在四百年前的封建時代，李時珍能這樣重視實地調查，這種樸素的唯物主 義思想是十分可貴的。他的那種實事求是的態度在今天也仍是值得讚揚的。
2糾正古人舊說的錯誤
李時珍注重實踐，所以能不為古人舊說所束縛，人雲亦雲。古人的話凡是有與實際情況不符的，他就要提出批評；不管是本草名著中收載了的或是醫藥史上的權威講過的，李時珍都直言不諱。這表現了他對祖國醫藥學的忠實和對人民健康負責的態度。
五倍子是一種用途廣泛的藥品，有收斂止血的作用，可治久痢脫肛、水火燙傷，也是當時的一種解毒劑。但五倍子究竟是怎麼形成的，大家都不甚了解。宋朝的《開寶本草》曾把五倍子收入草部； 《嘉礻右本草》的作者看到五倍子生在鹽膚木上，所以認為是鹽膚木的果實，又把它移入木部。李時珍讀了這些記載後感到不滿意，盡管這兩部本草都是很有名的。他講，五倍子是“梢蟲窠也”。梢蟲就是蚜蟲，五倍子是蚜蟲寄生於鹽膚木上而形成的。五倍子蚜蟲很像螞蟻，每年五、六月就開始在鹽膚木上活動，並漸漸在葉間形成蟲癭。這些蟲癭“初起甚小，漸漸長堅”，大的像人的拳頭，小的像菱角，“形狀圓長不等”，“初時青綠，久則紅黃”，綴於枝葉間，確實很像樹木結的果實。但隻要敲開它那又薄又脆的殼，就可以看到裏麵有許多小蟲，由此可見它並不是樹木的果實。山區老百姓采來五倍子以後都要先蒸熟，防止以後蟲子穿殼而出並使五倍子腐敗。
還有，大藥物學家陶弘景對穿山甲的記述，李時珍覺得也有問題。穿山甲又名鯪鯉，是一種哺乳動物。它的樣子像鯉魚，但有四足，會在陸上爬行，又善遊水。鯪鯉全身和尾部都長滿了堅硬的鱗甲。它的鱗甲是一種治療婦女經閉腹痛、乳汁不通的重要藥材。陶弘景在《神農本草經集注》中寫道，這種動物會在岸上張開鱗甲裝死，引誘螞蟻爬入它的鱗甲，待螞蟻爬滿了一身，穿山甲就閉上甲片鑽進水中，然後再次張開鱗甲，結果“蟻皆浮出”，於是它就“接而食之”。為了辨明陶弘景記述的“張甲誘蟻”的說法，李時珍在獵人幫助下曾親剖其胃，果然從它那特大的胃中掏出了一升多螞蟻。不過李時珍在實地考察過程中發現，穿山甲雖是一種食蟻動物，但他吃螞蟻的方式卻不是誘蟻後入水吞食，而是直接搔開蟻穴，用它那細長的舌頭進行舔食。
李時珍一生糾正了不少前人、包括權威性學者的許多錯誤。他認為有些錯誤完全是由於作者在編寫本草時，對所收載的品種缺乏調查的結果。例如蘭花是蘭科植物，可作觀賞用；蘭草是菊科植物，可治感冒。可是宋代有名的藥物學家寇宗爽竟以“蘭花為蘭草”。又例如，天花粉和栝樓：天花粉即栝樓根，栝樓是栝樓的果實，而宋代名醫蘇頌卻將天花粉和栝樓按兩種植物畫了藥物圖。他覺得如果作者事前對所要收載的藥品先收集實物，加以研究，搞清其產地、形態、生長特點、藥用價值等情況，然後再動筆，那麼這些錯誤就可以避免。
3主張醫藥學要有創新，有發展
李時珍認為事物總是不斷發展的，前人不認識的藥物後人在實踐中可能不斷地發現和了解。所以他強調在本草學的研究中應當“發前人未到處”，對於各種藥品凡是“有功用而人卒(始終)未識者”，都應當收錄起來。