第二種觀點認為龍遊石窟是古代人采集石料而留下來的廢棄洞窟，但也難圓其說。首先采集石料最安全、最經濟的方法應該是露天作業，何必要精心設計這樣的方式進行地下采掘呢？其次，石窟內石料屬紅土積沉岩。這種岩石極容易風化，古人又何必花如此浩大的工程去開采，還要進行如此規整的修飾呢？再者地下采石需要一定的設備和條件，采光、搬運等當時又是如何解決的呢？為什麼一點痕跡也沒有留下呢？
第三種觀點認為龍遊石窟是越王複仇的練兵屯兵之地，其理由是怕被敵國奸細發現而去告密，所以挖地下石窟進行備戰。但是此說疑點也很多：挖石窟需要大量的時間，然後才能練兵，那麼豈不削弱了原本就已經弱小的實力。其次，因擔心奸細告密屯兵而挖，難道就不擔心奸細破壞造成窟毀人亡的悲劇。再者，地下練兵的采光問題又是如何解決的？人工采光應該會在石窟內留下痕跡，但是實際上人們沒有發現任何的煙火遺跡。另外，屯兵地必須道路通暢，進出便捷，這是兵家常識，而石窟上下一條道，間距有3米，如何體現兵貴神速的策略？
第四種觀點是外星文明說。有人說，其一在龍遊石窟的穹頂和石壁的連接處，由於空間小很難轉身操作，人工開鑿不可能將鑿痕加工得如此流暢和完美；其二在穹頂和石壁的連接處，幾乎每個洞中都可看到沒有鑿痕的扒裂斷麵，這是用機械以45度的斜麵挖掘到與石壁連接處時留下的“扒痕”，功率巨大，乃非人工所為的有力證據；其三在穹頂及許多連接、轉彎處，鑿痕呈扇狀展開。這是采用高智能機械設備所為。雖然這種觀點有一定的說服力，但是疑點也頗多：第一，如此浩大的工程不可能隻要一兩個外星人完成，那麼會有那麼多的外星人來地球嗎？第二，雖然從整體看鑿痕整齊劃一，但是仔細觀察，鑿痕還是有微妙的變化，根本就是出自人類之手。第三，外星人建造龍遊石窟的目的何在呢？是為了居住？第四，如果真的是外星人所建，至少會遺留一些地球人前所未見的東西，為何人們一件都沒有找到呢？第五種觀點認為龍遊石窟既不是現在科技的產物也不是古人建造的。雖然隨著科技水平的進步，人類開始在地下建造文明，但是從安全、經濟、美觀的角度出發，一般的地下工程都是直線挖掘，成形後經過絕對的加固再作美化，而不是在挖掘的原型上直接進行修飾。而且如果是現代科技的產物，在曆史上也應該有所記載。那麼，為什麼又說龍遊石窟也不是古人建造的呢？一些人認為建造這麼浩大的工程隻有君主才能組織這麼大規模的挖掘力量，但是勞民傷財的花時間和精力來修建毫無目的的石窟似乎沒有必要。不過這並不能排除是古人們為了遊樂而修建石窟的可能。第六種觀點是浙江大學的褚良才博士提出的，他認為龍遊石窟最早開鑿於西漢宣帝“邊郡皆築倉”時，其功能是儲備糧食、貨物及戰備物資，隋朝時就叫它“北常平倉”，在那時就已被列入“古跡”。他還找出兩個比較有說服力的證據，一個是在童壇山上遊不遠處的簸箕洞，另一個是在下遊不遠處的石岩洞。除上述說法外，還有“道家福地說”、“伏龍治水說”、“巨石文化說”等，雖然這些說法都有一定的道理，但是也都存在不少的漏洞。龍遊石窟作為中華民族的一個奇跡，它將永遠散發著奪目的光彩。