東漢末年，佛教傳入不久，尚屬初傳時期，《牟子理惑論》乃首先提出“三教一致”說。認為佛教“居家可以事親，宰國可以治民，獨立可以治身”，與儒、道“何異之有乎”？（［東漢］牟子：《牟子理惑論》，見《弘明集》卷一。）又大量引用儒、道和諸子百家之書，說明佛教與中國傳統思想一致。以此發端，漢魏佛教常以儒、道經典佐證佛教的合法性。
三國時代起，佛、道在宗教觀上開始分家。佛教以“無生”（寂靜、涅槃、實相）為理想，主張有生必有死，指責道教長生之說為愚惑欺詐；道教以“不死”為目標，主張養生長壽，抨擊佛教是“修死之道”。道教以民族宗教自居，貶斥佛教是“夷狄”之教，是老子出關，西渡流沙，用以教化不知禮儀的胡人的產物，不適合文明的華夏；佛教則揭露道教施行“三張偽法”（“三張”，指張陵、張衡、張魯），敗壞人倫，造反鬧事，故不可推廣。
東晉以後，佛教因般若學對玄學的適應，發展迅速。它不僅對道教和道家思想予以排斥，甚至對儒家之說也時表不滿。僧肇雖以老莊為心要，但認為與佛教相比，老莊差之甚遠。慧遠聽道安講《般若經》，乃悟“儒、道、九流，皆糠秕耳”。這表明，由於佛學地位的上升，佛教進一步受到社會的重視。至南北朝時，一些佛教學者甚至提出，佛教可以包容儒、道。從而，三教關係有所深化。在南方，主要表現為儒、釋、道三家在思想領域的論戰；在北方，則主要表現為道教鼓動儒家的排佛毀佛活動。
廬山慧遠是南方佛教的代表人物。他為建立既不同於外來佛教，又不完全依附傳統文化的中國佛教做出過重要貢獻。他提出“內外之道可合”的原則，認為佛教理應發揮社會教化功能，為鞏固皇權、維護綱常倫理服務；但僧尼出家即是變俗，在儀行禮製上，必須保持獨立風貌，故著有《沙門不敬王者論》。宗教觀念上，慧遠把“神不滅論”引入佛教業報輪回學說體係，而其思想來源，實出於儒家的孝道觀和積善積惡說。受慧遠影響，宗炳著《明佛論》，認為“中國君子明於禮義而暗於知人心”，主張儒釋思想的統一。他說，群生本體的“神”本來相同（這“神”指不死的精神，即《周易》所謂“陰陽不測”），隨緣遷流而成粗妙的個別的“識”；練粗成精，即為聖人。神、識、形，三者本質相同。宗炳之說，奠定了中國佛教哲學發展的基調。在南朝的三教論戰中，除了範縝的《神滅論》，佛教可謂所向披靡，理論上占了上風。從智顗的有關佛教思想中，可以看到受慧遠等南方佛教學者與儒、道論戰的風格。
智顗對道家（道教）的反感，原因之一，是對方站在民族文化或民族宗教的立場上排斥佛教，提出所謂佛是“胡神”，故需“老子化胡”；原因之二，是對方借儒家之手，鼓動儒家打擊佛教，集中表現在北魏太武帝滅佛和北周武帝滅佛兩大事件中；原因之三，是對方因理論上的薄弱而隨意竊取佛教之說，卻又以此攻擊和削弱佛教。智顗時代，佛道之間的矛盾已相當激化，但佛教因理論上的絕對優勢，絕無對道教妥協的表示，相反采取咄咄逼人的進攻恣態。北周釋道安在《二教論》中，甚至沒有把道教作為佛教的對手，僅視之為儒家的附庸，說：“釋教為內，儒教為外……教唯有二，寧得有三？”（［北周］道安：《二教論》，見《廣弘明集》卷八。）智顗的心理狀態和思想方法，是三教關係這一特定文化背景的反映。
但是，三教論爭的過程，也是三教相互吸收、滲透和補充的過程。智顗在對道家（道教）展開批評的同時，也多少受到對方的影響。隻是，智顗與當時一般學者相似，尚未對道家和道教作嚴格區分，往往以“莊老”概括道家和道教，或以“道家”等同於道教。他未能認識到，道家是學派，道教是宗教，雖然兩者有內在聯係，但並非含義相等。
根據智顗的圓融哲學，道家（道教）雖比佛教要粗淺得多，但還是可以為佛法所包容統一。《維摩經玄疏》卷一說：
