（3）階段特點。本階段其實是各種趨勢交叉最多的一個時期，隨著改革的不斷深入，市場化在發揮了很大作用的同時也顯露出了一些弊端，尤其是非典爆發以後，市場主導和政府主導的爭論也逐漸深入，這為下一個階段的到來埋下了伏筆。三改並舉也在這一階段確立並開始大規模實施。醫院產權改革是本階段最為明晰的脈絡。從中央文件的印發到地方政府的嚐試，改革的領域和層次在不斷提高的同時，操作的方法和手段也日益純熟。
5．追求經濟利益的導向在醫療衛生領域蔓延
2005年到2008年是我國衛生醫療事業發展的第五階段。
（1）社會經濟背景。中共十六屆三中全會提出科學發展觀，即“堅持以人為本，樹立全麵、協調、可持續的發展觀，促進經濟社會和人的全麵發展”，按照五個統籌（統籌城鄉發展、統籌區域發展、統籌經濟社會發展、統籌人與自然和諧發展、統籌國內發展和對外開放）推進各項事業的改革和發展。“看病難，看病貴”的問題雖然早就存在，但是這一階段在科學發展觀和小康社會的背景下表現得尤為突出。
隨著市場化和產權改革的不斷深入，公立醫療機構的公益性質逐漸淡化，追求經濟利益導向在衛生醫療領域蔓延開來。醫療體製改革迫切需要注入新的理念和活力。衛生部內部關於市場化的爭論一直都存在，但是從2005年我們開始深入反思的同時，這種爭論開始公開化。其中標誌性事件是7月28日《中國青年報》刊出的由國務院發展研究中心負責的最新醫改研究報告，通過對曆年醫改的總結反思，報告認為：目前中國的醫療衛生體製改革基本上是不成功的。這種結論主要建立在市場主導和政府主導爭論基礎之上，而正是因為這份報告讓2005年成為新一輪醫療體製改革的起點。
（2）改革進程。2005年，產權改革依然如火如荼地進行著，2月國資管理公司開始托管民營醫院改革新模式在上海產生，但是產權改革並不是本階段的主要內容。2005年1月，在全國衛生工作會議上吳儀做出批示：解決群眾看病難，看病貴的問題需要標本兼治，綜合治理。3月，國務院總理溫家寶也在十屆全國人大三次會議上提出了要切實解決群眾看病難、看病貴的問題。隨著這一問題的逐漸凸現，衛生部開始嚐試製定《關於深化城市醫療體製改革試點指導意見》，其中關注較多的是2005年的“3月28日稿”和“7月13日稿”，雖然這兩稿都沒有對外公布，隻是在內部征求意見，但是參與意見征求的專家普遍認為，後者明確規定了衛生事業的性質，即更加強調公立醫療機構的公益性質。
除了對公益性質的關注，本階段還注重醫療機構服務質量的管理。2005年被確定為醫院管理年，此活動對於促進醫院端正辦院方向，牢記服務宗旨，樹立“以病人為中心”的理念，規範醫療行為，改善服務態度，提高醫療質量，降低醫療費用，發揮了重要作用。11月衛生部發布了《醫院管理評價指南》，細化了醫院的評價指標。2006年，衛生部和國家中醫藥管理局決定要在全國繼續深入開展“以病人為中心，以提高醫療服務質量為主題”的醫院管理年活動。2007年4月衛生部等七部委下發《關於開展創建“平安醫院”活動的意見》，《意見》為紮實推進醫療機構治安綜合治理工作，切實解決醫療機構執業環境麵臨的突出問題作出了貢獻。
2005年9月，聯合國開發計劃署駐華代表處發布《2005年人類發展報告》，指出中國醫療體製並沒有幫助到最應得到幫助的群體，特別是農民，所以結論是醫改並不成功。這一結論印證了國務院發展研究中心課題組的研究結果。
2006年9月，成立了由11個有關部委組成的醫改協調小組，國家發改委主任和衛生部部長共同出任組長，新一輪的醫改正式啟動。2007年年初，醫改協調小組委托6家機構進行獨立、平行研究，為決策提供參考，後來增加到9家機構。5月底，國家發改委等部門組織召開中國醫藥衛生體製改革國際研討會對醫改方案進行評審。此後，正式的醫改方案一直都在醞釀之中，10月份開始征求專家意見，但是沒有公布。
中共十七大報告首次完整提出中國特色衛生醫療體製的製度框架包括公共衛生服務體係，醫療服務體係，醫療保障體係，藥品供應保障體係四個重要組成部分，這是在新時期對衛生醫療體係構成的全麵概括。
（3）階段特點。本階段主要是從反思爭論中不斷地總結經驗和教訓的同時讓醫改又上了新的台階，尤其是2006年醫改協調小組成立以後，各方積極分析準備，醫改的具體方案也在一次次協調和調研中得到了細化。
除了主流的改革之外，改革開放後在對醫務人員的管理方麵也進行了一些相應的改革。這方麵的政策主要有：《護士管理辦法》（1993）、《醫師資格考試暫行辦法》（1997）、《中華人民共和國執業醫師法》（1998）、《傳統醫學師承和確有專長人員醫師資格考核考試暫行辦法》（1997）、《醫師執業注冊暫行辦法》（1999）、《醫療事故處理條例》（2002）等。
6．十八屆三中全會《決定》指出，要深化醫療衛生體製改革
2008年至今是我國醫療衛生事業發展的第六階段。“十二五”重要舉措，重點突破：加快健全全民醫保體係，鞏固完善基本藥物製度和基層醫療衛生機構運行新機製，積極推進公立醫院改革。統籌推進：繼續推進基本公共衛生服務均等化，優化衛生資源配置，加快人才培養和信息化建設，加強藥品生產流通和醫藥衛生監管體製改革。
加大投入：實現“十二五”期間醫改投入力度和強度高於前三年的要求，切實落實“政府衛生投入增長幅度高於經常性財政支出增長幅度，政府衛生投入占經營性財政支出的比重逐步提高”。
十八屆三中全會通過的《中共中央關於全麵深化改革若幹重大問題的決定》，第十二項第46條提出，要深化醫療衛生體製改革。統籌推進醫療保障、醫療服務、公共衛生、藥品供應、監管體製綜合改革。深化基層醫療衛生機構綜合改革，健全網絡化城鄉基層醫療衛生服務運行機製。加快公立醫院改革，落實政府責任，建立科學的醫療績效評價機製和適應行業特點的人才培養、人事薪酬製度。完善合理分級診療模式，建立社區醫生和居民契約服務關係。充分利用信息化手段，促進優質醫療資源縱向流動。加強區域公共衛生服務資源整合。取消以藥補醫，理順醫藥價格，建立科學補償機製。改革醫保支付方式，健全全民醫保體係。加快健全重特大疾病醫療保險和救助製度。完善中醫藥事業發展政策和機製。並指出要鼓勵社會辦醫，優先支持舉辦非營利性醫療機構。社會資金可直接投向資源稀缺及滿足多元需求服務領域，多種形式參與公立醫院改製重組。允許醫師多點執業，允許民辦醫療機構納入醫保定點範圍。