配穴是選取兩個或兩個以上、主治功能相同或相近，具有協同作用的穴位進行配伍應用的方法。按摩的時候，穴位配伍是否得當，直接影響治療效果。
在配穴過程中，一般都有主穴和配穴的區分，穴位之間的配合也盡量做到少而精，這都是穴位按摩中要注意的。在穴位的搭配中常用的原則有本經原則、表裏原則、上下原則、同名原則、前後原則、左右原則，以下簡單介紹。
本經原則
本經配穴的原則就是指兩個或幾個穴位位於同一個經脈之上，這種按摩的方法很適合某髒腑或經脈發生了病變但未涉及其他髒腑的情況。例如有肺部疾病時就可以采用位於同一條經脈上的中府穴和尺澤穴、太淵穴一起按摩。
表裏原則
表裏配穴按摩的原則等同於中醫裏講究的陰陽，即某個髒腑有病變時采用其表裏經上的穴位一起按摩。例如，因為肝經與膽經相表裏，肝上發生病變時，可把肝經上的太衝穴和膽經上的昆侖穴一起按摩。
上下原則
上下配穴原則是以腰部為分界線，上半身和下半身的穴位相結合按摩的方法，也可解釋為將腰部以上或上肢穴位與腰部以下或下肢穴位配合應用的方法。上下配穴法在臨床上應用廣泛，例如胃病就采用胳膊上的內關穴和小腿上的足三裏穴；牙痛則采用胳膊上的合穀穴和腳上的內庭穴；脫肛采用頭上的百會穴和臀部上的長強穴等。
同名原則
同名配穴原則中的同名是指如手陽明經和足陽明經這樣的經脈名稱相同的經絡。在中醫理論中，同名經有“同氣相通”之說，所以它們也適合配合在一起治病。比如，牙痛時就可以采用手陽明經上的合穀穴和足陽明經上的內庭穴一起按摩；頭痛時可以采用手太陽經上的後溪穴和足太陽經上的昆侖穴一起按摩等。
前後原則
前後配穴原則是指將胸腹和背腰上的穴位配合按摩，又稱“腹背陰陽配穴法”。髒腑類的病症多采用這種方法。比如，若是胃痛則可取胸腹上的中脘穴、梁門穴和腰背上的胃俞穴和胃倉穴；再如，哮喘病患者可以用胸腹上的天突穴和膻中穴配合腰背上的肺俞穴和定喘穴一起按摩。
左右原則
左右配穴的原則就是以身體左右兩側的穴位相結合來按摩治療。如胃痛時可以取身體兩側的胃俞穴和足三裏穴一起按摩；心髒不舒服時可以把兩側的心俞穴和內關穴一起按摩。還有一種情況，若是左邊的臉麵癱就可以取左側的頰車穴和地倉穴配合右側的合穀穴來治療；若是左側頭痛則可以采用左邊的頭維穴和曲鬢穴配合右側的陽陵泉穴一起按摩。