明清兩代，宮廷建築所需的各種石料，和磚瓦一樣例由工部委官開采，於房山大石窩采漢白玉、青白石；於馬鞍山采青砂石、紫石；於白虎澗、鯰魚口采豆渣石；後來又在牛欄山和石景山開采青砂石；於江蘇省徐、淮地區開采花斑石。房山所采漢白玉石潔白如玉，專供宮廷、陵寢、壇廟階砌欄楯之用，柔和而易琢，鏤為龍鳳芝草之形，具有極高的裝飾效果，如北京故宮三大殿，天壇祈年殿、圜丘壇的漢白玉須彌座、欄幹就是很珍貴的範例，花斑石由於石紋斑斕美麗，多用於宮殿和苑囿作鋪地材料。此外，還有虎皮石，苑囿中多用以壘砌圍牆和房屋的台基，既經濟又美觀，所有這些都充分體現了古代匠師在因材施用方麵的卓越成就。
在使用木材方麵，明代的統治階級非常奢侈，興建重大建築工程都要從四川、湖廣、江西、浙江等地采辦楠木、樟木、柏木、檀木、花梨木及桅木、杉木；從山西、河北等地采辦鬆木、柏木、椴木、榆木和槐木等大量木材，以應工需。宮殿、陵寢和壇廟等高級建築用楠木製作梁、柱和門窗裝修；用柏木(或楠木、樟木)製作鬥栱；用杉木製作檁條、圓椽和望板；用樟木製作飛簷椽，翹椽，山花、博縫和雀替；用鬆木製作連簷、瓦口；用柏木、榆木製作地丁和橋樁；用桐皮槁做鷹架木等等。
明初曾使用了許多大尺度的材料，例如天安門和端門的明間跨度長達85米以上，這個跨度是空前的。昌平明長稜恩殿用直徑達117米、高23米的整根楠木柱，尺寸之巨大是國內罕見的。入清以後，宮廷工程由於缺乏巨大木材，不得不用小塊木料拚接成柱子和梁，外加鐵箍拚合成材，因而解決了用料問題，這是一種經濟有效的施工方法。清朝營建大項工程，由於缺乏楠木。乃轉向大量使用黃鬆作主要建築材料，這是明清兩代在大木用材方麵的顯著差別。
在木結構方麵，元朝一方麵保留唐宋以來的傳統，而另一方麵，部分地方建築承繼著金朝，在結構上作了某些新的嚐試。元朝許多殿宇柱子排列靈活，往往與屋架不作對稱的聯係，而是用大內額在內額上排屋架形成減柱、移柱的做法。《營造法式》中的斜栿，在元朝建築中占有突出地位。斜栿由柱頭鬥栱上挑，承兩步甚至三步椽子。這建築的梁架多用原木並且適應材料的形狀有許多靈活的構造，有些材料則用拚合料。雖然元朝這些新的變革沒有直接被明朝建築繼承下來，但某些構架原則卻在明清時期得到了發展。最重要的是鬥栱結構機能的減弱，原來唐宋鬥栱的下昂，從元朝起有些已成為純裝飾性的構件，而將梁外端做成巨大耍頭，伸出鬥栱外側，承托挑簷檁；內簷各節點上的鬥栱也逐漸減少，將梁身直接置於柱上或插入柱內，使梁與柱的交接更加緊密。明清時期的樓閣建築，都將內柱直接升向上層，而去掉了遼金樓閣建築中常見的上下層柱間的鬥栱。這種結構方式在樓閣的整體性上無疑具有更大的優點，如承德普寧寺的大乘閣就是一個典型的例子。
在明清木構建築中還出現了若幹加強結構的手法，如在內外柱之間施用穿插枋，在內簷通柱之間施用跨空枋，從而加強了柱與柱之間的水平聯係，可防止柱子產生傾倚；在七架梁或五架梁等長跨度的荷重梁下附加隨梁枋，可提高梁枋的負荷能力；在內簷金柱兩側加抱柱，可增強榫頭的抗剪應力，這都是前所未見的新東西。宋元時期結構複雜的襻間改為檁墊枋三件、用柁墩代替駝峰，從而簡化了構件，使節點更加簡單而牢固。所有這些技術改革，對於加強建築結構的剛度和整體性都卓有成效。
此外，明清建築在大木作施工中，還廣泛使用各種鐵活。如使用鐵箍拚攢柱、梁，使用過河和拐子加強梁柱節點聯結，利用鐵吊掛來懸掛天花等等，對於加固木結構的整體性都起著很大作用。
不過，明清時期的木結構，從官式建築來看，存在著相互矛盾的現象。一方麵，構架的整體性加強了，以太和殿和大乘閣為例，無論是殿或閣的構架體係都很明確，節點簡單牢固；鬥拱中特別是平身科，由於幾乎沒有多大結構機能，所以比例可以減小，構造更加簡化；但另一方麵，卻再沒有金元時期那種靈活處理空間和構件的方法，構架死板僵化；而梁的斷麵由3∶2改為5∶4的比例，不但斷麵不合理，而且加重了梁本身的靜荷重。
這種矛盾現象是木構架結構發展的必然趨勢。中國木構架結構體係，經過三千年的發展、由簡陋到成熟、複雜，再進而趨向簡化，過程是很明顯的。明朝的官式建築已經高度標準化、定型化，而清朝於1733年頒布的《工部工程做法則例》則進一步予以製度化。建築的標準化標誌著結構體係的高度成熟，但同時也不可避免地使結構僵化。如《做法則例》就把所有建築固定為二十七種具體的房屋，每一種房屋的大小、尺寸、比例都是絕對的；構件也是一樣。這種絕對化勢必導致矛盾的另一極端。
許多地區的民間建築，雖然在發展上也和官式建築一樣趨於標準化、定型化，但由於地區和民族的不同，各地區的建築仍有相當大的差別。正是由於各地民間建築都在自己的基礎上得到成熟的發展，所以明清時期中國建築的地方特色更加顯著起來。
在建築藝術方麵，個體建築的鬥栱的比例大大地縮小了，出簷的深度減少了，柱的比例細長了(唐宋柱經與柱高的比例為1∶8～9，清為1∶10)，柱的生起、側腳和卷殺不再采用了，梁枋的比例沉重了，屋頂柔和的線條輪廓消失了，因此，明清的官式建築呈現著比較沉重、拘束但又穩重、嚴謹的風格。這和唐朝的宏偉、豪放，宋朝的柔和、絢麗的風格有所不同。