新世紀頭十年，除了上述集團化改革、行政管理體製改革以外，還進行了包括製播分離、兩台合並、市縣播出機構職能轉變等體製性的製播機構改革。這些改革，對於整合內部資源、調整生產關係、增強節目製作能力、推進事業產業發展等，起到了不同程度的推動作用，取得了一定的成效，但也出現一些突出問題，有的則沒有達到預期的目的。現分述如下：
一、製播分離改革
傳統廣播電視媒體長期形成的節目自製自播、自產自銷、自給自足的製播合一體製，其主要弊端是投入大、成本高、節目質量和製作專業水平低、選擇性差、製作機構臃腫、冗員過多。麵對社會主義市場經濟環境裏競爭成本的壓力，麵對人民群眾對廣電精神文化產品的強烈需求，麵對數字化改造升級給廣電傳播通道帶來倍增的機遇，這種封閉式和作坊式的體製已經嚴重不適應，不改變現狀便難以在傳媒激烈競爭中求得發展乃至生存。從這個角度看，製播分離改革勢在必行，為規律使然。當當地經濟社會發展條件和廣電媒體自身實力條件相應具備的時候，適時推進製播分離改革就成為正確的選擇。但是，由於製播分離改革涉及媒體核心業務，具有相當的政治敏感度；同時，又涉及外部的版權保護和市場機製，涉及內部傳統運營機製的重大調整和專業人員尤其是基層領導崗位人員的身份轉換，使得這項改革呈展現出相當複雜的情狀。因而，在新世紀頭十年裏，製播分離改革總是在曲折中蹣跚前行。
20世紀90年代，製播分離概念開始進入廣電係統。經濟發展較快地區的一些電台、電視台逐漸進行不同形式的製播分離探索。如中央電視台和北京電視台等一些地方電視台建立電視劇製作中心，率先在電視劇製作方麵進行內部的製播分離。中央人民廣播電台、中國國際廣播電台、中央電視台分別在音樂、影視劇、動畫、體育等節目製作方麵引入競爭機製，探索製播分離形式。與此同時，一批社會節目製作公司製作的娛樂性、專題性節目陸續進入廣電媒體，甚至參與某些欄目的節目經營，對廣電媒體的製播分離起了促進作用。2000年7月，中央電視台在三年調研和可行性論證的基礎上，啟動和部署了製播分離改革嚐試。但是，這一舉動很快被廣電總局叫停下來。原因在於對“製播分離”有不同的理解和看法。同年8月11日，廣電總局主要負責人在蘭州召開的全國廣播影視局長座談會暨“村村通”廣播電視現場會上講話強調：“廣播電視節目製作的社會化、多元化，有利於調動社會各方麵的力量，豐富節目源，但這與廣播電視節目播出權與製作權的分離是兩回事。”“廣播電視宣傳權必須牢牢掌握在黨的手裏。而宣傳權應該包括播出權、製作權、覆蓋權，這三權是截然不能分離的，有了這三權才能真正實施宣傳權。”“我們可以委托一些社會製作機構製作一些新聞性節目以外的節目，也可以有選擇地購買節目，但廣播電台、電視台自身的製作權決不能讓出去，否則，我們的宣傳方針就得不到有效貫徹，輿論導向就得不到有效保證，關鍵時刻要出大問題。”其實，台內製作、台控公司製作、委托社會公司製作、從節目市場購買，這四種節目來源是可以統一起來的。關鍵在於牢牢掌控頻率頻道的使用定位規劃權、播出權和節目終審權，把好這三關就完全可以規避政治風險。實行製播分離改革並非放棄宣傳權，而是要在牢牢掌控上述三權的前提下，革除弊端，適應現實，使廣電節目播出更加豐富多彩，最大限度地滿足人民群眾對精神文化的需求。
