1991年，全國人大第七次會議提出了新時期衛生工作的方針：“預防為主，依靠科技進步，動員全社會參與，中西醫並重，為人民健康服務，同時把醫療衛生工作重點放到農村。”這可以看作是對這一階段衛生政策的高度總結。
（3）階段特點。這一時期的改革主要關注管理體製、運行機製方麵的問題，政府的主導思想在於“給政策不給錢”。伴隨著各個領域經濟體製改革的深入發展，衛生領域不可避免地受到國有企業改革的影響，政府直接投入逐步減少，市場化逐步進入到醫療機構。但是總的來說雖然涉及體製問題，但是本階段的改革更多是模仿了其他領域的改革，對衛生事業發展自身特性了解和認識不足，此時改革處在初級階段。
3．探索適應社會主義市場經濟環境的醫療衛生體製
1992年到2000年是我國醫療衛生事業發展的第三階段。
（1）社會經濟背景。1992年春，鄧小平同誌南方講話後，中國共產黨召開了第十四次代表大會，確立了建立社會主義市場經濟體製的改革目標，掀起了新一輪的改革浪潮。1993年中共十四屆三中全會通過了《中共中央關於建立社會主義市場經濟體製若幹問題的決定》，進一步明確了社會主義市場經濟體製和社會主義基本製度密不可分的關係，同時指出要建立適應市場經濟要求，產權清晰、權責明確、政企分開、管理科學的現代企業製度。在衛生醫療領域，繼續探索適應社會主義市場經濟環境的醫療衛生體製。
（2）改革進程。1992年9月，國務院下發《關於深化衛生醫療體製改革的幾點意見》，衛生部貫徹文件提出的“建設靠國家，吃飯靠自己”的精神，衛生部門工作會議中要求醫院要在“以工助醫、以副補主”等方麵取得新成績。這項衛生政策刺激了醫院創收，彌補收入不足，同時，也影響了醫療機構公益性的發揮，釀成“看病問題”突出、群眾反映強烈的後患。
針對醫院注重效益而忽視公益性的傾向，衛生部門內部也展開了一係列爭論。爭論集中爆發於1993年5月召開的全國醫政工作會議上，時任衛生部副部長殷大奎明確表示反對市場化，要求多顧及醫療的大眾屬性和起碼的社會公平。從此以後，醫改領域內的政府主導和市場主導的爭論幾乎就沒有停止過，而且逐步成為一個焦點問題而被社會各界所討論。
1996年12月9日，中共中央、國務院召開了新中國成立以來第一次全國衛生工作會議。此次會議為下一步衛生改革工作的開展打下了堅實的基礎。1997年1月，中共中央、國務院出台《關於衛生改革與發展的決定》，明確提出了衛生工作的奮鬥目標和指導思想。提出了推進衛生改革的總要求，在醫療領域主要有改革城鎮職工醫療保險製度、改革衛生管理體製、積極發展社區衛生服務、改革衛生機構運行機製等。這些指導思想成為這一輪改革的基調和依據。
在醫療機構管理方麵，1993年9月衛生部發出了《關於加強醫療質量管理的通知》要求醫務人員提高醫療質量意識。1994年2月國務院發布《醫療機構管理條例》（國務院179號令），對醫療機構的規劃布局和設置審批、登記、執業、監督管理以及相關法律責任進行了規定，將醫療機構執業管理工作納入法製軌道。
（3）階段特點。這個階段仍是在改革探索中，伴隨著醫療機構市場化的是與非的爭議，各項探索性改革仍在進行。總體來看，缺乏整體性、係統性的改革，一些深層次的問題有待下一階段解決。
4．“非典”事件促使反思衛生政策
2000年到2005年是我國醫療衛生事業發展的第四階段。
（1）社會經濟背景。隨著社會主義市場經濟的不斷發展，黨的執政綱領和路線與日俱進。2002年中共十六大提出了全麵建設小康社會的奮鬥目標，將社會更加和諧、人民生活更加殷實作為小康社會的重要指標。2003年中共十六屆三中全會召開，提出科學發展觀，即“堅持以人為本，樹立全麵、協調、可持續的發展觀，促進經濟社會和人的全麵發展”，按照五個統籌（統籌城鄉發展、統籌區域發展、統籌經濟社會發展、統籌人與自然和諧發展、統籌國內發展和對外開放）推進各項事業的改革和發展。
隨著市場化的不斷演進，政府衛生投入絕對額逐年增多，但是政府投入占總的衛生費用的比重卻在下降，政府的投入不足，再加上衛生政策失當，在2000年之前就有一些地方開始公開拍賣、出售鄉鎮衛生院和地方的國有醫院。此階段存在的社會問題，尤其是看病問題突出。2003年ＳＡＲＳ事件又是對衛生體係的一次嚴峻的考驗，這一事件直接暴露出了公共衛生領域的問題，促使人們反思現行衛生政策，客觀上影響和推動了衛生體製的改革。
（2）改革進程。作為貫徹中共中央國務院《關於衛生改革與發展的決定》的總體文件，國務院辦公廳於2000年2月轉發國務院體改辦、衛生部等8部委《關於城鎮醫藥衛生體製改革的指導意見》。之後陸續出台了13個配套政策，包括：《關於城鎮醫療機構分類管理的實施意見》、《關於衛生事業補助政策的意見》、《醫院藥品收支兩條線管理暫行辦法》、《關於醫療機構有關稅收政策的通知》、《關於改革藥品價格管理的意見》、《關於改革醫療服務價格管理的意見》、《醫療機構藥品集中招標采購試點工作若幹規定》、《藥品招標代理機構資格認定及監督管理辦法》、《關於病人選擇醫生促進醫療機構內部改革的意見》、《關於開展區域衛生規劃工作的指導意見》、《關於發展城市社區衛生服務的若幹意見》、《關於衛生監督體製改革的意見》、《關於深化衛生事業單位人事製度改革的實施意見》。
在上述配套文件出台後，國家和地方才有了一些改革舉措。2000年3月，宿遷公開拍賣衛生院，拉開了醫院產權改革的序幕，共有一百多家公立醫院被拍賣，實現了政府資本的退出。2001年無錫市政府批轉《關於市屬醫院實行醫療服務資產經營委托管理目標責任的意見（試行）的通知》提出了托管製的構想；2002年年初《上海市市級衛生事業單位投融資改革方案》出台，這也是產權化改革的探索；有關部門在地方進行“醫藥分開”的試點，按照“醫藥分家”的模式將藥房從醫院中剝離，但未獲得重大進展。
本階段城市社區衛生服務工作受到重視，2000年12月衛生部印發《城市社區衛生服務機構設置原則》、《城市社區衛生服務中心設置指導標準》、《城市社區衛生服務設置指導標準》。2001年11月衛生部印發《城市社區衛生服務基本工作內容（試行）》，同年12月印發《關於2005年城市社區衛生服務發展目標的意見》。2006年年初，國務院又發布了《關於發展城市社區衛生服務的指導意見》，之後又出台了一係列配套政策，連續密集出台的這些文件為社區衛生組織發展提供了政策支持。