（注）對於人體的生理功能，中醫學也是用陰陽學說來加以概括說明的。認為人體的正常生命活動，是陰陽兩個方麵保持著對立統一的協調關係的結果。如以功能與物質相對而言，則功能屬於陽，物質屬於陰，物質與功能之間的關係，就是這種對立統一關係的體現。人體的生理活動是以物質為基礎的，沒有物質的運動就無以產生生理功能。而生理活動的結果，又不斷促進著物質的新陳代謝。人體功能與物質的關係，也就是陰陽相互依存、相互消長、相互為用的關係。如果氣血精津等物質與功能之間紊亂，陰陽不能相互為用而分離，人的生命也就終止了，陰陽口訣，精氣乃絕。”（《素問生氣通天論》）
（三）說明人體的病理變化陰陽盛衰病理成正邪雙方相鬥爭
邪分陰陽兩方麵，正分陽氣和陰精，陽邪致病身偏熱，陰邪致病寒如冰，陽不製陰虛寒證，陰不製陽虛熱生，陰陽兩虛相損及，化生無源病不輕。
（注）卑陰陽學說來說明病理變化，認為疾病的發生，是陰陽失去相對平衡，出現盛衰的結果。疾病發生發展關係，即人體的抗病功能——正氣與致病素一一邪氣相互作用、互相鬥爭的情況，都可以用陰陽概括說明。病邪有陰邪和陽邪之分。正氣包括陰精與陽氣兩個部分。陽邪致病，可使陽偏盛而陰傷，因而出現熱證；陰邪致病，則使陰偏盛而陽傷，因而出現寒證。陽氣虛不能製陰則出現陽虛陰盛的虛寒證；陰液虧虛，不能製陽，則出現陰虛陽亢的虛熱證。
此外，機體的陰陽任何一方虛損到一定程度，常可導致對方的不足，即所謂“陽損及陰”、“陰損及陽”，以致最後出現“陰陽兩虛”。
（四）用於疾病的診斷
（注）由於疾病發生、發展的根本原因是陰陽失調，所以，任何病證，盡管它的臨床表現錯綜複雜、千變萬化，但都可用“陰證”和“陽證”來加以概括。臨床上常用的“八綱辯證”是各種辯證的綱領，以統領表裏、寒熱、虛實，即表熱實屬陽，裏寒虛屬陰。正確的診斷，首先要分清陰H，才能抓住疾病的本質，做到執簡馭繁。例如望診，見色澤鮮明者屬陽，晦暗者屬陰；聞診，聽聲音洪亮者屬陽，低微斷續者屬陰；切診，按脈浮、數、大、滑、實者厲陽，沉、遲、小、澀、虛者屬陰。所以《素問陰陽應象大論》說：“善診者，察色按脈，先別陰陽”。
（五）用於疾病的治療
陰陽盛衰疾病成，治在調整陰陽平；熱者寒之寒者熱，陰病治陽陰陽衡；藥物屬陰寒涼潤，燥烈溫熱陽性能；酸苦鹹味陰陽降，甘辛淡陽升散明。
（注）由於陰陽的偏盛偏衰，是疾病發生、發展的根本原因，因此，調整陰陽，補偏救弊，促使陰平陽秘，恢複陰陽的相對平衡，就是治療的基本原則。正如《素問至真要大論》所說：“謹察陰陽所在而調之，以平為期”如陽熱盛而損及陰液者（陽盛則陰病），可損其有餘之陽，用“熱者寒之”的方法；若陰寒盛而損及陽氣者（陰盛則陽病），可損其有餘之陰，用“寒者熱之”的方法。反之，若陰液不足，不能製陽而致陽亢者，或因陽氣不足，不能製陰而造成盛者，則必須補其陰或陽的木足，這就是陽病治萌、“陰病治陽”，壯水之主，以製陽光；益火之源，以消陰翳。使其陰陽恢複新的相對平衡的治療原則陰陽用於疾病的治療，不僅用以確立治療原則，而且也用來概括藥物的性味功能，作為指導臨床用藥的依據。如寒涼，滋潤的藥物厲陰，溫熱燥烈的藥物屬陽；藥味酸苦鹹的厲陰，辛甘淡的屬陽；藥物具有升散作用的屬陽。治療疾病，就是根據病情的陰陽盛衰，再結合藥物的陰陽屬性和作用，選擇相應的藥物，從而達到治療目的。