中國沙漠地區的湖泊，除在黃河和西遼河沿岸有少數屬外流湖外，廣大地區的湖泊多數都是沒有出口、沒有外流河、不能與海洋相通的內陸湖。這些內陸湖泊，有的是在構造斷陷盆地的基礎上發育而成的，它們一般都是些大型湖泊，如北疆的烏倫古湖、艾比湖、瑪納斯湖，南疆的博斯騰湖、羅布泊，內蒙古東部的呼倫湖等。博斯騰湖位於南疆焉耆斷陷盆地內，湖的東岸特別是南岸有大片沙漠，現在其中有些沙丘已被湖水淹沒；湖水麵積約為980平方公裏，另有小湖麵積約60平方公裏，一般水深5～6米，東部深處可達16米，西部和北部較淺，湖水總容量近百億立方米，是中國最大的內陸淡水湖之一。有的內陸湖泊是風蝕窪地低於潛水麵時，地下水出露地麵而形成的；也可以是風蝕窪地接受周圍地表水流或季節性降水彙聚成湖的。沙漠地區這類湖泊特別多，如呼倫貝爾沙地中的烏蘭湖，渾善達克沙地中的查幹諾爾，毛烏素沙地中的納林淖爾等，它們的共同特點是麵積不大，水淺，無出口，湖的長軸方向多和主風向一致。
內陸湖有的是河流尾閭的窪地瀦成的湖泊，這在沙漠地區也是屢見不鮮的，如塔裏木河下遊的台特馬湖，黑河下遊（弱水）的居延海，錫林郭勒河下遊的查幹諾爾等。還有的是由於河流改道而廢棄的故河道形成的湖泊，如巴丹吉林沙漠北部的拐子湖，東西延伸長約100公裏，寬6公裏；西部的古魯乃湖作南北延伸，長約180公裏，寬10公裏。它們的形成就與古代水係網有關，為古代河床的一部分殘跡，以後受到風蝕作用的影響，使之擴大、加深而成，現在隻有局部地方積水。再一個明顯的例子是敦煌鳴沙山中黨河古河道的殘留河灣形成的月牙泉。鳴沙山高達百米，峰巒陡峭，沙脊如刃，眾人登上丘頂然後下滑，沙亦隨著瀉落，轟鳴作響，故名鳴沙山。