這次血腥的“南北榜”事件，是一次懲處空前嚴酷的科場大案。南北榜事件其實並不是一次科場舞弊和懲治舞弊的案件，劉三吾本人是朝廷重臣，曾主持過不少重要典章製度的製定工作，為人正派。當時南方人的文化水平，確實比久經戰亂的北方高出許多，錄取南方人丸狀元也是合乎當時實際情況的。而且劉三吾為湖南茶陵人，錄取的會元是江西泰和人。廷試狀元陳安阝為福建閩縣人，榜眼尹昌隆是江西吉安人，而探花為會稽(今浙江紹興)人，與劉三吾既不同縣也不同省，怎麼能說是“私其鄉”呢?朱元璋的目的主要是通過南北榜事件來擴大自己的統治基礎，當時北方還不時與逃亡塞外的元朝殘餘勢力處於直接的軍事對抗狀態，朱元璋亟需通過科名來籠絡北方的知識分子，穩定北方社會，而劉三吾等人認為江南本來有才華的人就很多，堅持擇優錄取，沒有理解朱元璋的良苦用心，才導致殺身之禍。
南北榜之爭的第二年(1398)，朱元璋就死了，他在會試中並沒有對被錄取者的籍貫作出什麼明確的規定，實行南北區域定額錄取的辦法也並未形成製度，南方舉人在科舉中仍占有壓倒性的優勢。至明仁宗洪熙元年(1425)，仁宗向大學士楊士奇征詢改進科舉取士的意見，身為江西人的楊士奇於是提出了南北分卷的設想。楊士奇說科舉考試時，南、北兩地的知識分子都應當被錄取。仁宗對此頗有疑問：“北方人的學問遠遠比不上南方人，北方人怎麼能考上呢?”楊士奇回答說：“真正的碩學鴻儒和有才華的人都是北方人，南方人雖然有才華，但都太輕浮，不能成大器。”仁宗問如何能錄取到真正的人才呢?楊士奇說：“考試時還是彌封考生姓名，但在試卷的外麵寫上南、北兩個字，假如要錄取100人，就錄取南方的考生60人，北方的考生40人。這樣南北方的人才都被皇上招攬來了。”於是明仁宗令禮部根據“分地而取”的方針製定各處錄取名額，然而禮部製定的具體辦法還沒等出台，明仁宗就死了。明宣宗即位以後，才在宣德二年(1427)正式實施南北卷製度，並把一些不易劃定為南或北的區域，規定為中卷，南北各減5名錄取指標歸中卷，若錄取100名，則南卷取55名，北卷取35名，中卷取10名。這一製度在明英宗正統年間(1416—1449)也得到貫徹執行。
明代宗即位(1450)後，科舉取士中的南北地域之爭又起波瀾。景泰元年(1450)，皇帝下令科舉取士按照明成祖永樂年間(1403—1424)舊例，不再按區域比例分配進士名額，次年會試，禮部照章執行。戶部給事中李侃與刑部侍郎羅綺上疏反對，提出現在禮部變更分區域取士的辦法，目的是為了更多地錄取南方人，並且認為雖然南北錄取指標的具體數目可以變化，但分南北分配錄取指標的辦法不能改變。禮部官員堅持認為他們隻是遵照詔書製定辦法，並不是為達到某種個人目的而請求皇帝改變錄取辦法的，並談古論今、引經據典來說明南北不分卷北方人才也能脫穎而出。最後皇帝聽從了禮部的意見，在景泰二年(1451)的會試中不再按區域配額錄取，南北卷製度被中斷。
