三七，又名金不換，是一種貴重藥品。這種藥應用的曆史不長，曆代本草也都未提到過。李時珍在行醫中發現三七這種藥治療跌仆損傷的功效很突出，所以就把它收入了《本草綱目》。《本草綱目》詳細地記述了三七的藥用價值，指出這種藥無論對出血或淤血都很有效。隻要把它嚼爛，敷在傷口上，出血馬上就能停止，青腫也會隨即消散。但是有關三七的傳說，李時珍也不是全部肯定，而是分別情況進行分析。當時有人講，這種植物的葉子左麵分成三小片，右麵分成四小片，所以叫三七。也有人講三七又名山漆，是由於它能愈合刀傷創口像漆粘東西一樣。李時珍認為前者之說不符合情況，而後一種講法多少有一些道理。
曼陀羅也是一種新藥。它莖直立，圓滑而綠，葉子很像茄子葉，所以又叫山茄子。曼陀羅有野生的，也有家種的。八月開花，花白色，喇叭筒狀，很像牽牛花。果實圓而有芒刺，中有許多細小的種子。當時民間傳說，用曼陀羅的花釀酒飲，會“令人笑”，“令人舞”，有一定的麻醉作用。李時珍對祖國藥物學的曆史很了解，他知道早在東漢時名醫華佗就創造過“麻沸散”，用來進行全身麻醉。但麻沸散到了明朝早已失傳，所以李時珍特別重視關於曼陀羅的傳說。
為了驗證曼陀羅的麻醉作用，李時珍親自采來了曼陀羅花和火麻子花，在通風處攤開陰幹，然後每樣一半研成細粉。李時珍在“割瘡灸火”以前就把這種藥給病人吃，一般用“熱酒調服三錢”。病人服藥後不久就“昏昏如醉”，失去了知覺，這時再施行手術，病人就不會有痛苦了。實驗結果，證明曼陀羅確實有很強的麻醉作用。於是李時珍在《本草綱目》中詳細地記下了曼陀羅這一功用。今天，我國醫務人員通過大量臨床驗證，充分證實了李時珍的實驗結果是十分正確的，重新發掘了中藥麻醉這一寶貴的祖國醫學遺產。以曼陀羅為主的中藥麻醉，安全、有效，現已廣泛應用於外科臨床手術中。
對於巴豆的藥用價值，李時珍也作過一番探索。巴豆是一種瀉藥，有毒。南朝大醫家陶弘景也認為：“巴豆最能瀉人”。而元朝有位醫生王海藏卻說：巴豆可以通腸，但也可以止瀉；還特別指出，巴豆止瀉的功能，“世所不知也”。不過，王海藏對此沒有作出很具體的論證。到底巴豆有無止瀉作用呢?有一次，李時珍遇到了一位六十多歲的老婦人，她腹瀉已經五年。這位老人隻要吃一點油腥、生冷的東西就犯病，經過許多醫生的治療，吃了不少止瀉和調養脾胃的藥，總不見效。李時珍仔細地聽了這個病人的陳述，他認為她的腹瀉是由於胃寒，是“大寒凝內”所至。巴豆是熱性藥，可以祛寒，是不是對這種腹瀉有作用呢?於是李時珍給這位病人開了巴豆。第二天，病人腹瀉果然停止了。事實證明，巴豆能致瀉也能止瀉，足見王海藏的經驗之談是正確的。此後，李時珍又用這一方法陸續治好了將近一百個腹瀉病人。於是他在總結這一經驗時寫道：巴豆用量大固可致瀉，但用量小也有止瀉的作用，問題是要藥對病症，配合得當。這樣，他在自己的直接經驗的基礎上，檢驗了前人的經驗，並且作出了具體的、令人信服的說明；這比之王海藏的簡單的論斷就又進了一步。
還有一些藥，如朱砂，根治咽喉腫 痛效果很好，但當時“惟太和山人采之”；如半邊蓮，田邊濕地到處都有，對毒蛇咬傷有良效。這些藥在古書中也都沒有記載，但都有很高的藥用價值，因此李時珍把這些藥都一一收入了《本草綱目》。