盡管由於以上原因，製播分離改革一度不再作為廣電總局倡導和推行的改革政策，但廣電係統內仍然以各種不同的形式繼續進行製播分離實踐的探索。2002年，中共十六大明確提出要積極發展文化產業，強調發展文化產業是市場經濟條件下繁榮社會主義文化、滿足人民群眾精神文化需求的重要途徑。2003年，中央組織推動的文化體製改革試點，則把發展公益性文化事業與經營性文化產業作為改革的重要取向。2004年，廣電總局出台《關於促進廣播影視產業發展的意見》，明確提出了製播分離改革的思路和途徑。2006年，《國家“十一五”時期文化發展規劃綱要》頒布實施，發展文化產業被提升為國家層麵的發展戰略。2007年，中共十七大作出推動社會主義文化大發展大繁榮的戰略部署，強調“在時代的高起點上推動文化內容形式、體製機製、傳播手段創新，解放和發展文化生產力，是繁榮文化的必由之路”，提出要“堅持把發展公益性文化事業作為保障人民基本文化權益的主要途徑”，要“大力發展文化產業，實施重大文化產業項目帶動戰略，加快文化產業基地和區域性特色文化產業群建設，培育文化產業骨幹企業和戰略投資者，繁榮文化市場，增強國際競爭力”。在這種大背景下，廣播電視製播分離改革再度升溫，被列為文化體製改革和廣播影視體製改革的重要內容。2009年8月，廣電總局製定並印發了《關於認真做好廣播電視製播分離改革的意見》（即廣發［2009］66號文件），明確具體地提出了製播分離改革的總體要求、改革範圍和改革方式，要求積極培育新型市場主體、深化電台電視台內部管理改革、認真落實改革保障政策、切實加強指導和管理。從2002年到2009年，中央關於發展文化產業的戰略決策和推動文化體製改革的戰略部署，極大地推進了包括製播分離改革在內的整個廣播影視體製改革。
這個時期的製播分離改革，呈現出百舸爭流的新局麵。中央人民廣播電台、中央電視台、北京人民廣播電台、北京電視台、上海文廣新聞傳媒集團、江蘇廣播電台總台、湖南廣播影視集團、重慶廣播電視總台、天津廣播電視電影集團、湖北廣播電視總台、貴州電視台等廣電媒體，都從本台實際出發，並用不同方式和途徑，積極探索和推進製播分離改革，均取得良好的效果。其主要做法大體上有以下三類：一是依托非新聞類的相關頻率頻道資源和品牌，建立台屬台控的節目製作公司或產業發展公司，開展節目製作和相關產業經營業務。公司既為相關頻率頻道提供優質節目，也為節目市場提供節目交易，乃至提供多媒體業務服務。如中央電視台依托體育頻道建立中視體育推廣公司，既為頻道製作提供《城市之間》、《籃球公園》、《武林大會》等欄目的節目，又利用各種賽事資源經營相關賽事業務，如上海文廣新聞傳媒集團，將上海電視台財經頻道和東方廣播電台財經頻率整合為統一的“第一財經”，並依托“第一財經”成立第一財經傳媒有限公司，聯合係統外的報業集團，打造第一財經品牌和產業鏈，逐步形成了橫跨電視、廣播、報紙、雜誌、網絡的多媒體運營平台。又如河北電視台將農民頻道確定為綜合改革單位，按照“先台內、後社會”的原則和“提高節目質量、節約事業成本、增強核心競爭力”的目標，頻道與台實行內部市場化管理、全成本核算、雙效益考核，頻道組建了節目製作公司，將可分離的節目及廣告經營納入公司運行，實現人員、資產、節目的分離。二是開辟多渠道節目源，形成多元化的節目供給鏈。即除了本台獨立自製節目以外，采取委托社會製作公司製作、市場交易采購節目和與具有資質的外部機構聯合、合作製作節目（含影視劇）。如中央電視台和北京、江蘇、浙江、安徽等地方電視台，往往采用聯合或合作方式製作、播出大型電視連續劇，既豐富了熒屏內容，又減少了投入成本。三是台內的集中供給式的製播分離。如北京人民廣播電台打破原有部門分工，建立台內節目製作中心，除新聞類節目以外，各專業頻率的其他節目統由節目製作中心策劃、製作、供給和市場銷售。上述各種探索性的製播分離改革，在一些廣電媒體乃至廣電行業產生了良好的示範作用，它在一定範圍、一定程度上開始改變傳統的“三自”模式的弊端，降低了節目成本，提高了節目質量，豐富了節目內容，同時增強了發展活力和節目生產能力，促進了廣電內容產業的發展，也鍛煉了一支既懂製作又會經營的專業廣電隊伍。