景泰四年(1453)八月，工科給事中徐廷章上疏指陳現在科舉錄取太濫的弊端，建議還是依照正統年間所定比例分南北卷錄取。次年會試，禮部奏請皇帝裁定，最終采納了徐廷章的建議，恢複了分南、北、中卷定額錄取辦法。其區域劃分為：“南卷，應天及蘇、鬆諸府，浙江、江西、福建、湖廣、廣東北卷，順天、山東、山西、河南、陝西中卷，四川、廣西、雲南、貴州及鳳陽、廬州二府，滁、徐、和三州也。”其南、北、中卷錄取的比例同正統年間所規定的比例相同。此後，除成化二十二年(1486)至弘治元年(1488)曾將南北的錄取指標各減2名並入中卷，正德三年(1508)後一度將中卷的四川增額數並入南卷，其餘地區並入北卷、南北對半錄取以外，明代科舉會試一直沿用正統年間所定南卷55％、北卷35％、中卷10％的錄取比例。
會試分卷錄取製度僅在明代宗初年中斷過三年(一科)，是明代科舉中長期實行的製度，並為清代所承襲，進而在康熙五十一年(1712)發展為分省定額錄取的製度。
清代統治者為了縮小南北差異，以均衡各地的科舉錄取名額來達到合理分配政治勢力以鞏固中央集權統治的目的，對鄉、會試中額的地區劃分越來越細。順治十四年(1659)，將順天鄉試中國子監生的“皿”字號分為南北卷乾隆元年(1736)，又將皿字號再分為南、北、中卷：奉天、直隸、山東、河南、山西、陝西為北皿，江南、江西、福建、浙江、湖廣、廣東為南皿，各取中額39名四川、廣西、雲南、貴州另編中皿，按每15名應試監生中取1名舉人的比例錄取。
各省鄉試也逐漸分細，如雍正元年(1723)，考慮到湖南考生七月份去湖北考試時要過洞庭湖，經常發生因洪水泛濫考生被淹死的事情，將湖廣分為湖南、湖北分別錄取乾隆元年(1736)將江南鄉試分為上、下江錄取，下江江蘇取十分之六，上江安徽取十分之四。到光緒元年(1875)，陝西與甘肅也分開考試錄取。
清初，會試錄取指標是按照明朝的比例來錄取的，分南、北、中卷，順治十二年(1657)，將中卷並入南、北卷。此後中卷屢分屢並，有時甚至在南、北、中卷內再分為左、右分別錄取或者專取四川、廣西、雲南、貴州四省各編字號，分別錄取。最後，到康熙五十一年(1712)，由於各省錄取的人數多少不均，甚至遺漏邊遠省份，因此正式廢止南北卷製度，代之以分省錄取辦法，按各省應試人數多寡，由朝廷核定會試的錄取指標。這一製度一直沿用到科舉製度被廢止。正是由於實行了按地域分配錄取指標，所有各省鄉試都規定隻有本省籍的考生才能參加，但由於各省文化水平存在差異，鄉試的競爭激烈程度也不相同。
唐宋以後，隨著經濟重心的南移，文化重心也逐漸轉移到江南一帶，科舉取士的南北之爭也就隨之出現。明代以後，科舉分地錄取進士的原則得到貫徹，南北卷的實行是基於地緣政治的考慮，注重統治集團內勢力的均衡分配。分區定額錄取還帶有優待照顧邊疆和文化相對落後地區的用意，有利於邊遠省區人文教育水準的提高，明清兩代對諸如雲南、貴州的鄉試舉額增加采取較優待措施，後來實行會試分省定額取中也有利於調動邊遠省區士人讀書投考的積極性。實行分區錄取還有利於維護國家的穩定和統一。例如，清代台灣考生在福建鄉試中的舉人配額從康熙時的一名增加到鹹豐以後的六名，在會試一級，從乾隆以後規定在福建省名額內專門編出“台”字號，如果有10名以上台灣籍舉人參加會試，就至少錄取一名進士。這種優待辦法使台灣士子歡欣鼓舞，更加熱衷於渡海來大陸參加鄉、會考試，增加了台灣讀書人對中央政府的向心力，有利於國家的統一和民族凝聚力的加強。所以，中國科舉史上關於憑才取人與分區取人的爭論，越到後來越是分區說占了優勢，而且分區取人的辦法還越來越具體，區域配額越分越細，這成了中國科舉史上的一個發展趨勢和規律。