主席任期僅一年，這造成了民進黨領導核心的不穩定性及政策的多變性。而黨內的激進“台獨”勢力不斷壯大，促使民進黨向“台獨黨”轉化，使支持民進黨的中間選民因民進黨的激烈“台獨”主張而心生畏懼，民進黨的選票一度減少；另一方麵，黨內激進的“台獨”勢力又不滿民進黨對“台獨”采取模糊的態度，頻頻給民進黨中央發難，欲另組新黨，使民進黨出現分裂跡象。
任何事物都是利弊相隨，對民進黨內部的派係鬥爭也要一分為二地看待。從總體上看來，民進黨的派係鬥爭有一定的積極意義。由於由多個派係共同參與決策，共同協調黨內事務，不僅有助於黨內民主的發展，也為民進黨進一步拓寬社會基礎創造了條件。每個派係都擁有一定的社會支持者，如果各個派係在民進黨內即能突現各自的特點，又各抒己見，求同存異，這有利於降低非理性因素，避免鬥爭的極端化，自然增加黨的包容力。同時，任何派係如果想在民進黨內居於領導地位，它就不得不竭力爭取民眾的支持，擴大本係的社會基礎。在派係間為了爭奪主導地位而竭力向外部社會爭取支持時，在客觀上有利於民進黨吸收各個派係所代表的不同的社會資源，從而在整體上擴增了民進黨的社會資源。
四、民進黨的“台獨”趨勢
民進黨成立之初，組黨的思想準備不足，成分複雜，政見不一，隻是一個為反對國民黨而集結在一起，思想傾向和政治目標各不相同的聯合體。但是隨著時間的推移，其“台獨”傾向日益明顯，成為“台獨”在島內活動的溫床和基地。
從國民黨退台至20世紀80年代初，由於國民黨對“台獨”采取嚴厲的打擊政策，致使“台獨”在島內沒有生存的空間。那時他們的活動是地下的、隱蔽的，且多在海外。1966年“全美台獨聯盟”在美國費城成立，這標誌旅美“台獨”人士和“台獨”組織已完成整合。1986年以來，“台獨”分子以“結社自由”、“言論自由”為幌子，公開拉幫結夥和參加各種選舉，其活動由地下轉到地上，由隱蔽走向公開。而台灣當局又對“刑法100條”和“國家安全法”等有關法規做了修改，加之此後李登輝對“台獨”的寬容和搞“一中一台”的分裂活動，為海外“台獨”分子回台敞開了大門，“台獨”勢力在島內活動合法化。海外“台獨”組織“台獨聯盟”、“台灣人公共事務協會”、“台灣民主運動海外組織”等乘機轉移到島內。由此，海外“台獨”活動已經明顯減少。民進黨內部的“台獨”勢力隨之被充實而興起，民進黨也逐步成為“台獨黨”。