我國的人痘接種術，可以說是人類免疫學的先驅，它為人類的免疫預防科學做出了寶貴的貢獻。解剖學的新發展
我國本來有良好的人體解剖研究的開端，可惜沒有很好地發展。宋代曾經再度興起對解剖研究的熱情，可惜也沒有得到重視，未能發展下去。相反，由於舊禮教的束縛，到後來人體解剖幾乎是被絕對禁止了。但是，到清代卻出現了一位著名的解剖學家王清任。
王清任(1768～1831)，一名全任,字勳臣，河北玉田人。是當時著名的醫生，以醫為業，名噪京師。他在長期醫療實踐中深深感到人體解剖對醫學的重要。他說：“業醫診病，當先明髒腑”，否則“本源一錯，萬慮皆失。”他還說：“著書不明髒腑，豈不是癡人說夢；治病不明髒腑，何異盲子夜行。”他在研究了曆代有關髒腑記述後，對古人關於髒腑的描記及所繪圖形產生了懷疑，決心予以更正。
為了認識人體內髒的真實情況，王清任決心要作屍體解剖。但是，在他那時要摘一具屍體放在解剖室裏進行係統研究是根本不可能的。所以他不得不到義塚墓地上去尋找屍體做標本。公元1792年，王清任正在河北灤縣稻地鎮行醫，那裏正流行著小兒傳染病，死亡率極高。窮苦人多用草席裹著小孩子屍體，淺埋在義塚上。王清任便每天清晨到義塚去觀察被犬食而裸露的屍體。連續十天，他大約觀察了30多具屍體。後來，他還幾次到刑場去觀察和調查。
通過艱難的實際觀察，他發現古書所繪內髒圖與實際很不相符。他根據自己的實際觀察，繪製了25幅圖，並連同古人畫錯的圖，一起收入《醫林改錯》一書，王清任和《醫林改錯》以資比較。王清任的研究，確有許多新見解。例如關於橫膈膜的形狀位置，過去一直不清楚，王清任為此留心了40年。最後他指出橫膈膜是區分胸、腹腔的界物，在膈膜之上隻有心和肺兩個器官，其餘內髒都在膈膜之下。他說：“胸下膈膜一片，其薄如紙，最為堅實。”這些記述是正確的。關於肺髒，過去醫家認為肺有六葉、兩耳、二十四孔；而王清任的描述則是：肺管“分為兩杈，入肺兩葉，每杈分九中杈，每中杈分九小杈，每小杈長數小枝，枝之盡頭處，並無孔竅，其形仿佛麒麟菜。”他十分形象和正確地簡述了氣管、支氣管和細支氣管、肺泡之間的關係。並指出肺泡“肺不無透竅”的特點。限於當時的條件，王清任還不了解由心、血管組成的血循環係統和血液循環的機能，但他大致查明了主要動脈(左右頸總動脈、支動脈、腸係膜上下動脈、左右髂總動脈、左右腎動脈、左右鎖骨下動脈、肋間動脈)、靜脈(下腔靜脈)的分布，以及它們與心髒聯係的部位。他對消化係統中許多重要髒器有了新的發現，糾正了前人的一些錯誤。如古人認為肝髒是左三葉右四葉，膽附於肝之短葉，他經過實地觀察以後指出：肝有四葉，大麵向上，後連於脊，其位置在胃之上，膽附於肝右第二葉。這與現代解剖學肝分左右兩葉、上界與膈穹窿相吻合；與後緣緊貼後腹壁，以及膽位於右縱溝等也比較一致。王清任還觀察到了視神經，並聯係視覺作了描述。他說聯著眼睛的根像線繩一樣的東西，它發於腦髓，眼睛看東西是不歸腦管的。同時他也堅持“靈機記性不在心在腦”的認識，也是正確的。另外，對限於條件觀察不清的存疑，也記述下來，以待後人考證。例如他發現腹部有向下一管，細心查看，未能查驗的確，所以疑似“通男子精道，女子之子宮”，“以俟後之業醫者，倘遇機會，細心查看再補”。態度也是十分科學的。盡管王清任的解剖學觀察還很粗糙、不全麵，甚至還有錯誤，但比之前人則是大大前進了一步，特別是他突破封建禁錮、勇於大膽創新的求實精神，很值得特書。
明清時期，還應該提出的是我國藏族醫藥學中關於醫學彩圖的製成。