現在，我們主要依據柏拉圖的記述，在若幹細節上參考色諾芬的回憶，來察看這個案子的來龍去脈。原告有三人。跳在台前的是無名詩人美勒托，長一根鷹鉤鼻，頭發細長，胡須稀疏，一看就是個愛惹是生非的家夥。還有一個無名演說家，名叫萊康。實際主使者是皮匠安尼圖斯，一個活躍的政客，終於當上了民主政權二首領之一。他的兒子是蘇格拉底的熱心聽眾，常常因此荒廢皮革作業，使他十分惱火。在他政壇得勢之後，蘇格拉底曾挖苦他說：“現在你用不著再讓兒子做皮匠了吧。”更使他懷恨在心，遂唆使美勒托提起訴訟。事情的起因看上去小得不能再小，似乎是個別人泄私憤，何以竟能夠掀起若大波瀾，終於要了蘇格拉底的命？
其實，安尼圖斯之流惱恨蘇格拉底，多少代表了一般市民的情緒。蘇格拉底喜在公共場所談論哲學，內容多為質疑傳統的道德、宗教和生活方式，聽眾又多是像安尼圖斯的兒子這樣的青年。雅典的市民是很保守的，隻希望自己的孩子恪守本分，繼承父業，過安穩日子。像蘇格拉底這樣整天招一幫青年談論哲學，不務正業，在他們眼裏就已經是敗壞青年了，因此，一旦有人告狀，他們很容易附和。當然，把一個哲學家——不管是不是蘇格拉底——交給幾百個不知哲學為何物的民眾去審判，結局反正凶多吉少。
蘇格拉底之處於劣勢，還有一層原因，便是在場的審判員們早在年少時就聽慣流言，形成了對他的成見。他對此心中有數，所以在申辯一開始就說，那些散布流言的人是更可怕的原告，因為他們人數眾多，無名無姓，把他置於無法對質卻又不得不自辯的境地。他說他隻知道其中有一個喜劇作家，他未點名，不過誰都明白是指阿裏斯托芬。二十四年前，阿裏斯托芬在喜劇《雲》中把蘇格拉底搬上舞台，刻畫成一個滿口胡謅天體理論的自然哲學家和一個教青年進行可笑詭辯的智者。在觀眾心目中，前者所為正是不敬神，後者所為正是敗壞青年，二者合並成醜化了的蘇格拉底形象。真實的蘇格拉底恰與二者有別，他把哲學從天上引回了人間，從言辭引向了實質，但觀眾哪裏顧得上分辨。蘇格拉底是阿裏斯托芬的朋友，當年喜劇上演時，他還去捧場，台上的蘇格拉底出場，觀眾席上的他湊趣地站起來亮相，實在憨得可以。他和阿裏斯托芬大約都沒有料到，愛看戲不愛動腦子的老百姓會把戲說當真，以訛傳訛，添油加醋，終於弄到使他有口莫辯的地步。
二
平心而論，在審判之初，無論三個原告，還是充當判官的民眾，都未必想置蘇格拉底於死地。他們更希望的結果毋寧是迫使蘇格拉底屈服，向大家認錯，今後不再聚眾談論哲學，城邦從此清靜。可是，蘇格拉底仿佛看穿了他們的意圖，偏不示弱，以他一向的風格從容議論，平淡中帶著譏刺，雄辯而又詼諧。這種人格上和智力上的高貴真正激怒了聽眾，他申辯時，審判席上一陣陣騷動，矛盾越來越激化。
蘇格拉底大約一開始就下定了赴死的決心。美勒托準備起訴的消息傳開，有同情者見他毫不在乎，行為無異於往常，便提醒他應該考慮一下如何辯護，他回答：“難道你不認為我一生都在做這件事，都在思考什麼是正義，什麼是非正義，在實行正義和避免非正義，除此之外什麼也沒有做嗎？”他的確用不著準備，隻須在法庭上堅持他一貫的立場就行了。當然，他完全知道，這樣做的後果是什麼。他比原告和法官更清醒地預見到了結局，審判實質上是遵照他的意誌進展的。他胸有成竹，一步步把審判推向高潮，這高潮就是死刑判決。
按照程序，審判分兩段。第一段是原告提出訟詞，被告提出辯護，審判員投票表決是否有罪。在這一段，蘇格拉底回顧了自己從事街頭哲學活動的起因和經曆，斷言這是神交給他的使命。人們的憤恨本來集中在這件事上，倘若他想過關，至少該稍稍顯示靈活的態度，他卻一點餘地不留，宣布道：“神派我一生從事哲學活動，我卻因怕死而擅離職守，這才荒謬。雅典人啊，我敬愛你們，可是我要服從神過於服從你們。隻要我一息尚存，就決不放棄哲學。”他把自己比作一隻牛虻，其職責是不停地叮咬人們，喚醒人們，使人們對專注於錢財和榮譽、不在意智慧和靈魂的生活感到羞愧。