問曰：諸論天人所有經書，依何而造？答曰：法身菩薩住諸三昧，生人天中，為天人師，造論作諸經書。如《金光明經》雲：五神通人作神仙之論，諸梵天說出欲論，釋提桓因種種善論。亦是初番悉檀之方便也。故《造立天地經》雲：寶應聲聞菩薩示號伏犧，以上皇之道來化此國。又《清淨法行經》說：摩訶迦葉應生振旦，示名老子，設無為之教，外以治國；修神仙之術，內以治身。
這裏，智顗借偽經《清淨法行經》之說，將老子的“無為”學說和道教的神仙之術視作佛陀大弟子迦葉親自來華化導的產物。這一方麵固然有貶低道家（道教）的意思，但同時也表明佛、道有融合的基礎。《造立天地經》也屬偽經。智顗據《金光明經》所說，所謂各種不同思想理論的提出，乃是“初番（世界）悉檀之方便”，所以，無論是孔子所創儒家學說，還是老莊所立道家學說，都可看做菩薩應機的方便法門。這樣，因為全部經論各有其自身的思想價值，故而區別它們的真偽也就顯得沒有必要了。質言之，“悉檀之方便”可以調和一切“外道”。
若將道教與道家加以區分，智顗對道教的態度，顯然有別於道家。
智顗長期棲隱的天台山，佛道雙修，源遠流長。道書中有黃帝受金液神丹於天台山，太清真人彭宗治赤城，右弼真人西周王太子晉、九天仆射伯夷叔齊治桐柏等神話傳說。三國時，道士葛玄在這裏創建法輪院和福聖觀，佛教僧侶則建立有資福寺、翠屏寺。後經葛洪《抱樸子》、支遁《天台山銘序》、孫綽《天台山賦》、顧愷之《啟蒙記》、孔靈符《會稽記》、陶弘景《真誥》等佛、道著作的宣傳，至南北朝後期，天台山已成“佛窟仙源”即佛道並修的名山。（參考周琦、連曉鳴：《中國佛教天台宗概說》，載《東南文化》1990年第6期。）智顗對天台山曆史知之甚詳，當年他決定入山修習止觀，不僅沒有回避這一事實，相反有求覓仙跡，助成佛道之意。《別傳》記載智顗入山前對門人所說的一段話，可證他對道教神仙之說的態度：
蔣山過近，非避喧之處。聞天台《地記》稱有仙宮，白道猷所見者信矣；《山賦》用比蓬萊，孫興公之言得矣。若身緣茲嶺，啄峰飲澗，展平生之願也。
白道猷是東晉高僧，曾棲隱於天台山；孫興公即東晉著名學者孫綽，主張三教一致。智顗認為，金陵人員混雜，環境喧鬧，無益於止觀修習，故而向往千裏之外人跡罕至的天台山。天台既有蓬萊之喻，又有仙宮之稱，必然是宗教修行的勝地。這至少意味著，智顗承認在宗教修行方麵，佛教與道教有著共同點。
事實上，道教仙學也確實曾予佛教禪修以影響。如晉代僧從、法成、僧善等佛教僧侶，都善於道教的辟穀服氣之術。南北朝時期，佛教修禪者中也有學行道教養生術的。如北魏曇鸞，曾赴江南就陶弘景學道教仙術，陶授與《仙經》十卷。返回洛陽時，恰遇菩提流支。菩提流支勸他放棄道術，專修佛法，並授《觀無量壽經》一部，說：“此大仙方，依之修行，當得解脫生死。”（《續高僧傳》卷六，《曇鸞傳》。）曇鸞乃燒道教《仙經》，專修西方淨土法門。曇鸞的淨土著述中，雖不見仙學影響的跡象，但從《道藏》中所保存的《曇鸞法師服氣法》看，他似乎並未完全否定道教養生術，而把佛教胎息禪法融入道教養氣法中，形成一種具有佛道融合色彩的養生氣功。（參考陳兵：《佛教禪學與東方文明》，上海人民出版社1992年版，第420頁。）據傳，曇鸞還有闡發道教服氣養生的著作多種（已佚）。
陶弘景在隱居修道期間，曾入天台山尋訪道教遺跡，“謁諸僧標及諸處宿舊道士，並得真人遺跡十餘卷”（《古今圖書集成·神仙部列傳》。）。他的道教思想，繼承老莊自然無為學說和葛洪神仙方術，又融合儒、佛兩家的學說，主張三教合流，宣稱“百法紛湊，無越三教之境”。他曾於寧波阿育王塔受佛戒。又在茅山道觀中設立佛、道二堂，隔日朝禮，佛、道雙修。他的宗教思想和修行風格是否也曾對智顗產生影響，雖無直接資料證明，但值得研究。
