左宗棠對待外敵的態度是非常堅決的，對國內的“叛亂”則采取慎重的態度，這和朝廷兗兗諸公大相徑庭。當鴉片戰爭爆發，他還隻是一名鄉村教師，就憑著一股愛國熱情，向朝廷獻計獻策，但是，“欲效邊籌裨廟略，一尊山館共誰論？”他這個山村小民的意見無從上達，也沒有人理睬他。太平軍戰事起，他卻不是那樣積極，多次謝絕朋友和官方的邀請，徘徊觀望了很長一段時間，這就明顯表示了他對內戰和外戰的不同態度。這次英法聯軍發動第二次鴉片戰爭，他的地位已有所變化，雖然仍隻處於幕僚，但能通過巡撫來揭露廣州傀儡政權的實質，提出抗拒英法的建議和策略，並且毅然以抗拒英法侵略為己任，表示湖南可以去幫助兩廣解圍，說：“論局勢須吾省為兩粵一解此急。”那時雖然太平軍內戰正熾，他卻主張派重兵去防守天津，狠狠打擊侵略軍。湖南正處在太平軍經常犯擾之際，他寧願將湖南事務擺在一邊，帶兵到廣東去和英法聯軍作戰。他重視外敵侵略更甚於內戰的態度，是很明顯的。清朝廷認為：攘外必先安內，內部不平靜，對外敵可以妥協投降。左宗棠顯然有不同的意見。
他認為：國內的安定、統一固然十分重要，但當外患嚴重時，決不能以內部問題為借口，向敵人屈膝求和，而應根據當時當地的具體情況，分出緩急輕重，恰當地抽調一部分精銳力量，抗拒外侮，這是必須也完全可以作到的。他的意見雖然沒有被清延采納，但是對當時社會卻產生了一定影響，使人民認識到英法侵略者的野心，痛恨清政府的妥協投降政策，激發了愛國主義思潮的興起。
這次是左宗棠在湖南幕府中參與的最後一項重要決策。當英法聯軍攻進北京城時，他已經離開湖南了。
左宗棠幫助駱秉章整飭湖南腐敗的吏治，罷免、懲辦了一批貪官汙吏，也得罪了一大批人。嫉恨他的人背地裏謾罵他，無非說他驕橫跋扈，超越了幕府的權限。鹹豐九年他的好友王柏心寫信告他說，遇見自湖南來的朱伯韓侍禦，他們二人都談起左宗棠的才幹，但也都聽到許多誹謗他的話，“聞言者積毀，深為不平”。朱伯韓還自告奮勇，說到京師要為他排除謠諑。可知那時詆毀他的人很多，正如胡林翼後來上奏為他辯解所說：“名滿天下，謗亦隨之。”
鹹豐九年（1859年）是左宗棠入湘幕的第六個年頭，發生了震動一時的“樊燮事件”，也稱為“官樊構陷事件”，促使左宗棠的命運和事業起了一個急遽的變化。
樊燮是湖南永州鎮總兵，在當地有權有勢。可他有一些劣跡，曾動用軍中銀錢作為鎮署中零用花銷，還曾私自役使兵弁為他抬轎等，鹹豐八年駱秉章到北京見皇帝時，告了他一狀，後來查實參奏，奉旨將樊燮革職查辦。樊不服，向湖廣總督衙門控訴。總督官文是駱秉章頂頭上司，過去二人有矛盾，公事上駱秉章常給他碰釘子，他記了恨，認為太不給他麵子。後來打聽到湖南巡撫衙門的事是由一位幕府左師爺操辦，又把怒氣轉到左宗棠身上。加之，也許是更重要的原因，一些滿族上層人士近幾年看到漢人逐漸當權，如胡林翼、曾國藩、駱秉章等紛紛得勢，正十分嫉恨，因此想借樊燮告狀的機會，壓一壓漢人的氣焰。朝廷正在重用漢人，對胡、曾、駱等大員不能輕易動手，對一個小小的幕客還是無所顧忌的。因此官文接受了樊燮控告，立即奏報朝廷，說是永州知府黃文琛等與湖南巡撫幕客劣紳左某，商同陷害總兵樊燮，還加油添醋一番。官文是滿洲貴族大員，皇帝當然信任他，就下旨將本案交官文和湖北正考官錢寶青審辦，密旨中說：“如果左宗棠確有不法情事，可即就地正法。”事態顯然很嚴重了。
