“修治”該欄介紹藥物加工炮製的方法。中藥炮製是我國一門獨特的傳統製藥技術，藥材經過炮製加工可以降低毒性，提高臨床療效。李時珍十分注意研究各種藥物的加工炮製方法，除了引證諸家學說，綜述古來記載外，還特別重視調查當代的經驗，提出自己的看法。
石膏，古來隻把它“打碎如豆大”，然後用絲綢包好就直接入湯藥了。石膏性很寒，會影響腸胃的功能。李時珍認為近年來人們都先用火來煆燒，或用糖拌炒後再入藥，這種方法好，因為經過煆炒的石膏不會影響腸胃的功能了。
同一種藥，炮製方法不一樣，加入的輔料不同，療效就會有差別。黃連味很苦，可以瀉火解毒，是治療目疾、痢疾等許多疾病的重要藥物。古來處理黃連，僅以布擦去須根，用水浸泡一下，取出後切片、焙幹，就供藥用了。李時珍認為根據病情不同，應該有不同的加工炮製方法：可以不加任何炮製而生用，也可以按照需要分別用豬的膽汁浸炒、《本草綱目》書影醋炒、酒炒、薑汁炒、鹽水炒、樸硝炒、黃土炒，然後再使用，這樣可以增加療效。例如，用來治上焦(身體上部)的病，就可以先用酒炒；治中焦(身體中部)的病，就用薑汁炒；治下焦(身體下部)的病就用鹽水和樸硝炒；黃連治食積，最好是用黃土炒後再入藥。
“氣味”氣味本來講的是食物的味道、性質，中藥為什麼也談氣味呢?原來上古時對藥物與食物還分不太清楚。最古的本草書《神農本草》中所列的上品藥就有許多是今天常用的食品。隨著醫學日益發達，本草才逐漸分為食用本草和藥用本草。明代編寫的《食物本草》、《食鑒本草》都是典型的食用本草，而《本草綱目》基本上屬於藥用本草。由於藥用本草和食用本草本來是一家，所以藥用本草仍沿用了“氣味”這個詞。在《本草綱目》中，氣味指甘苦鹹酸澀，寒溫涼平(平指不寒不溫)，有毒無毒等特性。如甘草，甘平無毒；知母，苦寒無毒；五味子，酸溫無毒；迎春花，苦澀平無毒；翦草，苦涼無毒；桔梗，辛微溫有小毒；旋覆花，鹹溫有小毒；銀朱，辛溫有毒；附子，辛溫有大毒；等等。
“主治”列舉這種藥物治療的主要病症。例如：五味子可治瀉痢，生津止 渴；白及可以治癰腫惡瘡、白癬、瘧疾、跌撲損傷等。李時珍在這一欄中所列內容雖豐富，資料卻比較龐雜。像當歸名下所列的主治病就有十多種，到底哪一種是主要的呢?這樣往往就使人不得要領。這是《本草綱目》的一個缺點。
“發明”這一項記錄了李時珍和曆代醫家對一些藥物研究的心得體會。例如黃連，李時珍引述了曆代名家對黃連藥理作用的一些不同的看法，最後得出了自己的結論：黃連雖無毒，但性質太寒，所以不宜長久服用。
“正誤”糾正過去本草書中的一些訛誤。例如前麵提到的，舊本草誤認萎蕤和女萎是一物。李時珍就在《本草綱目》所載萎蕤的“正誤”欄下指出：“古方治傷寒風虛用女萎者，即萎蕤也，皆承本草之訛而稱之。諸家不察，因中品有女萎，名字相同，遂致費辨如此。今正其誤。……其治泄痢女萎，乃蔓草也，見本條。”
“附方”專門收錄以該種藥物為主的經驗藥方。中醫的處方是很有講究的，一種藥配方不同，功效也就不同。隻講藥，那就隻能孤立地了解一味藥，沒有藥方，或方劑組合得不合適，藥也就不能夠發揮作用。有了好的藥方，才能把藥物與臨床實踐緊密地結合起來。 《本草綱目》共收載了曆代經驗藥方11096個，其中8160個是李時珍親手收集的，約占全部的附方3/4。 “附方”很有實用價值，是《本草綱目》的重要內容。
以上八項，每種藥物名下不一定項項俱全，有的多幾條，有的少幾條。例如，人參這味藥八項俱全；百合由於曬幹後即可供藥用，不需特殊加工炮製，所以缺“修治”一項；棚梅由於收集的資料比較少，僅有“集解”、“氣味”、“主治”三項。
就《本草綱目》全書來看，正如李時珍在凡例中所講的，是“以一十六部為綱，六十類為目”。而就每一樣藥品來看，則以這種藥的名稱為綱，而以其他八項解說為目。由於這種編排方法提綱挈領，綱目分明，正文前又有豐富的資料便於查閱，所以既可由病症來尋找所需用的藥物，又可由藥物來尋找可供選擇的方劑，使用起來十分方便。