早在智顗之師慧思的思想中，已有受道教仙學影響的具體記載。慧思在他的《立誓願文》中表示，為了維護佛法，“願先成就五通神仙，然後乃學第六神通”。為此，他祈願諸位賢聖賜之以“好芝草及神丹，療治眾病除饑渴”，並說“足神丹藥修此願，藉外丹力修內丹”。他把道教追求的煉養成仙作為通向佛教涅槃之域的橋梁。他一再宣稱，為了佛教利益，所以要入山修行，求得長壽、獲取仙道，說：“誓願入山學神仙，得長命力求佛道”，“為護法故，求長壽命”。慧思的佛道兼修思想無疑對其弟子智顗產生影響。
在智顗的止觀修習中，也確實吸收了道教的某些修行方法。
《摩訶止觀》在提出以禪治病時，說到有一類“係緣止”的方法。這種“係緣止”相當於道教“意守丹田”法。他說：
係心在臍中如豆大，解衣諦了取相。後閉目，合口齒，舉舌向齶，令氣調恂。若心外馳，攝之令還。若念不見，複解衣看之，熟取相貌，還如前。……所以係心在臍者，息從臍出，還入至臍，出入以臍為限。（《摩訶止觀》卷八上。）
臍中如豆大者，名“憂陀那”，相當於道教概念“丹田”。係緣，意為將心的意念集中於某一特定對象；故係心憂陀那，即相當於意守丹田。又說：“丹田是氣海，能鎖吞萬病。若止心丹田，則氣息調和，故能愈疾。”丹田的位置，“去臍下二寸半”。（《摩訶止觀》卷八上。）《修習止觀坐禪法要》則又說：“有師言，臍下一寸，名憂陀那。此雲丹田。若能止心，守此不散，經久即多有所治”。按智顗所說，這種修行方法能根治百病，又能生發諸禪，最為穩妥。
根據安世高所譯《安般守意經》關於心之係緣有鼻尖、心中兩處之說，智顗結合道教修煉法，提出五種係緣說。他說：“一係心頂上，二係心發際，三係心鼻柱，四係心臍間，五係心在地輪（足）。外國金齒三藏說此為五門禪。”（《釋禪波羅蜜次第法門》卷三。）這五種係緣中，頂上和發際相近於道教所說“上丹田”，而臍間相當於“下丹田”。
在《修心止觀坐禪法要》和《摩訶止觀》中，智顗都提到“六字氣治病”法。《修習止觀坐禪法要》雲：
但觀心想，用六種氣治病者，即是觀能治病。何等六種氣？一吹，二呼，三嘻，四嗬，五噓，六呬。此六種息，皆於唇口之中，想心方便，轉側而作，綿微而用。頌曰：心配屬嗬腎屬吹，脾呼肺呬聖皆知，肝髒熱來噓字至，三焦壅處但言嘻。
《摩訶止觀》卷八上又說：
用氣治者，謂吹、呼、嘻、嗬、噓、呬。皆於唇吻吐納，轉側牙舌，徐詳運心，帶想作氣。若冷用吹，如吹火法；熱用呼；百節疼痛用嘻，亦治風；若煩脹上氣，用嗬；若痰癭用噓；若勞倦用呬。六氣治五髒者，嗬治肝，呼、吹治心，噓治肺，嘻治腎，呬治脾。又六氣同治一髒，髒有冷用吹，有熱用呼，有痛用嘻，有煩滿用嗬，有痰用噓，有乏倦用呬；餘四髒亦如是。
以吹、呼、嘻、嗬、噓、呬六字氣治病，最早見於《明醫論》及道書《神仙食炁金櫃妙錄》，在陶弘景所輯的《養生延命錄》中加以引述。此法不見於印度佛教經典，實際出自道教修煉法。《養生延命錄》說：
凡行氣，以鼻納氣，以口吐氣，微而引之，名曰長息。納氣有一，吐氣有六。納氣一者，謂吸也；吐氣有六者，謂吹、呼、唏、嗬、噓、呬，皆出氣也。
認為按照六字吐氣，可以治療眾病，如“吹以去風，呼以去熱，唏以去煩，嗬以下氣，噓以散滯，呬以解極”。智顗以六字氣治五髒病之說，比陶弘景所述更為詳細、具體，但也略有不同，當知是在道書基礎上有所修正。
可見，智顗在把批評的對象主要指向老莊道家之學時，對道教的修養方法進行了吸收融合。道教在養生健身祛病之道上有自己的突出貢獻，而這又恰恰是佛教的弱項。智顗的吸收是有選擇的。他與同時代的佛教學者一樣，基於佛教哲學思想體係為三教之最的認識，對道家理論表示不屑一顧（故而判為“見論”），但並不完全排斥道教的養生長壽之法。他曾說，“金石草木之藥，與病相應，亦可服餌”。（《修習止觀坐禪法要》。）“三百人得信忍，四天王得柔順忍，皆服長樂之藥，佩長生之符，住於戒中，見諸佛母。”（《法華玄義》卷一○上。）若服餌佩符等道教仙術於養生有益，他是不會反對的。