駱秉章是當事人，矛頭是針對他的。他當即將進一步查明的樊燮劣跡上報，說明樊是誣控。胡林翼是湖北巡撫，對“密旨”已有所聞。他和左宗棠是生死之交，雖然焦急萬分，但和駱秉章都是官文下屬，火頭上又不宜和官文硬碰，皇帝是一貫偏聽滿大臣。他以為如果在朝廷內部有得力的人出來講話，事情才會有轉機。
鹹豐帝有一位寵信的大臣：滿人肅順。他是首先倡導重用漢人的朝廷內臣，自滿清入關建立王朝以來，一直對漢人歧視猜忌，兵權向來不交給漢人。太平軍起義後，清軍連連戰敗，滿人將領如都興阿、勝保等都是些既不懂軍事又不懂政治、顢頇無能的人。清王朝處於搖搖欲墜之際，肅順深知隻有起用漢人，才有希望挽救王朝。湘軍的興起，曾國藩、胡林翼等被重用，掌握軍事大權，都與他極力支持有關。他以前已經聽到關於左宗棠的一些情況，當得知諭旨拿問左宗棠的消息後，便告知了幕客高心夔（碧湄）。高心夔是有名的文人，肅順兒子的家庭教師，他又告知著名文人王運（壬秋），盉運也為肅順門客，他又告知郭嵩燾。郭嵩燾當時任翰林院編修，聽了大吃一驚，因他和左宗棠是同鄉好友，自己不便率先說話，就托王運和高心夔向肅順求救。駱秉章和胡林翼也同時寫信給高心夔，托他向朝廷疏通。高心夔和王運於是向肅順說情。
肅順說：“我作為朝內大臣，一人也不好在皇上麵前講話。須得朝內外有疏保薦左宗棠，我這才好開口。”郭嵩燾趕忙找了和他同在南書房（皇帝的書房）值班的少詹潘祖蔭，請他給皇上保薦奏疏，並對潘祖蔭說：“如果把宗棠搞走了，湖南就會垮台，東南大局也就完了。”潘祖蔭於是給皇帝上了一疏，說：“湖南軍隊不僅保住了本省，還支援了江西、湖北、廣西、貴州，所向克捷。固然是駱秉章調度有方，實則由左宗棠運籌決勝。此天下所共見，也在皇上聖明洞鑒之中。”接著他說了兩句傳誦一時的話：“國家不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠。”他將一個無官職的左宗棠的作用提得很高，竟身係國家之安危，要是給那班氣量狹小、妒賢嫉能的當權者聽見，可能反會給以打擊陷害，使人才永遠出不了頭。潘祖蔭最後介紹了左宗棠為人“賦性剛直，嫉惡如仇……湖南地方上的惡官劣吏，因為滿足不了私利，就圖謀陷害。”他還直接指出：“湖廣總督官文聽信浮言，處理太輕率。宗棠不過是一在籍舉人，去留無足輕重，但是楚南事勢關係太大，不得不為國家惜此人才。”
奏疏上去後，諭旨一直沒有下來。實際上鹹豐帝很重視這事。他早聽說左宗棠這個人，自4年前宗稷辰向他薦舉後，就注意了。以後遇到自湖南來和認識左宗棠的人，常常問他的情況。鹹豐六年七月，胡林翼又專奏舉薦，說：“深知左宗棠才學過人，於兵政機宜、山川險要，尤所究心。前陶澍、林則徐均稱為奇才，宗稷辰也已舉薦，該員秉性忠良，才堪濟變，孜尚氣節，而過於矯激。麵折人過，不少寬假。”胡林翼不僅陳述了左宗棠的優點，也指明了他的缺點。並說他“雖不願居官任職，但仍據實臚陳聖聽，以備將來隨時起用。”鹹豐帝因此下諭旨詢問駱秉章：“湖南舉人左宗棠前經曾國藩奏保，複經駱秉章奏，該員有誌觀光，俟湖南軍務告竣，遇會試之年，再行給谘送部引見。現當軍務需才，該員素有謀略，能否幫同曾國藩辦理軍務，抑或無意仕進，與人寡合，難以位置，著駱秉章據實際陳奏。”駱秉章因湖南軍事緊急，不肯放他走，上奏留他在湖南幕府。