總之，我們理論的落後，也是與思維方式的缺陷密切相關的。
理論的落後以及思維方式中存在的缺陷，原因自然是多方麵的。過去幾十年間我國特殊的經濟、社會、政治、意識形態的狀況，無疑是造成思維方法得不到健康發展的重要原因。但是，仔細追究下去，思維方式的缺陷本身又是我們過去那種教條主義、長官意誌、“左”傾僵化盛行的社會狀態的原因之一。況且，改革開放之後，經濟學界的學術空氣應該說是在社會科學諸學科中相對較好的，但理論思維方式卻也很難說有了大的改進；對那些已經引進了的現代理論往往也是詞句懂了，卻總也不能把握、理解和運用貫穿在其中的思維分析方法，從而總也不能把它們真正變成自己的理論。因此，我們不否認外界條件的作用，但也應該做些自我反省，找一找內在的原因。
一個（不是唯一）重要的因素是，作為中國知識分子的一部分，我們傳統地缺乏嚴格的實證精神和抽象思維的能力；在別的領域裏這也許並不突出，甚至稱不上是缺陷，但在經濟學這個“皇冠明珠”的領域內，我們就顯得特別先天不足。
經驗主義哲學的鼻祖之一、法國哲學家孔德曾經把西方各種知識的發展過程分為三個階段：神學階段、形而上學階段和實證階段。我們不必同意這種簡單的劃分和孔德的“極端的經驗主義”，但可將這種劃分作為一種參照係，來對照一下中國的知識傳統給我們留下的痼疾。
我們的古學問，沒有經曆過一個嚴格意義上的神學階段，甚至從來未形成嚴格意義上的自己的宗教。我們沒有一個絕對的、在一切人之上的上帝。盤古開完天地後便不知去向了，接下去的是“三皇五帝”。三皇者，天、地、人皇，前兩者主管自然，後者主管社會，並似乎從來就是“人”。後來存在於現實生活中主管社會的皇帝就更既是現實中的人，又是天子，於是才有天人合一。天人合一，產生了兩方麵的結果：一方麵是既不形成真正的宗教，也形不成宗教對社會、對人的思維的絕對統治。中世紀的中國在思想領域內沒有西歐那麼黑暗，祖衝之不會像希帕莎（公元5世紀亞曆山大裏亞女數學家）那樣被活活剮死，從而導致了我們中世紀的古文明還算燦爛。另一方麵，沒有一個萬能的、無所不在的非人的上帝，人的主觀能動性便總有發揮作用的餘地（當然這主要是在人治社會的領域內），天子有按“朕意”行事的自由，知識分子們也可以根據自己的願望（或按古人的遺訓）構造出理想的模式勸諫君主、教化百姓，令社會照此運行。現實社會總是不可人意的，但既然天人合一，人可以支配一切，又有什麼客觀必然性需要實證呢？因此對社會問題的實證研究至少總是處於第二位的。事實上，西方知識的神學階段，從兩個方麵催化出後來的現代實證主義方法：教會的專製，迫使伽利略們必須小心求證到證據確鑿——如此尚不能打破愚昧和偏見，不如此就更要被視為巫術了；另一方麵，宗教本身，使得存在著不以人的意誌為轉移的外在必然性這樣一種觀念，在西方人的心目中根深蒂固，“自然規律”這樣的概念很早就出現在西方社會科學包括經濟學的著作之中，並成為小心求證的對象。我們沒有宗教，也就從這兩個方麵使得實證精神，特別是社會科學研究中的實證精神，遲遲不得降生。