小腸的生理功能如下：
（1）主受盛化物：受盛者，接受以器盛物之意。化物，變化、消化、化生之謂。小腸的受盛功能主要表現在兩個方麵：一是說小腸盛受了由胃腑下移而來的初步消化的飲食物，起到容器的作用；二是指經胃初步消化的飲食物，在小腸內必須停留一定的時間，以利小腸對其進一步消化吸收，將水穀化為可以被機體利用的精微物質。所以《素問靈蘭秘典論》說：“小腸者，受盛之官，化物出焉。”
（2）泌別清濁：泌，即分泌；別，即分別。小腸對承的受胃中的飲食物，在進一步消化的同時，進行分清別濁的過程。分清，就是將飲食物中的精華部分，包括飲料化生的津液和食物化生的精微，進行吸收，再通過脾升清散精的作用，上輸心肺，輸布全身，供給營養。別濁則體現為兩個方麵：其一，是將飲食物的殘渣糟粕，通過闌門傳送到大腸，形成糞便，經肛門排出體外，其二，是將剩餘的水分經腎髒氣化作用滲入膀胱，形成尿液，經尿道排出體外。因為小腸在泌別清濁過程豐，參與了人抹的水液代謝，故有“腸主液”之說。
小腸分清別濁的功能正常，則水液各走其道，而二便正常，若小腸功能失調，清濁不分，水液歸於糟粕，即可出現水穀混雜，便溏泄瀉等。因“小腸主液”，故小腸分清別濁功能失常不僅影響大便，而且也影響小便，表現為小便短少。
四、大腸
大腸上端闌門分傳導糟粕吸水津傳導變化糟粕出瀉痢閉結寒熱因
（注）大腸檢於腹腔之中，其上口在闌門處與小腸相接，其下端緊接肛門，大腸的生理功能如下。
（1）主傳導糟粕：大腸接受由小腸下移的飲食殘渣，再吸收其中多餘的水分，使之形成糞便，經肛門而排出體外。所以大腸的主要功能是傳導糟粕，排泄大便。如大腸傳導失常，就會出現大便秘結或泄瀉。若濕熱蘊結於大腸，大腸氣滯，又會出現腹痛、裏急後重、下痢膿血等。
（2）大腸主津：大腸接受由小腸下注的飲食物殘渣和剩餘水分之後，將其中的部分水液重新再吸收，使殘渣糟粕形成糞便而排出體外。大腸這種重新吸收水分功能，說明大腸與體內水液代謝有關。所以大腸的病多與津液有關。如大腸虛寒，無力吸收水分，則水穀雜下，出現腸鳴、腹痛、泄瀉等。大腸實熱，消爍水分，腸液幹枯，腸道失潤，又會出現大便秘結不通之症。
五、膀胱
（注）膀胱又稱尿脬，位於下腹部，居腎之下，大腸之前。
膀胱的生理功能如下：
（1）貯存尿液，在人體津液代謝過程中，水液通過肺、脾、腎三髒的作用，布敢全身，發揮濡潤機體的作用。被人體利用之後，即是“津液之餘”者，下歸於腎。經腎的氣化作用，升清降濁，清者回流體內，油者變成尿液，下輸於膀胱。尿為津液所化，而小便與津液常常相互影響。如果津液缺乏，則小便短少；反之，小便過多也會喪失津液。
（2）排泄小便：尿貯存於膀胱，達到一定容量時，通過氣化作用，可及時地自主地從溺竅排出體外。
膀胱的貯尿和排尿功能，全賴於腎的氣化功能。所謂膀胱氣化，實際上，屬於腎的氣化作用。
膀胱的功能失調，主要是尿頻、尿急、尿痛、癃閉、遺尿、小便失禁等排尿的異常。
六、三焦
（注）三焦是上焦、中焦、下焦的合稱。對三焦解剖形態的認識，曆史上有“有名無形”和“有名有形”之。一般認為它是分布於胸腹腔的一個大腑。唯三焦最大，無與匹配，故有“孤府”之稱。正如張景嶽所說：“三焦者，確有一腑，蓋髒腑之外，軀殼之內，包羅諸髒，一腔之大腑也。
總觀三焦，膈以上為上焦，包括心與肺；橫膈以下到臍為中焦，包括脾與胃；臍以下至二陰為下焦，包括肝、腎、大小腸、膀胱，女子胞等。其中肝髒，按其部位來說，應劃歸中焦，但因它與腎關係密切，故將肝和背一同劃歸下焦實際上，三焦就是五髒六腑全部功能的總體。三焦的主要生理功能如下：
（1）主持諸氣，總司全身的氣機和氣化：三焦是氣的升降出入的通道，又是氣化的場所，故有主持諸氣，總司全身氣機和氣化的功能。元氣，是人體最根本的氣。元氣根於腎，通過三焦而充沛於全身，故《難經三十一難》說：“三焦者，氣之所終始也”，《難經三十八難》說三焦“有原氣之別焉，主持諸氣”，《難經六十六難》也說“三焦者，原氣之別使也，主通行三氣，經曆手五髒六腑”。充分說明了三焦是氣的升降出入的通道，人體的氣，是通過三焦而輸布到五髒六腑，充沛於全身的。
（2）為水液運行之道路：《素問靈蘭秘典論》說：“三焦者，褻瀆之官，道出焉。”決，疏通之意，讀，溝渠。決瀆，即疏通水道。也就是說，三焦有疏譚水道，運行水液的作用，是水液升降出入的通路。全身的水液代謝，是由肺、脾胃和腸、腎和膀胱等許多髒腑的協同作用而完成的，但必須以三焦為通道，才能正常地升降出入，如果三焦的水道不夠通利，則肺、脾、腎等輸布調節水液的功能也難以實現其應有的生理效應。所以，又把水液代謝的協調平廠作用，稱作“三焦氣化”。
上焦、中焦、下焦各自的生理功能特點：
（1）上焦如霧：是指上焦主宣發衛氣，敷布精微的作用，上焦接受來自中焦脾胃的水穀精微，通過心肺的宣發敷布，布散於全身，發揮其營養滋潤作用，若霧露之溉，故稱“上焦如霧”。因上焦接納精微而布散，故又稱“上焦主納”。
（2）中焦如漚：是指脾胃運化水穀，化生氣血的作用。胃受納腐熟水穀，由脾之運化而形成水穀精微，以此化生氣血，並通過脾的升清轉輸作用，將水穀精微上輸於心肺以濡養周身。因為脾胃有腐熟水穀，運化精微的生理功能，故喻之為“中焦如漚”。因中焦之運化精微，故稱“中焦主化”。
（3）下焦如瀆：是指腎、膀胱、大小腸等髒腑主分別清濁，排泄廢物的作用。下焦將飲食物的殘渣糟粕傳送到大腸，變成糞便，從肛門排出體外，並將體內剩餘的水液通過腎和膀胱的氣化作用變成尿液，從尿道排出體外這種生理過程具有向下疏通，向外排泄之勢，故稱“下焦如瀆”。因下焦疏通二便，排泄廢物，故又稱“下焦主出”。