從食品科技史上講，自明清時期書籍中的腐乳生產史料很多。特別到清代，有關腐乳製法的記載大為詳細，如《古今秘苑》和《醒園錄》。
在《古今秘苑》的第四卷有建寧腐乳的製作方法：“十月將大豆去皮，製成豆腐壓成圓形豆腐，放入竹匾，撒入食鹽，放置一夜，再切成小塊，日曬，放入鍋中蒸之，再放入竹匾幹燥之。用上等醬醃漬，取出洗淨，再幹燥之。再加醬油，料酒、胡椒、辣椒、裝入壇，密封，放置數日，味相當好，若過一月更好，且能貯存不壞。”
當時的建寧腐乳生產，沒有前期（培菌）發酵過程，由豆腐幹直接醃漬劃塊，日曬及蒸幹，再醃漬晾幹、裝壇加酒料和後發酵而成。即使在後期陳釀中加了酒和調味料，由於缺少前期發黴工序以及缺少相應的蛋白酶作用，其產品的風味也比較單調，品質不十分令人滿意。這種工藝屬最原始的醃漬型工藝，早於天然（自然）發酵工藝。
清代李化楠的《醒園錄》中，對醃製型和發黴型腐乳生產方法，有較為詳細記載，分別舉例如下：
醃製腐乳、豆腐乳製法
製法1：將豆腐切成方塊，用鹽醃三四天，出，後曬兩天，置於蒸籠內蒸熟，出，曬一天，和麵醬、下酒少許，蓋密曬之或加小茴末，日曬更佳。
製法2：“每鮮豆腐十斤、配鹽二斤半。（鹽分成三份之，中當留一份，候裝壇時拌入糟內）”。
將豆腐一塊切作兩塊，一層鹽，一層豆腐，裝入盆內。用木板蓋之，上用小石壓之，但不可太重，醃二日洗撈起，曬之至晚，蒸之。次日複曬複蒸，再切寸方塊。配白糯米五升，洗淘幹淨煮透，撈飯候冷（蒸飯未免太幹，定當煮撈脂膏，自可多取為要），用白曲五塊，研末拌勻，裝入桶盆內，用手輕壓抹光、以巾布蓋塞極密，次早開看起發，用手節次刨放米籮揎之（次早刨揎未免太早，當三天為妥），下用盆承接脂膏，去糟粕不用，和好老酒一大瓶，紅曲末少許，拌勻。一層糟，一層豆腐，分裝小罐內，隻可七分滿就好，蓋密，外用布或泥封固，收藏四十天方可吃用，不可曬日，紅曲末多些好看，裝時當加白曲末少許，才鬆破，若太幹，酒當多添，俾膏酒略淹豆腐為妙。
製法3：“用鮮豆腐切成四方塊子，加一或加五鹽醃之，付滾水煮一二滾取起，用前方拌就。糯米飯與豆腐對配，層層裝入壇內，用酒作水，密封候二十日過可用。”
發黴腐乳、醬豆腐乳製法
製法1：用鮮豆腐十斤，配鹽二斤，切成扁塊，一層鹽，一層豆腐，醃五六天，撈起，留鹵候用。將豆腐鋪排蒸籠內蒸熟，連籠置於空房中，約半個月，候豆腐變色生毛，將毛抹倒，微微晾幹，再稱豆腐與黃（麵醬黃）對配，將留存腐鹵澄清去渾腳，泡麵黃（麵曲）成醬，一層醬，一層豆腐，一層香油，加整個花椒數顆，層層裝入壇內，泥封固，付日中曬之，一日可吃。香油即麻油，每隻（壇）可加四兩為準。
前法麵醬黃做就，研成細麵，加入澄清的醃漬鹵製成的麵醬黃，與豆腐幹混合發酵專用。
製法2：“先將前法做就麵黃研成細麵。用鮮豆腐十斤，配鹽一斤半。豆腐切用小塊，一層鹽一層豆腐，醃漬五六天撈起，鋪排蒸籠內蒸熟，連籠置空房中約半個月，候豆腐變色生毛，將毛抹倒，晾微幹，一層醬麵，一層豆腐，裝入壇內，仍加整花椒數粒，逐塊皆要離曠不可相挨，中留一大孔透底，裝滿，上麵仍用醬麵厚厚蓋之，以好老酒作汁灌下，封密，日曬一個月可用”。
上述幾種腐乳生產方法，有兩種不同之處：一種是醃製型腐乳，在後期發酵中添加酒和醬，無微生物培養過程，一般稱它為“原始工藝法”。另一種是發黴型腐乳，是將豆腐醃製蒸幹晾幹，置入空房中發黴，在15℃左右溫度中，經7～15天的微生物培養，在豆腐坯上長滿菌絲，再待發酵成熟，稱為自然發酵工藝法，又稱“老法”。
在清代，除《醒園錄》之外，還有趙學敏在《本草拾遺》中記載了“腐乳又名菽乳，以豆腐醃過，如酒糟或醬製法，味甘鹹，性平，養胃調中”。從上述這些記載，足以證明自明、清時期，特別是清代對腐乳生產的記載史文較多，技術已發展到一定水平。